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自混沌初开以来，人类便和妖怪生活在一起。妖怪吃人，人类杀妖。反反复复，不曾间断。但人类的力量，终究还是弱于妖怪。虽然有部分人类体内灵力觉醒，但是依然还是难以抵挡众妖。人类为了保全自己的性命，延续种族，建立了第一个朝代——夏朝。
夏朝的建立，将人类团结了起来，人类第一次，真正意义上地战胜了妖怪。自此，也出现了一只专门对抗妖怪的队伍，而这支队伍里面的人，被称为——抓妖师。而人类和妖怪的争斗，慢慢地也发生了变化。一部分妖怪开始走向人类，和人类共处。而另一部分妖怪，依然以杀人、吃人，与人为敌。
从商朝开始，部分邪恶的妖怪，便进入了人类的生活之中，当然这些妖怪的身份，并没有多少人知道。到了商纣王的时期，妖怪依然处于被人类打压的境地。这些潜伏已久的邪恶妖怪们便有了个想法，让九尾妖狐妲己，去魅惑商纣王。于是这些妖怪便抱着试一试的心态让妲己去了。然而没想到的是，商纣王，真的被妲己给迷惑住了。
因为妲己，部分潜伏的妖怪，终于正大光明地走入了人类的生活中，申公豹、四眼琵琶等等。这些妖怪妄图让妖怪统治人间，让人类做妖怪的奴隶。即使商纣王依然还是商朝的君王，但是他已然被妲己迷惑。哪还会去关心，这世间人类的性命呢？
在妖怪五年的黑暗统治下，名为姬昌的人类，决定推翻这个表面上看似由商纣王统治，实则由妖怪统治的昏庸王朝。然而有反叛的人，必然会有阻碍之力。姬昌一个人的力量，终究还是无法撼动商王朝，无法推翻商王朝。
这一重任，也被交到了姬昌的儿子——姬发的肩膀上。姬发吸取了父亲的教训，知道单靠一个人的力量，是无法推翻已经被妖怪侵蚀的商王朝。因此，姬发拜访姜子牙，任命哪吒、杨戬、雷震子、土行孙等人和妖，统率军队，与商纣王展开了战争。
这场人类与妖怪、人类与人类、妖怪与妖怪的战争。最终，在牧野落下了帷幕。姬发战胜了商纣王的军队，推翻了商王朝，建立了周朝。而那些不怀好意的妖怪，也纷纷逃窜，不见踪影。
姬发自封周武王，他明白发生动an的根本原因。知道必须找到一个方法，制衡妖怪的过分作为，约束人类不断滋生地猖狂与贪婪……
姬发将这些事宜都交给了姜子牙，自己则开始安定起混乱的人世间。至此，姜子牙便立封神榜，将大战期间所有立功的人和妖都封入神榜成神。同时宣布，每十年，封神榜前五名，都会获得封神的机会。当然，如果封神失败，必须再等一个十年……
而大理石抓妖府（缉妖局）的前身，龙虎监妖师和三清石观台也因此创立。于是，人和妖之间，终于开始趋于平衡。无论时间如何流逝，朝代如何更替，时代如何变化。直到现代炎黄，隐藏的暗流，依然在无限涌动……