公元2030年，一颗直径超过两米的陨石坠落太平洋，却未曾掀起巨浪，九州，东瀛，沙俄，不列颠，自由国五国组成五国研究队，采集样品。公元2031年，由自由国为首的五国研究所发表声明，陨石中含有未知生命体，但只能寄生于活体，将其命名为奇迹病毒。公元2035年，病毒开始变异，世界悄然发生变化，我们的故事从这里开始。