第二阶段叫躬耕南阳，起始时间是197年。
这段时间的天下大事是袁术称帝，曹操讨伐张绣失败，袁绍占领冀、青、幽、并四州。此时诸葛玄去世，少年诸葛亮隐居于隆中。
第三阶段叫卧龙出山，起始时间是207年。
这段时间的天下大事是三顾茅庐，曹操大破乌桓，统一北方，并准备南征刘表。此时的诸葛亮开始参与到天下大事中。
第四阶段叫托孤之臣，起始时间是223年。
这段时间的天下大事是曹操与刘备相继病逝，诸葛亮作为丞相，开始南征孟获、北伐中原。
玩家可以任选其中一个阶段开始游戏，但通关的目标都是一样的，那就是完成匡扶汉室的最终目标。
这款游戏发生的故事背景可以看成是一个魔改版的三国，妖魔横行，附身到了这些历史人物的身上，而这些妖魔的目标，就是杀死两个至关重要的天命人刘备和诸葛亮！
而这也正是《天命卧龙传》这个名字的由来。
玩家扮演的诸葛亮，主要可以进行两个操作。
第一是常规的内政和军事玩法。
当玩家的势力中有其他的武将时，可以根据这些武将的属性给他们安排不同的内政和军事任务。
但这些武将具体怎么执行，主要靠系统运算，玩家只能给一个大方向，并不能去操作具体的细节。
第二是游戏的原创玩法，叫做卧龙策。
作为天命人和卧龙先生的诸葛亮，有七种独特的卧龙策，这些策略都拥有非常强大的效果。
观星在1年时间内可以持续查看目标武将的各项数据以及详情状态。