看到小智走了出来，正在打扫卫生的山本走上前来询问着“小智君，博士的讲课结束了是吗？”
“大概还没有吧，因为我是被撵出来罚站的。嘿嘿！”小智有些不好意思地挠了挠后脑勺说道。
山本弯腰道歉着“实在是对不起，本来你们只是来观光的。却被博士单方面地拽过来听课了。不过还请见谅，毕竟博士是真的热爱考古，才会做出这些事。”
“我也看得出来啊，有这种品质的人才是令人敬佩的。”小智笑着说道，“不过罚站，还是算了吧。我可不想承受被同学们目光包围的羞耻。”
话刚说完，一个身穿黑袍的黑影，从旁边走过。光天化日之下，居然穿成这样，很难不引起两人的注意。可当两人扭头看去时，黑袍人突然加速，消失在两人的视线中。
“那是······”
“喂，给我站住！”山本冲出研究所想要追上去，但已经看不到任何人影了。这个时候，穿成这样，进到遗迹中，怎么看也不像是来观光的。
正这么想着，小智穿过山本，朝着一个方向跑去。似乎还跟着一只皮卡丘。“诶，小智君。你要去哪？”
“啊？我，我也不知道啊！”小智留下这么一句，也消失在了山本的视线中。山本立即追了上去，直到他追上了小智，才发现小智是在跟着皮卡丘跑的。
“小智，这到底怎么回事？你为什么会······”“你为什么会跟着皮卡丘？”这句话还没说完，小智就一指前方，“快看！”
山本顺着小智指的方向看去，看到那个黑袍人正要进入一间石室。“那家伙要干什么？喂，给我站住。”
黑袍人看到两人追了上来，立即进入到了石室中。小智和皮卡丘猛然加快速度，随后跟了上去。而等到山本跑进去时，却发现石室里空无一人。
“这······”山本惊讶地说不出话，扭头观察着这并不多宽敞的石室，居然一下子“吞”了两个大活人，还有一只皮卡丘。“还、还是先回去报告博士吧。”
时间到回到小智追进了石室中后，就看到那个黑袍人用什么仪器对着墙壁比划了下，石壁上突然闪耀出奇异的光芒，黑袍人一头撞上光芒，真的穿过了墙壁，消失不见。
皮卡丘也是毫不犹豫，跳进了光芒中。小智见状也只好跟上。
进到这“奇异之光”的内部后，看到面前是一处宽大的走廊，走廊两边有微弱的火焰，给漆黑的空间中带来一点光亮。
小智疑惑地问皮卡丘“皮卡丘，你差不多能告诉我了吧，到底是怎么回事？那个黑袍人很危险吗？而这又是哪？”
在研究所时，黑袍人一出现，皮卡丘就从宝贝球里跳了出来。小智知道，皮卡丘是不会随随便便就自己出来的，除非是有什么强敌是小智对付不了的。
“皮卡，皮卡皮卡，皮卡——皮卡丘！（嗯，那家伙确实很危险。奇怪的是，那家伙身上有着熟悉的能量波动，说明是我们见过的人。但我能感觉到，现在的他异常的危险。至于这里是什么地方，我并不知道。）”皮卡丘解释道。