王通取得供词，把证据链查的基本完整后，就领了密旨，近半数锦衣卫出动，把两淮都转盐运使司衙门和江苏、安徽、江西、湖北、湖南、河南六省的涉盐官员，包括户部盐司等官吏，几乎大半抓进了南苑专案营地跟盐商做伴。
行动虽然做不到后世那般保密，但在锦衣卫近年来严酷家法约束下，只跑了应抓官员十几个——高官也没有跑的，全数落网。
皇帝指挥锦衣卫的这一雷霆行动，把朝廷内阁以下所有官员全数打懵。为了做到行动的突然性，朱翊钧除了和张居正密议一次之外，宫内宫外无人得知。
偌大一个两淮所辖的盐政官几乎一扫而空——涉案人数很快超过八百多人。张居正虽然提前知道，但这般规模也大出他意料之外。
他也顾不上营救余懋学来换好名声了，和吏部开了小会，紧急调派历年来的巡盐御史作为钦差，又就近从山东、浙江、南京、北直隶等盐运司抽调人手，来补空缺，一时间给朱翊钧擦屁股就忙的他手忙脚乱。
大案刚发时，全国其他盐运司主官个个吓得抽风，赶紧往账上回吐银子，做假账的同时还要烧档案，包括杀人灭口，转匿财产等事，忙的是面色憔悴，神经兮兮。后来见皇帝没有扩大打击面的意思，这才把心暂时放在肚子里。
等张居正和吏部紧急抽调人手到两淮，他们又个个弹冠相庆——各地盐运司成立以来，这官员比位置少的情况，还是头回经历，个个如在梦中。
为防止两淮动荡，朱翊钧下旨命操江御史何宽和应天巡抚都御史杨成分别带漕兵二千五百和南京守备兵三千，到杭州扎营，便于就近弹压。
随后又紧急起复被罢官的俞大猷为两淮巡盐提举，总理两淮盐丁事。负责安抚军心并操练巡盐兵丁，并剿灭闹事盐枭。
其实，朝廷大张旗鼓，雷霆一击，各大、小盐枭除非要反，谁敢做声？所谓的绿林好汉，粘上毛比猴都精，脑子进多少水才能给这些贪官污吏出头？个个偃旗息鼓，解散帮众，自家躲藏好才是正办。
锦衣卫随后抽调精干力量，继续深挖这些官员。朱翊钧始终在内宫掌着大局，每天要听一次“专案组”汇报。
他同时命锦衣卫在这些蠹虫身上多试验些审讯手段，进行数据分析整理，并尽快形成刑讯教材，大批量培训锦衣卫的刑讯高手。
到后来，盐商和官员也说不出新东西，但提供的证词都能作为佐证，终于给朱翊钧勾画出来以两淮盐司为核心的完整网络，证据链条完整，各种旁证齐全。朱翊钧佯作大怒，将奏报发付廷议，命三法司会审。
等法司会审时，被锦衣卫折磨的灵魂升华，洗心革面的盐商和官员，个个争先恐后，你攀我咬，把大理寺众官惊得目瞪口呆。朱翊钧主政以来，真正意义上的大案——两淮余盐案，就从王琢玉的一本奏章上突破，震动朝野。
正可谓一波未平，一波又起，不过这后波因前波而来，直接把王琢玉、余懋学诏狱之事拍的无影无踪，到了七月末，朝野已无人关心两人死活。
百官所有精力都放在“两淮余盐案”上，四品以上包括御史科道官，每人手中一本活字印刷的《两淮余盐案官、商警示录》，内容触目惊心。
随着《警示录》的散布、传抄，里面的各种贿赂手段，让官场新嫩们大开眼界，心向往之。然而想想这么多的雅贿、俗贿、色贿、房地贿、贺喜贿、亲仆贿、典当贿、干股贿、借据贿、退休返利贿等等手段，都被拷掠的一干二净，众人都愁，如何开发新的贿种。