他把自己的想法告诉了班纳，两人利用洛基权杖，一起造出一个人工智能机器“奥创”，但奥创认为想要和平就必须消灭人类和复仇者联盟，奥创纪元危机爆发。
他和复仇者们再次集结，对抗奥创，最终取得了胜利，阻止住了奥创毁灭地球的阴谋。
但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，联合国出台索科维亚协议，规定复仇者联盟必须接受联合国的管理。
复仇者联盟内部因为是否签协议起了争执，托尼因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，心生愧疚，决定站在支持签署协议的一边，他与反对签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特·泽莫炸毁联合国会议室的问题而引发了复仇者联盟的内战。
莱比锡机场大战之后，托尼得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的是正确的。
他心底过意不去，便来看望被关押的反对签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置，他赶到西伯利亚，想和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特·泽莫的阴谋。
但是也正因此三人中了泽莫的计策托尼得知当年杀害他父母的人就是冬日战士的真相，陷入了疯狂，独自一人和美国队长及冬日战士展开大战，最后托尼被美国队长盾牌打中了方舟反应炉而失败。
但是美国队长也放弃了盾牌，冬日战士也被他打断了金属手臂，两人彻底决裂。
从西伯利亚回来之后，托尼收到了美国队长的道歉信和一部联系电话。
尽管他拒绝帮助国务卿罗斯将军阻止美国队长的越狱计划，但是他一直没有完全释怀。
后来，托尼开始指导蜘蛛侠彼得·帕克一步步走向超级英雄的道路，并开始和波茨谈婚论嫁。
灭霸的属下入侵纽约时，他和奇异博士、王以及班纳博士共同对抗乌木喉和黑矮星的入侵，这期间他掏出美国队长留给他的联系电话，但一直犹豫不决。
奇异博士被乌木喉抓走后，他和蜘蛛侠一起进入太空营救。
后来他和蜘蛛侠、星爵、螳螂、星云和毁灭者德拉克斯共同在泰坦星对抗灭霸，但最终不敌。
在托尼即将被灭霸杀死之时，奇异博士交出了时间宝石。
灭霸的响指成功打响后，在泰坦星上只有托尼和星云幸存了下来，包括蜘蛛侠彼得等人在内的超级英雄全都消失了，托尼为彼得的消失而感到愧疚万分。
无限战争后，他和星云被困在太空，后来惊奇队长卡罗尔·丹弗斯将他们救回地球。
回到复仇者联盟基地后，因之前的恩怨，再加上彼得的消失使他感到十分恼火，和美国队长又大吵了一架。
后来班纳博士不得不利用镇静剂让他沉睡，因而未参与美国队长的追杀灭霸的行动。
追杀灭霸的行动终以失败告终（灭霸虽被杀死但无限宝石却全被毁掉）。
这场行动结束后的五年时间，托尼在山林中隐居，和佩珀结婚并且育有一女摩根·斯塔克。
当美国队长等人因为时空劫持计划来找托尼商议时，托尼不愿再去冒险，甚至用女儿为由拒绝了美国队长等人的邀请。美国队长等人离开后，他看到一张和彼得·帕克的合影，想起彼得是在自己的怀里消失，决定开始时空穿梭的实验，并成功研制出了时空穿梭的模型。