原本发放俸米之时，托津也和鄂罗哩议定，既然平时发放仓米多为陈米，那这次索性给京官们卖个面子，七成陈米之外，多加三成新米，这样只要京官们能得到些新米，自然满意，也就不会记恨托津，而多发三成新米，对整个粮仓而言本也无足轻重。当时托津与鄂罗哩都不清楚粮仓内幕，便也这样照做了下去。可各人都未能想到，这次多发新米，竟意外挑中了高添凤添加药剂的那几座粮仓。而多发的陈米，也有许多是他偷卖贡米改换的次米，这些次米在京仓贮藏多年，不少都已经发霉，彻底变质不能食用。原先京城旗人并不在意食用陈米，可如今下发俸米，大半都是霉米药米，却如何还能下饭入口？一时许多底层旗人兵士，纷纷控诉京仓发米不公之事，而太常寺少卿马履泰也正好在这时得到消息，有人经常从通州粮仓向外贩米，马履泰便将此事上报给了嘉庆。眼看京中无论旗汉文武，对于发米之事无不怨声载道，嘉庆又如何无动于衷，很快也派了几名大学士前往通州查办此事，并要求他们彻底清查通州粮仓，这样一查，高添凤的种种劣迹，才终于暴露出来。
清时将偷盗仓米、伪造账目之事称为“黑档”，是以高添凤之事，在当时也被称为“黑档案”。“黑档案”爆发之后，嘉庆认为高添凤不过区区小吏，若是仓场官员能够严查粮仓，他就绝不会做出如此大案。是以对于高添凤在通州粮仓这七八年里，所有曾任仓场侍郎的官员，也一并进行追责。托津也当过仓场侍郎，眼看情况不妙，主动向嘉庆请罪，但托津任上失米不多，所以嘉庆也只是将他降级留任，可这时的仓场侍郎李钧简，在任半年便让高添凤盗出仓米数千石，乃是历任仓场侍郎失米之最，眼看李钧简如此失职，嘉庆又如何不怒？是以这日想着黑档一案，便即再下上谕，将李钧简罢官夺职。
而眼看这两件大案爆发，最为震惊的或许不是嘉庆，而是阮元。表面上看，这两件案子确实和阮元无关，可李毓昌案的涉案总督铁保，正是阮元考中进士的己酉科中的副主考，是阮元座师，而李钧简不仅是阮元同科进士，还是当年的二甲第二名，正好在阮元前面一位。不过半年，铁保、李钧简、刘凤诰、任泽和，相继涉案落马，这时距离嘉庆五十大寿，也只剩下数月。眼看己酉科师生如此，嘉庆又如何能够信任阮元？如何相信刘凤诰最后的连号罪名，乃是逼供所得？是以阮元看了邸报，便也清楚，嘉庆对于自己师生，一时间根本不可能再抱有信心，即便刘凤诰向嘉庆申辩，嘉庆也不会听下去了，所以刘凤诰才会心灰意冷，主动承认了连号。
当然，阮元也逐渐清楚，刘凤诰、任泽和之后，嘉庆要动手惩办之人，就是自己。
果然，这时嘉庆想着仓场之事，竟也开始怀疑起地方督抚，便对各大臣道：“你们看看吧，通州粮仓上报，现在粮仓之内，竟有一半都是次米，这是什么天庾正供，又如何做为百官恩赏之用？！想来次米如此之多，他一个高添凤也成不得这般气候，定是地方漕帮，起运之际，就掺杂了不少次米。传朕旨意，所有有漕直省督抚，一律下去严查漕粮之事！若有旗丁水手盗卖漕粮，以次充好的，都速速上报于朕，若有隐瞒，定当严惩不贷！”
“臣等遵旨！”费淳、董诰等人齐声道。
“遵旨遵旨，你们成日口称遵旨，下面办的实事，究竟又有多少？”嘉庆这时竟是余怒未消，又对费淳道：“费淳，你是大学士，又兼管户部部务，这仓场之事本来也在你职权之内，李钧简庸懦如此，你怎得先前全然不知，更无一语言及于朕？！这黑档之事你办完，就暂时归家自省去吧，户部的事，你不用再管了！”
眼看嘉庆如此恼怒，费淳却也不敢再说“遵旨”二字了。
不过数日，对于李毓昌案、通州黑档案的审理结果，也渐渐公之于众，高添凤及其同伙，所有直接参与偷漏粮米、以次充好、添加药剂之人，一律处斩。李钧简革职等候调用，费淳仅保留大学士一职归家家居。铁保革去两江总督之职，遣戍新疆，江苏巡抚汪日章一并革职，削籍为民，永不录用。两件大案，无论直接参与之人，还是相关高层官员，都一并受到了嘉庆严惩。
这时对于阮元而言，或许唯一的幸事，就是两江总督之位因铁保被革职出现了空缺，嘉庆一时没有合适人选，便临时让阿林保做了两江总督，而改任陕西巡抚方维甸为闽浙总督，阮元一向清楚，方维甸为人清廉能干，对海盗也曾力持主剿之议，有了他坐镇福州，对蔡牵的最后一战，胜算自又多了两成。只是福建方面，如果实行分船隔攻战术，能否配合得当尚有疑虑，是以阮元也联系了张师诚，希望八月之初，张师诚可以到台州一次，自己将与他合议围剿蔡牵之计。
但与此同时，嘉庆要求查办漕帮的上谕，也已经到了杭州，阮元便也向嘉白帮问过了偷漏换米诸事，很快嘉白帮有了回复，帮内规矩从来严明，并无水手胆敢盗卖米粮，每次浙江漕帮起运漕粮，也都能妥速完成运粮之事。阮元想着余得水毕竟和自己也有多年交情，应该不会骗自己，便依嘉白帮所言，对嘉庆上了折子，同时到达圆明园的，还有这一年浙江依例上报粮价的奏折。
可面对阮元这样两封奏折，嘉庆却根本不能满意。
“这浙江米价，为何今年还是居高不下？朕记得，去年浙江报了水灾，朕也蠲免了几个县的赋税，有灾荒，米价高些倒也罢了。可今年呢，浙江并无报灾之事，为何米价还不能降下来？！想来也不过是海寇依然肆虐，沿海奸民为求私利，偷漏米粮给了海寇，这才让浙江米价居高不下！阮元这次浙江巡抚，是怎么当的？粮价降不下来，海防不能断绝接济，如此昏聩糊涂，朕要你继续做浙江巡抚有何用？！”
“浙江漕帮并无偷漏米粮之事，阮元到底有没有严查下去？若是每个督抚都像阮元这般，都给朕报漕帮无事，那少了的漕粮是去了哪里，京仓又怎么会出现那么多朽米霉米？阮元究竟在做什么，刘凤诰之事，陆言说早已民怨沸腾，他竟报了个本未得有实据，现在托津的折子到了，刘凤诰有连号之罪！这样想来，阮元说的未有实据云云，不过是他包庇的借口！刘凤诰是己酉科进士，阮元也是，己酉科……”
“今年这几件案子，哪个没有他们己酉科的影子？李毓昌案，铁保是己酉科副主考，阮元刘凤诰，皆以恩师称之，黑档案，李钧简是己酉科，杭州科场案，刘凤诰任泽和，一样是己酉科！嘿嘿，真是好老师，好学生啊，有这般昏庸包庇的老师，也就有这般上下欺瞒的学生！平日空言师生情谊，实则蝇营狗苟，无恶不作！朕亲政十年，对这些人太客气了，这一次，朕若是不出重拳，这天下百姓，还如何相信我大清的国法纲常！”
就这样，阮元的命运，也开始逐渐发生了变化。
嘉庆十四年七月初，新的上谕到了杭州，这次嘉庆对阮元再未容情，而是直接命令阮元停止一切浙江巡抚职务，将浙江政事交予布政使庆格、按察使蒋继勋共同办理。同时，嘉庆让江苏布政使蒋攸铦南下杭州，待蒋攸铦到任之后，阮元便需将浙江巡抚印信交割于他。之后，阮元须入京觐见，等候嘉庆发落。
上谕下达之前，托津和卢荫溥也已在杭州将刘凤诰一案前后文卷整理完毕，便即押着刘凤诰，一道回了京城。阮元接了上谕，清楚这时自己根本无法对嘉庆申辩，而且自己也确有识人之过，只得会同庆格、蒋继勋，以及杭嘉湖道李赓芸，将未决之事一一交接给了三人。之后，阮元回归抚院内宅，闭门不出，只等新任巡抚到杭州接印，便即启程，北上向嘉庆谢罪。