第二天，宁采臣继续赶路，来到兰若寺旁边的一个小镇，这里就是他要来的地方，可惜他要找的人已经离开，身无分文的他只好在这里摆摊。这时他看到旁边摊位上有一张画，很像聂小倩，就拿来看了看，随口说道，“我见过这个女孩。”
摊主回道，“不可能的，这个女孩已经死了两年了，这是一年前她父亲画的。”
宁采臣一愣，就在这时，一阵大风吹过，把摊主的画弄乱，他还没反应过来，就看到不远处，一身白衣的聂小倩双手捧着一副画轴，在街上走过，他追上去大喊，“聂小倩。”可是聂小倩好像没听见，没有理会他径直的走远，一会就不见踪影了。
只见周围的人都奇怪的看着他，他尴尬的说道，“不好意思，我刚刚见到熟人了，在兰若寺遇到的。”
“你去过兰若寺？”
“昨天晚上住在那里？”宁采臣回道。
一下子，他身边的人一哄而散，都离他远远的，怪异的看着他。一天下来，没有生意。他无奈只好再回兰若寺借宿。夜里，远处传来几声狼嚎。宁采臣心惊胆战的向兰若寺而来。
聂小倩远远的看着他，心中一片欢喜，小声的嘀咕道，“不是叫你不要来了吗？怎么还来。”还随手帮宁采臣把几只狼杀了，看他进入兰若寺这才离开。
宁采臣想到今天小镇上发生的事情，就跑去找聂小倩，来到后山，聂小倩看到他很是惊讶，就让他进屋，就在这时，树姥姥前来找聂小倩，于是，为了避免宁采臣的生人气息被发现，就把他按入洗澡盆的水中。
自己应对姥姥以及小青，姥姥是来送嫁衣的，三天后，她要嫁给黑山老妖，树姥姥用忽男忽女的声音告诉她，“黑山老妖是枉死城的千年鬼王，我也不是对手，你要好生侍候着。我也舍不得你，可谁让他看上你呢。这就是命。”
这时，宁采臣在水中弄出动静。差点被发现了，还好聂小倩机敏，一一化解了。几经周折，才送走姥姥和小青。
这段戏也让观众看得过瘾，他们替宁采臣担忧又佩服聂小倩机智，明知主角不死定律，可还是不由自主的担心。
聂小倩约宁采臣在亭中相见，聂小倩把自己的画像送给宁采臣，两人还在上面题诗“十里平湖霜满天，寸寸青丝愁华年。对月形单望相护，只羡鸳鸯不羡仙。”两人相处相拥，相谈甚欢，这时，宁采臣不小心触动了，聂小倩用来呼唤树姥姥的铃铛。这会引来树姥姥，那么宁采臣就会没命。
着急的聂小倩为让宁采臣离开，违心说了狠话，气跑宁采臣。虽然救了宁采臣，不过这也让树姥姥怀疑上聂小倩。
第三天，宁采臣气呼呼的离开兰若寺，回到小镇上，继续摆摊卖字。无意中看到悬赏通告，有一张通缉犯的画像很像燕赤霞，再想到燕赤霞在追杀聂小倩，心中放心不下，于是又急匆匆的向兰若寺而来，正好遇到小青，把她错认成聂小倩，就赶忙上前，小青很高兴，总算捉到聂小倩的把柄，就要对宁采臣下手，这时，燕赤霞赶来，二话不说杀了小青，宁采臣看到杀人了，就害怕的急忙逃离，要去官府报案。
燕赤霞赶来，跟他解释，他不信，毕竟他亲眼看到燕赤霞杀人。这时燕赤霞无奈只好将他打晕带回兰若寺。
第四天早上，燕赤霞强行带着宁采臣去后山，没看到房子，只看到了聂小倩的墓，他也想起摊主说的话，他信了聂小倩就是女鬼。燕赤霞要他帮忙，钓出聂小倩，他也想找聂小倩问个明白，就答应了。燕赤霞给了他一本在寺庙里找到的《金刚经》用来护身。
晚上聂小倩匆匆来找他，宁采臣也逼问她，最后她告诉他实情，是姥姥控制她的金坛，让她无法进入阴间，无回转世。宁采臣心生怜悯，就承诺，一定帮她拿回金坛送她回乡。这时树姥姥突然出现，就要对宁采臣动手，聂小倩知道不是树姥姥的对手，还是用尽力气，把宁采臣丢出寺外，让他逃离。
宁采臣逃了几步，毅然决然的回头，和聂小倩一起面对树姥姥，就在千钧一刻时，燕赤霞从天而降，救下宁采臣，和树姥姥战到一块。这里就是特效了，树姥姥树根缠绕，树枝拍打，燕赤霞口念法诀，左挡右突，火球术，巨剑术。
聂小倩也来帮忙，鬼嚎，虚化，最后用附身，让树姥姥短暂失神，燕赤霞趁机一剑劈开，劈死树姥姥，也连带着伤了聂小倩，就在燕赤霞打算杀聂小倩，宁采臣不顾一切，挡在聂小倩身前掩护着她，并和燕赤霞的争论着，他大声替聂小倩出头求情，阻止燕赤霞杀聂小倩。
燕赤霞苦笑道，“这次杀的只是千年树妖的一个元神，找不到她的本体，最多百年，就会复原。”
聂小倩说道，“我也不知道姥姥的本体，他一直很谨慎，没透露本体所在。”
宁采臣恨恨的说道，“放一把火，把树林烧干净，看他出不出来！”
燕赤霞洒脱的笑道，“那样有伤天和，一切自有天意，至少百年内他无法再伤人。”
第五天白天，宁采臣和燕赤霞来到后山，挖开聂小倩的坟墓，取出金坛，就要带着离开，谁知在树林里乱转，就是走不出森林，燕赤霞知道这是千年树妖心中不甘，搞出阵法困住他们，燕赤霞吼道，“千年树妖，小小困阵难不倒我，你非要逼我找出你的真身吗？”
远处兰若寺的庭院当中，一颗巨大的许愿树，突然摇晃起来，过了一会，风平浪静，困阵也消失了，树妖妥协了。
两人离开兰若寺，夜晚，宁采臣拿出金坛，唤出聂小倩，看到自己已经离开兰若寺，聂小倩虽然很怕燕赤霞，但还是很感激他们。宁采臣看到确实是聂小倩的金坛，也放心了。
于是三人继续赶路，不久看到一处张灯结彩的房子，隐隐约约的看到不少人影，三人好奇的就进入屋里，诡异的是，里面没有一个人，就在燕赤霞感到不对劲的时候，房屋一变，一个黑洞出现，瞬间将聂小倩吸入，里面还有声音传来，“本王看中的人，休想逃离。”
“黑山老妖！”燕赤霞看着不远处的森林，这里其实离兰若寺不远，他们根本就没走多远。燕赤霞若有所思，说道，“黑山老妖，阴间道，兰若寺，原来如此。”
宁采臣焦急的问道，“这是怎么回事？”
燕赤霞解释道，“这里有一条阴间道，每年盂兰节就会通道打开，兰若寺就是为了镇压它的。聂小倩被带进去了。”
宁采臣不管这些，他现在只担心聂小倩，“我们现在就去追。”
燕赤霞解释道，“阴间道，顾名思义就是鬼魂走的路，我们生人在里面呆不了多久，就会魂魄离体而亡。”
宁采臣固持己见，坚持要去救聂小倩，“君子有所为有所不为，我答应要送小倩回乡，就一定会做到。”
燕赤霞无奈，只好陪宁采臣走一趟阴间道，进入之前，交代道，“天亮之前，不管什么结果都要赶回来，不然你我都会死。”
二人进入阴间道，快速追赶，黑山老妖也没想到他们居然追来。于是又是一场大战。黑山老妖可是比树姥姥难缠多了，更何况还在阴间道里，是鬼王的主场，燕赤霞频频落败，不是对手，哪怕加上聂小倩也不行，最终还是《金刚经》克制黑山老妖，最后终于打败黑山老妖，救出小倩。
他们回到人间，但这时天已大亮太阳已经出了，小倩是见不得阳光的，宁采臣为了挡住屋里零星的阳光，硬是无法与小倩见上最后一面，二人含泪难舍，但最终，小倩含泪对采臣说了一句，“永别了。”就钻进她的金坛。
影片的末尾，宁采臣把她安葬在家乡，他抱着她的画像，祭拜之后，豁达的与燕赤霞一同骑着马奔向远方。
这时主题曲响起，演员表升起，电影结束。