经过半年兴建，学海堂也已经出具规模，道光四年夏秋之际，学海堂几处正堂均已修建完毕，只剩下部分学舍、藏书之处还在继续营修。阮元这一日也来到新建成的学海堂正堂之内，与各人讨论学海堂创办事宜。
“这次咱们学海堂的藏书阁，你等无需再有顾虑，我自会捐出部分廉俸，帮你们修的更大一些。”阮元也向一旁的吴兰修、林伯桐等人说道：“我在杭州、淮安的时候，修建过灵隐书藏和焦山书藏，也为他们拟定了藏书章程。过些时候，我按照当时的章程，也帮学海堂拟定一份。学生不读书，便不足以知经史掌故，更不可能言而有据，所以这藏书之事，最为根本，你等以后也要小心看护才是。”
“我等知道了。”吴兰修也向阮元拜道：“只是总制，我等经费之事，却不知总制可有着落了啊”
“我已定下两处经费来源，对于维持学海堂开支运转而言，应当是足够了。至于日后你等是否想着更进一步……也罢，一时间你们也不需要想那么多。”阮元也向吴林等人说明道：“我先为你等备下两处经费，第一部分是番禺县八塘海心沙担二十三顷田地，及镇涌海心沙担二顷三十亩田地，这部分田地一年的田租有五百六十两，都留给学海堂作为维持开支之用。第二部分，我之前为了补贴学海堂工食，已出捐三百两，如今我再捐三千七百两，给你们凑够四千两银子，这四千两我们交给文澜书院，他们和商人有些联系，每年能收取些利息，咱们就把这利息也算进学海堂的账上，这样每年学海堂少说也有七八百两银子的收入，维持书院房舍、补贴工役，我看是足够了。还有，咱们也把文澜书院那边的膏火银之制留下来，学海堂每年考课四次，每次考评出来的优等学生，都发给膏火银一两。这样咱们的学生，也自然会积极进学，以有所成了。”
“总制创立书院恩德，我等难以为报啊！”吴兰修、林伯桐等人听着阮元商定经费一事，自知学海堂如果每年真的可以有少说八百两银子的岁入，自然可以维持有效运转，当即向阮元拜谢道。而林伯桐欣喜之余，却也考虑起学海堂授课之制来，向阮元问道：“阮总制，在下听闻总制在杭州创立诂经精舍之时，曾有分授课业之制，学生无论经史诗赋，能成一事者皆可肄业，甚至……在下听闻总制亦不禁天算、地理之学，那么我们学海堂日后课程设置，可也是这样的办法”
“我确是这样想的，但是……”阮元沉思半晌，却也向各人说道：“只是如今广州，成名大儒并不多，我们在诂经精舍这样兴学，是因为当时渊如先生不仅精通经术，而且舆地、律法之事亦皆娴熟，我们当时还有王兰泉王老先生，他不仅兼通汉宋，而且长年为官，也能讲一些做官治世的办法。如今在广州，实不相瞒，我认为……你们还没有那样的水平。但也没关系，你等可以互补，我如今却是想着，学海堂可以在就学之人、讲学之人中进行择选，选出一些德才兼备，学问令人信服之人，作为‘学长’。尽管你等学长，或许还不是如今首屈一指的大儒，但几个学长相互切磋商讨，共同讲学，却也可以补学长才识之不足。”
“所以我的想法是，石华、月亭、毓修、铁生，我从来认为，你们才学为学海堂诸生之首，待学海堂落成之时，我便将学长之制告知诸生，先立你等为学长。学海堂有了学长之后，下一代学长的遴选、补录，就由你们来负责，你们一人不在学海堂，就需要再补一人，这样学海堂总是同时有好几个学长操办学校事务，就不会担心学生们群龙无首了。治学内容，我想着暂定经史诗赋这几项，学生当然也不能兼通这些，那就让他们专治一项，以后就叫专课。学生择专课学习，学长则根据自己所长，分别教授不同课业，学生专课有所成，则准予肄业，学生若是确实才行出众，又赶上学长出缺，也可以补为学长。当然，若有大儒贤达愿意主讲学海堂，经过你等原本学长的推举，也可以让他们来做学长，如何”
吴兰修字石华，林伯桐号月亭，这时阮元面前之人尚有二人，一是阮元幕僚，学海堂学生曾钊，字毓修，另一人是广州八旗出身，慕名前来学海堂学习的徐荣，字铁生，四人学识均为阮元所肯定，是以阮元已经暂拟四人先做学长。但想着之后的学科构建，阮元却有些犹豫，沉吟半晌，只得向四人说道：“但是这算学、天文、地理、小学之事，我想着……就暂不列专课了。其实不瞒你等，我在诂经精舍的时候，虽然对此等学问亦有规划，可实践下来，愿意学天算地理之事的学生，比愿意学经史的少很多。能够主讲这些内容的人，当时也是寥寥无几，说不定什么时候就没人可以讲课了。以天文数算作为专课，很容易中断，所以我不想再立其他专课。但即便如此，这天算、舆地、粤府经济之事，你们也可以择期同那些愿意学习的学生讲论一二。我知道石华精于算学，月亭舆地之才，编修《广东通志》的时候我便知晓，毓修在我幕中，颇知经济之事，铁生或许还想着去京城考进士呢。若是你们这些学问都不能传下去，那岂不可惜只是无需再设定制了。”
“既然如此，天算舆地之事，我等日后随时讲论便是。”吴兰修也向阮元道：“还有一事，我等希望总制示下，既然咱们有了书院，那依照如今书院之例，便应该设立山长，这学海堂首任山长，总制却以为聘立何人，最为合适再过几个月，这学海堂也该正式落成了，到时候，也需要一位山长主持大局，统筹书院事务才是啊”
“吴兄，其实……总制大人对山长之事，一直是有些不满意的。”这时却是徐荣向吴兰修等人说道，他是广州汉军旗出身，是以一直有志于科举，但他也清楚阮元设办书院之事，便即言道：“总制大人认为，咱们这学海堂兴立，其目的乃是推崇实学，学有用之事，不应该沉溺于八股对偶之中，所以学海堂设立专课，却并无八股。但如今各书院山长，其实都是朝廷道府熟识之人，一般各个书院被聘为山长的前辈，也往往只是精于八股应制，反而对经史文赋，其实未必在行。总制也考虑了几个人，想着请他们来做山长，却又担心日后山长还是会变成只知八股的虚言之辈，所以……”
“好了，山长的事，我会继续想办法。但咱们开办这学海堂，目的在于培养实学之人，这样你们以后无论继续治经，还是出外做官入幕，总是有经史作为根抵。这八股之事，若是学生愿意学，可以去别的书院，要是咱们也教八股应制的事，那过两天啊，也就没有几个学生还会在意经史文赋去了。这一节你们却要清楚，只有咱们学海堂不汲汲于名利，方能不为名利所惑，也才能够教出真正有学问的读书人啊。”阮元担心各人碍于定例，竟而让学海堂重新走上一般书院的老路，便即向各人解释道。