李茂贞这时感到很恐惧，担心自己被诛杀，于是他杀死养子李继鹏，把其头颅送到石门镇唐昭宗的住地，并向朝廷请求冶他的罪，还派出使者向李克用求和。
唐昭宗派遣延王李戒丕、丹王李允告诉李克用，先暂且赦免李茂贞，等到消灭王行瑜，朝廷会再商议处置李茂贞。
朝廷还贬宰相崔昭纬为梧州司马，任命护留后王珂为节度使，因为王珂获得了李克用的支持。
895年八月十四，朝廷革除邠宁节度使王行瑜的官职爵位，并发兵讨伐（邠宁节度使冶所在邠州（今陕西彬州），主要辖区是邠州、宁州、庆州）。
任命李克用为邠州四面行营都招讨使，保大节度使李思孝为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为四面招讨使。
做完这一番安排，唐昭宗的车驾返回长安，李克用派遣骑兵护驾。
李克用率军猛攻梨园寨，王行瑜向李茂贞求救。李茂贞派一万人驻扎在龙泉镇，自己率领三万人开往咸阳附近。
李克用奏请朝廷让李茂贞返回凤翔，革除他的官职。但唐昭宗认为李茂贞的罪过已经赦免，只是诏令李茂贞返回凤翔，依然希望李克用与李茂贞和解。
朝廷还任命昭义节度使李罕之担任检校侍中、邠宁四面行营副都统。史俨又在云阳打败王行瑜的军队，擒获云阳镇使王令诲，进献给朝廷。
李克用打了胜仗，唐昭宗给奖赏，由于魏国夫人陈氏的才能姿色群冠后宫，唐昭宗把陈氏赐给李克用作为奖赏。
十月初，李存贞在梨园寨北部打败王行瑜的邠宁军队，杀死一千余人。从此，梨园寨不敢再出战，但城内粮食吃完，城里的军队弃城逃跑。
李罕之攻克了王行瑜军队的三个营寨，斩杀一万余人，擒获王行瑜的儿子王知进、大将李元福等，李克用随后进驻到梨园寨。
王行约、王行实兄弟二人见哥哥兵败，就放火焚烧宁州城后逃跑。李克用奏请匡国节度使苏文建担任静难节度使，镇所暂设在宁州。
王行瑜带领五千精兵驻守龙泉寨，李克用继续率军攻打。此前驻扎在此的李茂贞带领五千人救援王行瑜，但遭到李罕之的袭击，李茂贞撤兵而走。。
十一月初五，李罕之攻克龙泉寨，王行瑜逃入邠州城，并派遣使者向李克用请求投降。
李克用再率兵攻打邠州城，王行瑜登城哭诉说之前发兵长安都是被李茂贞、李继鹏逼迫的，自己愿意向朝廷投降。但李克用不答应，王行瑜就带领族人弃城而走，当走到庆州境内时，王行瑜被部下杀死，首级传至京城。<divid="er_ip"><b></b>