总督府前半部分属于新型建筑，几幢三层办公楼，包括大礼堂，大小议事厅，宴会厅等，当然还有各属衙，后半部分就是原来的庄园。
这个庄园很大，陈天华只保留一幢大的三层别墅，供他和许云媛使用外，其余的都分配给了郑坤，茅新等外来官员的栖息地，住宅。
一切都那么的顺利成章，唯一跟煤广自治区不同的是，这里的驻军权不归陈天华，除了总督衙门的一个直属警卫连队，其余的都归那赞的水师提督衙门节制。
煤广自治区之所以陈天华拥有军队节制权，那是因在浙江省辖区，李存智是浙省提督，这种关系就非常特殊了。
可崇明可大不一样，行政区域管辖权与驻军权是两码事，那赞属新成立的大清国海军部节制，而海军部是首席军机大臣载沣直辖。
不过陈天华何其聪明，他跟总理衙门把地方治安的警察，缉私，典狱等司法权归于自己掌控，尤其是巡警和缉私署，武器装备配置精良，这跟那赞的水师，大有分庭抗礼之趋势。
接下来就是崇明自治区内部治理与经济建设，全部禁止烟馆，捣毁阿片种植和加工基地，开垦淡水田地，扩大渔场，加强海盐加工作业的工艺流程，兴修水利等。
崇明东临大海，是个天然盐场，最早的原居民都煮盐自给，后来官府设置盐场，派定盐田盐灶盐课，允许居民自给而外，可交盐场收购，销往江苏、安徽、江西等地。
煮盐既增加了大清朝廷课税，对于岛民又有利所图，故而几乎家家都有盐田，而盐灶更是星罗棋布，那雪白的生盐熟盐堆积如山，宛若厚厚积雪。
这种家庭作坊式的煮盐，产能低下，对环境影响很大，陈天华将手工作坊式规范成大型盐场，采用官商合营的方式，建起大铁锅，用煤炭作燃料，煮、晒、灌装等，利用传送带成流水化、半自动化作业，极大地提高了食盐产能。
建立崇明自治区之后，陈天华首先要解决的就是动力。
他要求快速建设火力发电厂，发电厂从设备采购，建设安装调试等人才储备，一应俱全，煤炭更是直接从浙江长兴发运水路，非常方便。
建立发电厂，除了照明，主要解决动力，提高劳动生产率。
崇明在江海会合处，故渔产丰富，最早上岛栖身的便是渔民，水中珍品凤尾鱼、黄花鱼、刀鱼、银鱼、鲥鱼、鲟鱼等20余种。
陈天华要求行政公署组建合作社制的渔场，渔民外出捕捞，渔场负责收购，然后组织水运将当日鲜活水产拉到上海水产市场。
崇明渔场在上海各大水产市场，设有专营水产摊位，对广大市民出售鲜活水产。
崇明岛四面环水，为了与外交通贸易，先民们首先发展了航运业，随之产生了造船业。
经过多少代崇明人的努力，终于研制出了适应性强、用途广的我国古代四大船型之一的崇明沙船。
崇明沙船以其出自崇明沙而得名，船身扁浅宽大，底平，首尾俱方，重心低，船面建筑少，可减少受风面积，使航行平稳，又因吃水浅而不畏暗沙，即使搁浅也不易倾覆或损坏。
它的另一个特点是多桅多帆，风帆高大，能充分利用风力来提高航速。
陈天华利用古老的沙船结构，再配置现代蒸汽轮，准备在崇明筹建江南最大的造船厂，规模比他的太湖船厂大出数倍，建五千吨位的船坞，引进先进的西洋造船工艺与技术，建造远洋巨轮，甚至于军舰。
在陈天华对于崇明自治区的规划中，教育与医疗这些民生大计当然是缺一不可。
这一时期的崇明要开发，首先是学习西方的教育模式。