“孙先生，要不要在多派些人去把他们找回来？”陈其美低声对孙中山说道。
孙中山原本已经极为阴沉的脸色稍微抽搐了一下，变得更难看了。“到这个时候了，他们还要自行其是！”孙中山说完这话，忍不住在榻榻米上用力拍了一掌。
“志清，你现在去守住门。那些出去的人，不管谁回来了，都让他们在门外等着！”孙中山用威严的声音对侍立在旁边的蒋志清说道。
“是！”蒋志清也不多话，听到孙中山的命令后应了一声，就大步向门口走去。
汪精卫连忙劝道：“孙先生，这么做是不是不太好？他们就算是出去了，也未必是自行其是。更多的只怕是去打探消息而已。”
孙中山用一种恨铁不成钢的眼神瞪着汪精卫，“昨天其美已经说过，大家不要自行其是。今天出去这些人昨天可都是答应了的。他们若是去打探消息，为何不先告诉我？难道我就真的不会相信大家？逼得大家这么偷偷摸摸做事才行？昨天晚上说过的话，今天早上就能忘得一干二净？大家的记性就这么差？”
汪精卫不吭声了，他的确无法反驳孙中山这番义正词严的指责。但是同盟会向来是这么行事的，组织松散，纪律涣散。做事全凭一时冲动，而且无论做对做错，只要一句“我这是为了革命！”就能对抗所有的指责。汪精卫自己对同盟会这方面的表现也感到无可奈何。
胡汉民此时也插话进来，“精卫，孙先生早就想整顿党务。苦于没有机会，若是以前的话，大家对革命道路还是没有盼头。若是贸然整顿起来，反倒伤了大家的心。但是当下局面已经不同，日本方面肯定要支持我们。此时若是再不整顿，同志们以后还这么做起事来，岂不是要出大乱子？”
汪精卫基本赞同胡汉民的话，不过他对这个“大乱子”还是有些没搞明白。
陈其美看汪精卫一脸迷惑，他干脆就把话给挑明，“现在新的政府没有建立，也就是孙先生有这个资格。但是以后政府建立，有些人得到了政府的官职，那时候他们闹起来，我们怎么处置？若是日本人在背后搞了什么手脚，那可是真正的大乱子！”
听了陈其美的话，汪精卫这才恍然大悟。陈其美与胡汉民所指的“大乱子”，是指有些人成为新的“北洋政府”官员之后，趁机在日本人的支持下夺了孙中山的权。虽然觉得这个担心实在是有些不可思议，不过汪精卫总算是明白了一件事，为什么陈其美能够成为孙中山的真正心腹，而自己比陈其美总是差了那么一些。
想明白了这个关节，汪精卫连忙声明自己的立场，“我坚决支持孙先生出任大总统，而且我也只支持孙先生当大总统。谁若是反对，我就和那人势不两立！”
陈其美满意的拍了拍汪精卫的肩头，孙中山听了汪精卫的表白，脸色也好看了不少。
这次以孙中山以及同盟会为核心组建新一届“中华共和国”政府的推手是桂太郎。桂太郎当然不会傻到相信张作霖会真心与日本合作。所以日本绝对不能推举张作霖为合作对象。所以日本必须扶植一个地位比张作霖更高，但是没有实权的“中华共和国”政府。这样日本可以充分利用这两者之间的矛盾来玩弄各种把戏。
孙中山因为贪污铁路勘测资金，被迫以考察的名义出走日本，日本方面本来也是不在意的。让孙中山欠过钱的人不找孙中山的麻烦，日本政府就已经仁至义尽了。不过随着局面的变化，孙中山很快就变得奇货可居起来。
不过就桂太郎收集到的情报，孙中山并不是什么太杀伐果断的人。但是在这件事情上，孙中山对此的反应速度倒是格外的快。经过一场激烈但是短暂的内部斗争。孙中山竟然整顿了部下，把他们编成了类似准军事组织的编制，进行各种准军事训练。其结果是暂时没有人离开大队单独行动。
不过这样的模式也根本对抗不了日本陆军部的情报系统，至多是让情报部门稍稍增加了一点繁琐而已。两天后，关于孙中山这次内部整顿的资料就相当详尽的送到了桂太郎面前。
首先就是组织上的变更。同盟会更改为中华革命党。新的党章写明，中华革命党以巩固共和，实行min民主义为宗旨。同时，新党章放宽了入党条件，规定凡赞成党的宗旨，经党员两人介绍，交纳党费10元者即可入党。
在组织纪律上，中华革命党所规定的入党须按指模，并宣誓服从孙中山个人。孙中山个人拥有对中华革命党党员的处分权力，还设有专门的刑部来负责对违反中华革命党纪律的党员进行处罚。
新党章第四条规定：“凡同盟会会员，皆得为本党党员，以同盟会会员证书，领取本党证书”。
看完这些，桂太郎把报告扔回桌子上。他知道孙中山的日本老婆大月薰现在与孙中山住在一起，不知为何，桂太郎脑海里面浮现出画面来，孙中山坐在厅堂主位上，怀里搂着大月薰。而一众原先的同盟会会员按顺序排好，依次举起短刀什么的，向中华革命党现在的党首孙中山个人效忠。
尽管知道这画面其实是日本帮会入会仪式，但是桂太郎怎么都没办法从脑海里面轻易消除这样的想象。
“桂先生！对孙中山还有他的手下，我们要采取什么行动么？”情报部门的军官问道。
“随他们去吧。”桂太郎平静的答道。这等变化对日本方面根本没有任何影响，而且日本方面甚至真心欢迎这样的变动，如果孙中山这些人不能紧密的团结起来，等到他们和张作霖唱起对台戏的时候，反倒会让日本方面比较麻烦。
9月17日，经过日本与孙中山等人进行了多轮协商交涉，日本方面正式承认了中华共和国铁道部副部长孙中山为首的请求，承认了以孙中山为首的中华共和国流亡政府。孙中山随即出任流亡政府的大总统一职，汪精卫出任国务总理，胡汉民出任议会议长，陈其美出任三军总司令。