很快，各位大臣出于不同派别的利益，或出于个人的私怨，纷纷开始追究起熊、王失疆的责任来。兵科都给事中蔡思允首先发难，奏请惩治熊、王及高出、胡嘉栋等人罪。朱由校已经放过熊、王，让他们“戴罪候处”。高、胡二人在辽沈之战时为逃将，此次又逃，令“锦衣卫拿解来京”。接着，二月十一日，大理寺少卿冯从吾、太常寺少卿董应举、太仆寺少卿何乔远三人联名上疏，要求逮捕熊、王，“以申国法”。朱由校虽然知道熊廷弼的策略应该是对的，但又深恨熊廷弼辜负他的厚望，竟然没有稍做抵抗就放弃了关外之地，于是在十三日，批准逮捕王化贞，只是将熊廷弼革职，回家听候处理。但熊廷弼不愿回家，担心一离京师，受到东林党政敌攻击，加罪于己，他留京可以随时辩驳种种不实和诬陷之词。</p>
这天，王承恩带着两个小太监来到熊府。说是熊府，其实是熊廷弼典租的一处小房子，门口门子也没有，小太监上前敲门，熊廷弼的长子熊兆珪开了门问道：“不知公公有何事？”</p>
王承恩道：“奉圣谕，着王承恩问熊廷弼几句话。”</p>
熊兆珪道：“公公请。”然后在前面引王承恩来到熊廷弼的书房。熊兆珪在门前轻声道：“大人，王公公奉旨问话。”</p>
书房门“吱呀”一声打开，熊廷弼满面愁容地拱手道：“公公请。”王承恩进了书房，站在上方，熊廷弼一拂前襟就要跪下，王承恩道：“不用了，站着回吧。”</p>
熊廷弼这才站直身子，低头聆听。王承恩说道：“熊廷弼，想当日朕送你前去辽东，殷殷相语，犹在耳旁，辽东事种种，尔可有愧？”</p>
熊廷弼“扑通”一声跪在地上，嘶声大叫：“皇上，臣有愧呀！臣罪该万死，请皇上将臣斩杀，传首九边，以儆效尤。”</p>
王承恩清了清嗓子道：“朕知道你会说有愧，现在说有愧有什么用呢？当时为什么不去广宁，你不是有五千兵吗？”</p>
熊廷弼连连叩头：“当日大军已败于沙岭，臣只有五千兵，如果前往广宁，则城破事小，辽民无辜，尽皆沦为奴手，臣思前想后，只得先护民入关再说。”</p>
“你一定会说你是想护送辽民入关，那朕在这里要你摸着自己的良心来说，当时你是不是怕了？王化贞败了，你是不是很高兴？”</p>
熊廷弼停顿了一下道：“皇上，臣当时兵少将缺，而建奴败大军于沙岭，臣心畏惧，故不敢前。到于王巡抚之败，臣只有痛心，叹国事多艰，不敢有幸灾乐祸之想，臣此言出于内心，如有虚假，则子孙后代皆为奴也。”</p>
“骆养性说他曾经提醒过你，不可相信孙得功，可有此事？”</p>
“确实有此事。”</p>
“那为何你不疑孙得功？是谁让你觉得孙得功可信的？”</p>