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谈到不这次人事变动，杨杏佛说，与“革命势力已达长江，黄炎培、丁文江相率辞职”有关，其目的是为了“和缓各方之空气”。他还说，当年北京各团体选举中基会时，蔡元培和汪精卫得票最多，但是郭秉文却“藉口孟禄、曹锟之反对，不使入选”，从而使中基会沦为“少数私人垄断中国文化之工具”。杨的话是年月在写给外交部长王正廷的信中讲的，当时杨是大学院副院长（院长蔡元培），大学院是管理全国学术教育的最高行政机关，因此这封信见报后影响极大。尽管任鸿隽也承认“杏佛所说有许多并非事实”，但这件事表明南京国民政府成立后，中基会所面临的严酷处境。
年月底，酝酿多日的中基会第四次年会还未召开，社会上已经是满城风雨、谣言四起了。当时不仅郭秉文、丁文江等人不能为新政权所容，就连胡适也好像也大祸临头。
月上旬，朱经农寄给胡适一份剪报，内有北京市民大会电请国民政府通缉段祺瑞等人的消息，大会还要求将胡适作为“三一八”惨案的“附逆党徒……一体拿办”。
月日，《民国日报》有消息说蔡元培在“国府席上，提出的改组中华教育文化基金董事会案，即任命胡适、贝克、贝诺德、孟禄、赵元任、司徒来登（即司徒雷登）、施肇基、翁文灏、蔡元培、汪兆铭、伍朝枢、蒋梦麟、李石曾、孙科、顾临等为董事，……还提出了中华教育文化基金董事会章程修正如下原章第三条‘董事由大总统任命’，以后缺出‘由董事会自选继任董事’，改为‘……董事任期三年，期满由大学院根据全国学术界公意，提出人选，呈请国府另行任命’。”
胡适将此类剪报保存在日记中，还在上述“章程修正”后加了“此条最无道理”的眉批。
为什么说“此条最无道理”呢？胡适在月日写给蔡元培的信中做了解释。
他说“文化基金董事会章程的基本原则为脱离政治的牵动，故董事缺额由董事会自选继任者。前年我们在上海所拟英国庚款董事会的组织，即依此原则为标准。今忽废去此条，改为董事三年期满由大学院呈请政府任命，便是根本推翻此原则了。”
这就是说，按照原章程规定，董事会一旦成立，其人事变更以及各项事宜就应该脱离政治，不再被政府左右。这个“基本原则”不仅保证了中基会及其教育文化事业的独立，也为其他国家退还庚款树立了榜样。然而由蔡元培提出的章程修正案，却从根本上推翻了这个原则。
胡适还对蔡元培说提出这种建议的人也许是“以为当日政府不良，故须防政治的牵动；今为国民的政府，不应防御其干涉了”。这种想法看似有理，然而“事实上政治是否完全，是否尽如人意，谁也不敢担保”。何况“先生在大学院，能有几年，大学院自身能存在几时，都不可知”。因此学术文化教育事业对于政局的变动和政治的干涉，“似亦不可不防”。此外，胡适还为张伯苓、周诒春等董事作了辩护。
为此，胡适在当天日记中说“写了一封信给蔡先生，讨论中华文化基金会的事。此事我若不开口，别人更不开口了。故我不能不说几句话。”
第二天，胡适还就此事与傅斯年作了长谈，并表示准备辞去大学院委员和中基会董事。对此，傅斯年当即进行了劝阻，后蔡元培得知后，也来信好言相劝。只是，这两个人对这个问题都没有胡适敏感，也没有看到问题的严重性。
月日，胡适在日记中写道“中华文化基金会事，我本想辞了不干，但叔永（任鸿隽字叔永）力劝我勉强不要辞，将来或可尽点维持之力。我不忍太坚持，只好暂搁起来再说。”日记之后，还有一份大学院公函、一份剪报、一通周诒春致任鸿隽的信。前两份材料证实上述改组方案已获国民政府批准，后一封信则谈到贝诺德、顾临和司徒雷登等美方董事对修改章程的担忧。
在此期间，孟禄和蔡元培等人曾通过函电往来讨论此事。孟禄认为，中基会的组织管理应该相对独立于政府，不受政局变动的影响；如果擅自进行改组，不仅无法保证董事会的连续性，还会引起不必要的外交冲突。蔡元培则强调“因为中华基金会的中方成员是曹锟委派的，所以政府对此会的改组是必要的。”
月日，《时事新报》发表《大学院改组教育文化基金董事会说明》，内称自国民政府明令改组中基会以后，大学院多次接到外交部来函来电，通报美国方面的反映。这些反映可以归纳为三点一是改组董事会以及修改章程没有得到美国政府同意，违背了原来的约定；二是董事会是非政治机构，不应该受政局变化的影响；三是原章程规定董事应该自选，如今由政府委派，违背了自选原则。
对于这些意见，大学院的解释是第一，美国退还庚款，本来是无条件的，因此这次修改章程和改组董事会不需要征求美国政府同意。第二，董事会成立时，曹锟政府曾拒绝学术教育团体推举的人选，这说明此事一开始就无法脱离政治。第三，由贿选总统任命的这个董事会，是不可能通过自选方式来完成其更新换代的；只有对它进行改组，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培为了辞职已经携带家眷离开南京，由杨杏佛代行其事。这好像证明了胡适的先见之明。
尽管大学院的解释振振有词，但是早在月日，胡适就收到杨杏佛以大学院名义发来的一份公函，内有“现准孟禄来电，请从缓改组中华教育文化基金董事”等语，并请胡适、蒋梦麟“将这次改组理由及补救办法”，向孟禄详细解释，以免引起误会。可见杨杏佛等人虽然表面上嘴硬，实际上已经在寻求妥协和退路了。
问题是中基会的改组不仅引起了误会，还涉及到两个重要的问题。
第一是外交和法律的问题。