嘉靖十八年正月二十六日，锦衣卫指挥赵俊赶回京城上奏言称“启视承天府安陆显陵，玄宫有水。”
一时之间，朝野上下议论纷纷，群臣上奏显陵当北迁，但朱厚熜欲南巡，亲自调度，下旨从太仓库调银二十万两以供户部使用，并命礼部整理南巡之典章礼仪，又命工部大修沿途行宫。
直至此刻，群臣方才感觉到南巡一事，耗费巨大。朝堂之上，诸臣反对，以皇帝不可轻动为由，更有英宗皇帝及武宗皇帝先例在前，反对朱厚熜南巡之声，一浪高过一浪。
先是正月二十七日，工部郎中岳伦上疏谏阻，命锦衣卫逮讯罢斥为民。又有太学生陈良鼎上疏道“乘舆南幸，随从众多，郡县须修桥铺路，建造行宫，迎来送往耗费巨大，此实非利国利民之举。臣闻河南及湖广各地连年水旱，百姓频频告急。当地官员听说天子驾临，已预征来年赋税，百姓只好典卖财产、卖儿鬻女相应付。莫如遣臣护柩南下归葬，这样既可免皇上亲自犯霜露、劳玉体，又可免损民费财。”待奏疏入宫，朱厚熜下诏命关入锦衣卫大狱，并遭杖责，拟流入边疆。
二月八日，吏部尚书许瓒、都察院左都御史王廷相等上疏谏阻南巡，朱厚熜怒斥“朕乃天子，臣子无礼！朕恭诣显陵，为亲计度，孝诚已发，出自朕心，既非无事空行，又非人言所导。卿等既有此谏，何不早言？今诸事已定，而乃上奏谏阻。又想惑于群议，非实有谏止之忠，宜思之，勿为此沽名之举。”
朱厚熜的大骂可谓是一语中的，指出群臣并非真心谏止南巡，只不过是为博取名声，免人议论而已。
随后，御史刘士贤、都给事中曾烶等人接连上疏谏阻南巡，朱厚熜下旨夺众人俸禄两个月，以示皇帝南巡之决心。
群臣的谏阻都阻拦不住朱厚熜南巡之心，内阁首辅夏言，次辅顾鼎臣皆保持沉默，礼部尚书严嵩更是尽心竭力将南巡之典章礼仪呈上，朝堂诸位重臣俱都不言语，虽然群臣激愤，但也无可奈何，有国子监生私下里大骂皇帝昏庸，权奸误国，但都无济于事。
嘉靖皇帝南巡一事，便在重臣沉默中商定下来，朱厚熜这才稍解怒意。
为了这次南巡，朱厚熜做了充足的准备，先是册立三岁的皇子朱载壑为太子，皇子朱载垕为裕王，皇子朱载圳为景王，同时大赦天下。
又大赏群臣，内阁首辅夏言更是加封为大明开国以来从未有过的上柱国，位极人臣之首。
是以，虽然反对南巡之声犹在，只是朝中诸位重臣，俱是沉默不语。
朱厚熜考虑到皇帝出京，唯恐边疆生乱，于是急召首辅夏言、次辅顾鼎臣入宫商议。
“陛下，臣的意思是，宜选派朝中重臣充巡边使，巡狩九边，以解陛下忧虑。”夏言抬眼偷瞧了一眼朱厚熜，上奏道。
朱厚熜沉吟片刻，又问向顾鼎臣道“顾卿是何意思？”
顾鼎臣心中自有主意，想起那年众人商定之事，虽然此刻是一个良机，但为了稳妥，也只能迎合夏言之意，便说道“臣赞同夏阁老所言，选派一重臣，巡视九边。”
朱厚熜见两位阁老俱是如此表态，复又问向夏言道“爱卿可有人选？”
夏言心中一动，知道良机来了，但犹如老僧入定一般，语调淡然道“臣推举翟仲鸣！”
朱厚熜听见夏言推举翟銮，这翟銮，字仲鸣，嘉靖初年任礼部右侍郎，嘉靖六年，升为大学士，以吏部左侍郎入值文渊阁，只是嘉靖十二年回乡守孝去值。
如今，翟銮的三年守孝早已过去良久，但是朱厚熜似将他遗忘一般，久不复用。
见夏言提起翟銮，顾鼎臣更是不言语，只是看着大殿中的一点，似有什么吸引他的物件。
殿内陷入沉寂，朱厚熜又问道“可有其他人选？”
夏言道“陛下，巡视九边，非重臣不可，遍观朝野上下，非翟仲鸣莫属。”
朱厚熜想了片刻，确实再难以选出更合适的人选了，这翟銮去值前曾为内阁首辅，虽然不得他的心意，但如今南巡已定，九边不可生乱，也唯有此人可用。
“既然如此，加授翟銮为兵部尚书兼右都御史，诸边文武将吏咸受节制，另取太仓库银五十万犒赏边军。”朱厚熜终于松口。
顿了顿，朱厚熜又接着道“命兵部尚书毛伯温总督宣大山西三关等处军务，左侍郎樊继祖提督蓟州、山海关等处边备，随宜往来调度，各该将官相机战守，镇巡以下官员悉听节制，其合行事，朕许他们便宜行事，适当处理，待朕回宫后写奏本还京。另外调拨太仓银二万两，并淮浙存积盐价银三万五百两，给与总督三边尚书毛伯温随军行赏，调拨太仓银三万两，给与提督蓟州等处边备侍郎樊继祖随军行赏。”
夏言听闻朱厚熜终于启复翟銮，心中也暗自松了一口气，然后说道“微臣遵旨。”
顾鼎臣说道“微臣遵旨！”
随后，朱厚熜又赐行边使翟銮“清谨学士”旧日图书及飞鱼服佩用等物，赐扈从留守文武大臣郭勋、夏言、顾鼎臣等金蟒宝带，银瓢佩刀等物。
朱厚熜又下旨命咸宁侯仇鸾挂左副将军印、东宁伯焦栋挂右副将军印扈驾；命翊国公郭勋掌中军，成国公朱希忠为副，各给旗、牌六面、副，选调团营官军六千人护驾，命二员参将统领，听左、右副将军指挥。
南巡护驾的队伍调拨停当，京城、皇城的防务在经过一系列调动之后，朱厚熜命太子监国，以宣城伯卫錞，遂安伯陈鏸为留守使，大学士顾鼎臣为同留守使，兵部尚书张瓒参赞机务。
而刚刚提升执掌内提督团营关防的御马监太监兼提督东厂的麦福为内提督，与卫錞等人协同行事，文武大臣、刑部右侍郎屠侨等一十八员官吏分守京城九门，仍命内坐营官九员协守。
嘉靖十八年二月十六日，朱厚熜帅文武百官及后宫嫔妃出京南巡，京师居守大臣及文武群臣送别皇帝御驾到宣武门外。
只是出行前，竟然发生一件离奇之事，竟有一个兵卒孙堂，由西阙门进入，到午门，从御路中桥到奉天门下，登上金台坐着，而守门官吏，竟然没有人发觉。及至第二日一早，孙堂站在金台之上大声呼喊，这才被守城官吏发觉，随即将这兵卒孙堂捕获。
孙堂大喊道“皇帝南巡，一路上搭盖席殿，累计死亡军民大半，因此我来拦驾。”
孙堂下锦衣卫诏狱，酷刑之后，称孙堂患狂病，以“擅入御座”之罪名，判处绞刑。