士燮年轻时随颍川人刘陶学习《左氏春秋》，后被推举为孝廉，补任尚书郎，因公事而免官。其父士赐去世后，士燮被举为茂才，任巫县令一职。后来。士燮被任命为交趾太守。
交州刺史朱符向各地收重税，引起反抗被杀，州郡秩序混乱。此时朝廷已先后经历了多年的混乱，对交州的影响力大为减弱。
士燮名义上是效忠于汉朝的交趾太守，实际上已成为割据岭南各郡的军阀。士氏的亲族多出任交州的要职，
士燮上表奏请任命其弟士壹兼任合浦太守，二弟徐闻县县令士?兼任九真太守，士?的弟弟士武兼任南海太守。
士燮兄弟一起担任各郡郡守，强力掌管着一州之政，因辖地偏在万里之外，所以威望尊贵至高无上。
他们出入时鸣钟响磬，备具威仪，笳箫鼓吹，车骑满道，常有几十位沙门夹在车马群中焚香。他们的妻妾都乘坐配有盖帷的小车，子弟都有兵士骑马跟在身后，当时他们的尊贵显赫，震服各少数民族，就算是从前的南越王尉他（即赵佗）也不能超过他们。
士燮兄弟一起担任各郡郡守，强力掌管着一州之政，因辖地偏在万里之外，所以威望尊贵至高无上。他们出入时鸣钟响磬，备具威仪，笳箫鼓吹，车骑满道，常有几十位沙门夹在车马群中焚香。他们的妻妾都乘坐配有盖帷的小车，子弟都有兵士骑马跟在身后，当时他们的尊贵显赫，震服各少数民族，就算是从前的南越王尉他（即赵佗）也不能超过他们。
朝廷在朱符死后派遣张津为新任刺史。但张津行为却荒诞不羁，不久即为部将区景杀死。
荆州牧刘表得知此事后，派赖恭前往接替了张津的之位；同时派吴巨出任苍梧太守，接替已病死的原太守史璜。
为避免刘表的势力过于强大，曹操控制下的朝廷就赐予士燮有玺印、封号的书信。
“交州地处与中原隔绝之处，南面依江面海，朝廷的恩命无法宣达，臣下的话受到塞阻，得知逆贼刘表又派赖恭窥视南土，现在以士燮为绥南中郎将，总督交州七郡，兼任交趾太守如旧。”
后来士燮派遣使者张旻奉送贡品到许都，正是天下大乱之时，道路隔绝，而士燮没有放弃进贡的职责，朝廷为嘉奖特意下诏拜士燮为安远将军，封爵龙度亭侯。
此后，吴巨与赖恭发生冲突，而吴巨驱逐了赖恭。
孙权派遣步骘为交州刺史，士燮率兄弟归附，而吴巨却怀有异心，被步骘斩杀。此后，士燮被孙权封为左将军。
士燮将儿子士廞送至东吴为人质，孙权任命其为武昌太守，士燮、士壹在南方的儿子们，都被任为中郎将。
同时，士燮在吴国和蜀汉的冲突中支持吴国，诱导益州的豪族雍闿叛蜀附吴，被孙权拜为卫将军、龙编侯。
士燮为政开明，热爱学术，治学精微，而且胸怀若谷，宽厚待人，礼贤下士，所以数以百计的中原名士前来投靠他，其中名望较大的有刘熙、薛琮、程秉、许慈、刘巴、许靖、桓晔、袁徽、牟子、康僧会等人。
士燮处虽然交通闭塞，但孙家的经营他应该是有所耳闻，前不久赤壁之战孙吴的表现应该刷新了士燮对孙权的认知。
在这时，吴国命令步骘担任交州刺史。士燮明白孙权终于对交州有所动作了，但士燮和当地的百姓习惯了和平，自然而然不会希望因为政治而爆发战争。
两相权衡之后，士燮决定，就归附孙权了。恰好士燮归附没多久吴巨又来捣乱，步骘平定了吴巨，更坚定了士燮和孙家的合作。