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五四运动对蔡元培本人的影响也很大，运动前后他在观念和言行的许多方面也有不小的变化。如果说，五四之前的蔡元培是以“囊括大典网罗众家”为口号，表面上对新旧不偏不倚而实则维新的话，那么五四之后的蔡元培则非常旗帜鲜明地站在新的一方，并与旧势力摊牌了。
如年月，蔡元培在答林纾对北大“尽废古文，专用白话”的诘难时，费了很多篇幅，举了许多实例，详证北大并没有“尽废”和“专用”。也就是说，对古文和白话的优劣却并未表示态度。而到了运动之后的月，他在公开演讲中则历数白话文的种种好处，并断言白话文将来“一定占优胜”。
他于年月日发表《洪水与猛兽》一文。
“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。他的来势很勇猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽，不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫荡了。对付洪水，要是如鲧的用湮法，便愈湮愈决，不可收拾。所以禹改用导法，这些水归了江河，不但无害，反有灌溉之利了。对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的。”
至于猛兽，恰好如军阀，“孟氏引公明似的话‘庵有肥肉，厩有肥马，民有饥色，野有饿莩，此率兽而食人也。’现在军阀的要人，都有几百万、几千万的家产，奢侈的了不得，别种好好作工的人，穷的饿死，这不是率兽食人的样子么?现在天津、北京的军人，受了要人的指使，乱打爱国的青年，岂不明明是猛兽的派头么……
“所以中国现在的状况，可算是洪水与猛兽竞争。要是有人能把猛兽驯伏了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了。”&bsp&bsp
把“洪水”比作新思潮，把“猛兽”比作军阀政客，“对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的”。如此鲜明的言论，他在五四之前也是不多见的。
五四运动也鼓舞了蔡元培。他在五四之后，非但没有停下对北大改革的步伐，而是借助五四运动的东风，或者深化已有的改革，或者发起新的改革，使得五四运动的成果在北大的改革中得以延续。
其中一个重要的举措是继续完善“教授治校”制度。
鉴于运动期间因其辞职而引起的动荡，蔡元培切身感受到将全部校务系于校长一人的危害，他复职后多次强调“无论何人来任校长，都不能任意办事。”
返校伊始，他便提出要完善校内管理体制，使之不能因那一个校长的去留而影响学校的正常运转。当年月，他主持制定《国立北京大学内部组织试行章程》，提高教授在学校管理中的权重，进一步突出“教授治校”。提出组织行政会议和各专门委员会，负责日常校务。
进校不久的蒋梦麟受命通盘规划，具体实施。这位美国哥伦比亚大学毕业的教育学博士负责组设总务、教务两个职能部门，并聘请各系教授充任财政等专门委员会，使北大的“教授治校”越发完善。
此后，蒋梦麟作为学校的总务长，成为蔡元培在北大最为倚重的助手，每次他离校，都是蒋主持校政。
年月，蔡元培曾向北京国立八校教职员联席会提议由八校教授会公推一个董事会，“负经营八校之全责”，而各校校长则“先由各本校教授会公推，再由董事聘请，不复受政府任命，以保独立之尊严，而免受政治之影响”。这个提议的核心，是由公推的董事会代替政府来行使管理大学之“全责”。用心不可谓不良苦，但由于历史条件的限制，他的这个提议胎死腹中。
其二是继续加强学生自治。蔡元培充分赞扬学生在运动中表现出来的“自治能力”、“自动精神”及其“自信”，因此在五四之后，他愈加注重学生的自治。月他支持学生会通过了《北京大学学生会章程》，认可学生会有更大的自治权力。同时，他以更大的力度鼓励和扶持学生的各种社团，如对马克思学说研究会、社会主义研究会等，蔡元培都尽最大努力予以包容和扶持。
他对学生会创办的平民夜校倾力犹多，原因也与五四运动直接有关。这场运动由最初的学生运动发展成为全国性的民众运动，蔡元培看到了民众的力量，也认识到民众教育的重要性。他倾力扶持平民夜校，实乃既把它当作学生自治的重要组织，又当作教育和唤醒民众的重要途径。
在此期间，蔡元培做了一件更惊世骇俗的事是，在北大实行男女同校。
年月日，岁的邓春兰给北大校长蔡元培写了一封《春兰上蔡校长书》，主张女性应与男性享有同等的受教育权，要求北大率先接收女学生，实行男女同班。
她在这封信中写道“今阅贵校日刊，知先生在贫儿院演说，主张男女平等。我辈欲要求于国立大学增女生席，不于此时更待何时？春兰愿为全国女子开一先例，如蒙允准，即负笈来京，联络同志，正式呈请。”
在“女子无才便是德”的年代，邓春兰有这样的见识，得益于她的父亲、民国教育家邓宗的培养。邓春兰是家中的第三个女儿，她和两个姐姐一样从小就在父亲的支持下不用缠足。年高小毕业后，她又随父到兰州省立女子师范学校读书，期间接触到不少进步书刊，毕业后在兰州一所小学任教。
尽管蔡元培等进步人士曾多次提出男女教育平等的主张，但当时北大尚未招收女生。不能进入大学深造的邓春兰想要改变这种性别不平等，于是选择致函北大校长。不巧的是，蔡元培刚刚于月日愤然辞职，返回绍兴老家，因此未能在第一时间读到这封信。