和珅伏法之后，嘉庆也继续下发诏令，逐渐更新乾隆末年的部分弊政。
首先，对于地方之上声名狼藉的官员，嘉庆逐步展开查办，比如湖广地方上贪纵不法，激起民变的湖南布政使璹、湖广道员胡齐仑、武昌知府常丹葵等人，虽未必与和珅有所交集，但贪虐形状属实，一律革职查办。和珅另一亲信，云贵总督富纲，也在不久后被革职拿问，押解入京。
接下来，嘉庆依从朱珪建议，将议罪银之制认定为“和珅所创弊政”，有了和珅的名义，那么废除议罪银，自然也就是顺理成章之事了。
随后，嘉庆开始下诏求言，声称无论官民，均可向军机大臣或各部院上书，后改为向都察院投书，总之即便是平民百姓，也可以向朝廷陈述所见弊政。而且就理论而言，除非嘉庆亲决，否则都察院不得将平民上奏视为“妄诞”之言。（然而，因上奏文书数量众多，都察院擅自退回平民上奏之事，也依然有例可循。）
同时，对于乾隆朝因诗文著书犯禁的部分犯人家属，嘉庆亦宣布予以开释，徐述夔、王锡侯两家现存家眷，得以回归乡里。在诏书中嘉庆也声明“殊不知文字诗句，原可意为轩轾。况此等人犯，生长本朝，自其祖父高曾，仰沐深仁厚泽，已百数十余年。岂复系怀胜国，而挟仇抵隙者。”一时间民间挟诗文检举之事，渐渐无闻。
清除旧弊的同时，嘉庆也厉行节俭，嘉庆四年因大行皇帝梓宫尚未安葬，暂停避暑山庄之行。先前新疆官员奉和珅之命，开凿大和阗玉送往京城，嘉庆得知此事之后，即令前方官员将大和阗玉弃置。乾隆庙号谥号，此时也已定下，庙称高宗，谥曰纯皇帝，后世谥号有所增益，暂时不表。
对于中外官员，嘉庆进一步进行调整，前线大员宜绵、秦承恩因久战无功，即行革职拿问。松筠回归中原，暂任陕甘总督，阿桂一力提拔的干吏吴熊光，被授予河南巡抚。在四川以清廉闻名的刘清，也被嘉庆委以安抚战区百姓的重任。前线这时也屡传战果，冉文俦、冷天禄等白莲教领袖均被剿灭。
就连衍圣公府之事，嘉庆也进行了调整，原本乾隆要求于氏抚养孔庆镕，嘉庆亲政后，以于氏外家不得擅自干预孔府家事为由，将孔府要事暂且交归孔宪增处理。对于孔府父子姐弟而言，这也是最好的结果。
此时，嘉庆也将大权暂时集中在南书房，以备政权过度之用，阮元也得到更多重任，暂署兵部左侍郎，参与绿营各部将官任免调用之事。一时眼看朝廷之中，皆是王杰、刘墉、纪昀、董诰、朱珪等元老重臣，阮元也不禁感慨，此时已是众正盈朝，再兴盛治，或许有望了。
只是阮元的日子，却也一直不得安歇。虽然没有了捉拿和珅，策应其中等机密要事可言，不需要再一直等到入更才能还家。可一时间南书房集中了大量各部公文，阮元既需要负责礼部乾隆大礼事宜，也需要参与兵部将官任免，每日在南书房中，依然辛苦。大多数入值之日，都需要一直忙到申正之后，才有可能退值，这在清代已经是极晚的退值时分。
眼看北京城已是冬去春来，进入三月时分，阮元的公务却一点不少。这一日，兵部拟定的部分将官改任奏疏被送到了南书房中，因涉及俱是提督、总兵之属，阮元一时也不敢决策。便将英和、潘世恩一并找来，共同拟定改任之事。
英和看着拟定的改任人选，问道“阮侍郎，皇上自清除和珅一党一来，所新任提镇，俱是资历深厚，多有功绩之人。这份名单后面，也已经将各人近年的考课劳绩，一一齐备。却不知阮侍郎又有何建议，难道兵部如此谨慎的调任名单，竟也有不妥之处吗？”
阮元笑道“其实并非如此，兵部这次调任官员，大多都是近年来为官勤勉，足以提镇一方之人。这个在下是不反对的。只是这其中有个人选，在下觉得还是再行商议为好。”说着打开了名单，将手指指向了其中一个熟悉的名字李长庚。
“李长庚？”英和不觉有些疑惑，道“文书中已有载明，李长庚在定海镇任总兵两年有余，一向勤勉，深得士众之心，所以此次改任广东的碣石镇总兵，算是平级调动。而且，近年来东南沿海，海寇频频，这个阮侍郎在浙江难道不知道吗？将他调任碣石镇，我看着距离海寇更近些，引兵作战反而方便呢。”
“但在下却认为，眼下应当让李长庚继续担任定海镇总兵为好。”阮元道。
“那阮侍郎又有何高见？”英和问道。
“在下以为，李长庚移镇，有三不可。第一，李长庚在定海镇不过两年，若陡然调离，定海镇军心必然受到影响，而他在碣石镇可谓初来乍到，还需要时间去熟悉军情。这样对于两镇而言，都不方便。第二，在下曾与定海镇将官有所交流，得知他们仅嘉庆二、三年两年，便积欠了一半军饷，若是此时定海镇无一令人信服之人坐镇，万一今年军饷再次发放不及，只怕定海镇军中会有哗变。第三，在下在浙江时，深知眼下海寇飘忽不定，闽浙粤三省俱有大批海盗出没，并不是说浙江靠近东海，所受灾难便要少于其他诸省，相反，海寇往往因浙省无备，竟北上突然袭击浙江沿海。是以此时浙省各镇总兵，不仅要选资历深厚之人，还有考虑是否擅长海战，是否能及时用兵。眼下拟任的这位哲勒杭阿大人，在下亦曾得闻，虽然勤勉，却不擅海战，此时浙江一旦调用不及时，只恐沿海百姓，年内便要受海寇所害，是以在下想着，能将他暂留定海镇，待海寇平定了，再考虑升迁之事不迟。”阮元道。
“可是阮大人，您这番话，我听着即便反过来说，也没错啊？既然李长庚在浙江，不过一年就可以稳定军心，那他去了碣石镇，一样可以很快指挥起全镇人马才对。至于军饷，皇上估计这几日也就要下发了，又有何必要让他继续留任？至于海寇飘忽不定，那为什么一定要强化浙江的防范呢，难道福建和广东，就已经不需要再考虑了吗？”英和问道。
“英大人，海战绝不同于陆战，若不是精通海战之法的宿将，骤然督师作战，必然要吃大亏。所以沿海各镇，在下以为大多无需变动，但诸如先前黄岩镇总兵陈上高，贪劣之迹早已上闻，将他撤职，是不可不为之举。可李长庚并非此类劣员，此时调用他镇，又有何益呢？而且在下还认为，眼下沿海各镇，也需要一只精于海战的水师，这样日后清剿海寇，才能无往不利，如此频繁更换提镇，其实并不利于练兵。”阮元坚持道。
“阮大人，外省提镇之事，哪里像你想的那般麻烦啊？任职一两年便即调动，本来也是常事，怎么到了阮大人这里，就这也不可，那也不可了呢？还是说，阮大人与李长庚有旧，所以想借此庇佑于他啊？”英和道。
“那潘大人有何意见？”阮元看着自己难以说服英和，只好求助于潘世恩。
“这……阮大人，下官这些年做得都是翰林，也不比阮大人，还有机会出京督学，若说起军旅之事，在下也着实不在行。不如还是等皇上到了，再请皇上定夺吧。”潘世恩是乾隆五十八年的状元，因文才出众，兼之勤勉，仅七年便升到詹事，也是阮元之后汉臣升迁最快的人之一。可正因如此，外事一时间却并不熟悉。
也就在这时，只听外面一个声音道“阮元、英和，你们是在这里讨论政事吗？这是好事。朕不如皇阿玛英明神武，自然也需要你们齐心协力，多些意见，朕也可以斟酌使用嘛。”正是嘉庆到了，张进忠则拿着一卷诏书，跟随其后。阮元等人也连忙跪拜两旁，让嘉庆先上龙位坐下了。