就如之前他在淄川、章丘对待那些家族一样，该清理整顿的还是要清理整顿的，主要就是田地，把侵占的田地给收回，私采的矿山等登记，商铺作坊必须如实申报登记，领取部贴执照，照章纳税。
孙孝恩跟朱以海诉苦，崇祯以来，山东没有一日之太平。
“崇祯十二年，清兵绕过北京南下，攻入山东，破济南城，大肆抢掠，当时济南被杀被掳的壮丁就有八千八百五十一丁之众，民间牲畜被掳尽，此后几年，牛一头直二十两银，大者值三十两银，贫者相傅而耕，率六七人曳一犁，日三四亩，已困疲。”
鞑子屠戮抢掳山东，还造成了瘟疫爆发，死者无数。
“十六年，清军再攻山东，虽未破济南，却攻破了泰安，连许多世家望族也遭受灭顶之灾，千金之家有丐于市，整个山东被践踏成人间地狱，驰驱两千里，人烟断绝······”
孙孝恩告诉皇帝，并不是山东士人无骨气无节义，鞑子入关前的两次攻入山东，山东也有无数官吏将士，士绅百姓抗争。
十二年破济南那次，济南兵因被杨嗣昌调走，城中空虚，仅乡兵五百、莱州援兵七百，但巡按御史宋学朱带领下，城中官吏百姓仍然全城坚守，虽仅守十日城破，但没有一个逃跑的。
从巡按，到布政使，再到按察副使、知府、知县、兵备道、盐运使，甚至是教授，所有人慷慨赴死，为国捐躯。
滨州杜氏、新田王氏两大家族，也都是十分英勇。
十五年，清军犯滨州，告老还乡的原山西太原通判杜律，立即组织城中的杜氏家族子弟守城，满怀激烈，视死如归，最后城破而死。
举人杜赋，城破后不甘从贼，怒骂清兵而死，其六子俱被害，杜家的子孙一个接一个前仆后继的冲上去杀鞑子，几乎满门灭绝。
清军攻下滨州后过新城，新城王氏也满门守城抵抗。
王氏甚至早在孔有德叛乱时，时任保定同知的王象复在家养病，闻讯跃床而起，慷慨陈词，吾家世受国恩，岂可不去，于是召集乡民，与儿子一同碟血城头，城陷后父子双双被俘，不屈被杀。
清军来犯，王氏家族上下仍然上下同仇敌忾，表现空前壮烈，那些平日里风花雪月吟诗做画的子弟，纷纷拿起弓箭长枪，坚守城池，这次兵祸，新城王氏遭受重创，不仅家族祖宅大院被洗劫一空后被清兵焚毁，家族子弟也三十多人死难，家族年轻一代的精英几乎死绝。
也正是因为这次兵祸，让本来王象复那代出了数个进士，多个做到高官的王家，最后出现断代，如今也仅有王士祯几兄弟长成后渐有了些名气，但不复昔日满门公卿的盛况。
后来北京沦陷，王象晋次子王与胤还在家携妻儿自杀殉国，他此前已官至湖广道监察御史。
他是当时王家最后一个年轻精英。
可以说，在清军入关前，山东的士族名门表现其实还是不错的，新城王氏这样的满门忠烈并不是个例。
可为何后来却成了鞑子满朝半山东？
要说来李自成要担很大责任。
李自成攻入北京，崇祯自缢煤山，大明亡了。
大顺朝派兵下山东，那些来到山东的大顺官吏，收罗土贼豪恶为胥役，以割富济贫的名义，把京城的拷掠之法带到山东，对山东的地方士绅、世家望族进行压榨，使的许多大户的奴仆趁机索要奴契、侵占财产，到处发动奴变，奴变席卷山东，愈演愈烈，大者杀人放火，小者抢掠一空。
世家大族遭受的损害比鞑子两次下山东时还大。
于是乎，世家大族组织起来诛伪，带头的卢世鹤傕、赵继鼎、程先贞、谢陞等人都是出身德州的卢、赵、程、谢几大家族，还有济南的刘孔和，也是在长白山起兵。
他们起兵诛伪，既是对大明王朝的忠效，也是对自身利益的维护。
不久后，清军入关，山东的顺军全面撤离，清军南下。
与顺军到处拷掠压榨不同，清军刚入关时为稳定局势，对地方上，尤其是士绅望族是大行招安政策的，入京第一时间，就让山东籍的户部右侍郎王永鳌招抚山东河南等地。
他也立即举荐了德州籍前朝大学士谢陞等四十余位高官，而鞑子也立即让他们以原官仕清。
谢陞等之前本来是举兵诛伪拥明的，可在王永鳌的出面招抚下，得到鞑子安抚承诺后，他们最终选择了归附新朝，于是乎东昌、临清等地次第而平。
所以山东在清入关后，在镇压顺军以及地方盗匪这块，比任何一个省份，都要来的迅速，孙之獬等山东籍前明官员，纷纷入朝接受招抚授职，并迅速出任中央和地方要职，为满清招抚各地。
山东的名门望族大户，自然也是纷纷归附新朝，并借清军之势，迅速的扫荡了山东地方上的顺军余部，以及盗匪和那些奴变的奴仆等。
这种选择，无疑首先还是因为自身利益，顺军本来攻下北京后，取山东是不费一兵一卒的，但是他们后来在山东与在北京一样拷掠，甚至还放纵甚至挑起奴变，完全把旧有秩序打破，甚至把这些士绅豪强逼对了对立面，逼的他们起兵诛伪。
他们反抗顺军，也还有忠效明朝之意。
但经历了顺军的劫掠后，这些山东望族对于接着入关的清军，反而表示了支持，最主要的还是清军对他们的招抚策略，保护他们的地位和财产。
如果当初大顺入山东后不拷掠压迫他们，他们大多数人可能也乐得拥护新朝，并在新朝做官的。
面对顺军拷掠，奴变打击，陷入焦头烂额中的山东士族选择了跟满清联手镇压顺军、奴变军，重新恢复地方秩序，甚至是必然选择。
清军南下后，山东仍然此起彼伏的义军，其实许多都是奴变而来。
比如谢迁，他原本就是韩氏的奴仆。
经历了大明崇祯帝自缢，北京沦陷，顺军南下拷掠，奴变动荡，清军南下安抚等这些后，山东的士族名门其实就撕裂了。
大部份转而归附了新朝，只有少部份南下去追随正朔，也有一些看破红尘，归隐山门。
比如当初与谢陞他们一起组织义军诛伪的德州在籍御史卢世，积极参与诛伪，但在谢陞等归降清军后，他却以病重为由辞去了清朝给予的原官待遇，但其实他一直在家好好的。
而新城王氏、滨州杜氏都曾经满门忠烈抵抗清军，所以清军南下后，他们都以奉养老人等理由，拒绝出仕。虽然两族在去年的科举中，也都鼓励年轻后进去参加科举，其根本原因，也是这些家族都是以科举起家的，如果不参加科举，没有了举人进士这些功名，家族就会迅速衰弱，尤其是许多士绅特权保不住。
他们也许不想马上出仕，但却不想家族失去士族地位，其内心也是非常矛盾的。