这次南行，胡适有意外收获，他在南京见到了六种《水经注》，在上海审定了合众图书馆所藏“重校本”确为全祖望的校本。
10月22日，胡适飞回北平。他在日记中说“此次出外三十六日，真有沧桑之感。局势一坏至此！”
胡适回北平不久，就为教师罢教、学生罢课、职员罢工的事情奔波忙碌。在这个风雨飘摇的时局之下，胡适既要保护罢教罢课的师生，又要维持北大乃至整个北平教育界的大局，非常为难，有时候甚至觉得这个校长“实在不要再做了”。
1948年11月下旬，随着翁文灏内阁的垮台，蒋介石听取了美国大使馆的意见，请胡适出来收拾残局。遂派陶希圣北上请胡适来南京组阁，所谓临危受命，劝他挑起行政院长的重担。11月22日陶希圣飞到北平，赶到东厂胡同找到胡适，缠磨了两天，胡适坚决不肯答应去南京组阁，只表示“在国家最危难的时候，我一定与总统蒋先生站在一起”。
辽沈战役之后，国共双方的力量的对比发生了根本性的转变。国统区货物奇缺，物价飞涨，人心惶惶，各地学潮不断，北平学生再度罢课，北大又有穷困学生排队请愿。在此艰难条件之下，胡适还是努力支撑着残局，积极筹备北大的50周年校庆。
据《北京大学五十周年纪念特刊》记载，当时北大为纪念建校50周年准备举办的活动很多，包括各种展览、开放实验室、学术演讲、出版纪念论文集等。其中展览包括文科研究所展览、博物馆展览、敦煌展览、校史及已故教师遗著展览、图书展览、法科研究所展览、各院展览等。学术演讲主讲人有段学复、周培源、张青联、袁翰青、陈桢、裴文中、陈垣、陈寅恪、冯友兰、燕卜荪、钱端升、陈达等校内外著名学者。
在校史展览的第三部分，展出了一些与胡适有关的资料，包括胡适的日记、《尝试集》初稿、初期白话诗稿印本、钱玄同书“胡适之寿酒米粮库”、胡适自美国致北大同人信札、胡适近照等。图书展览一项，除了展出北大图书馆藏善本500种外，还举办有胡适收藏和借阅各地图书馆的《水经注》的各种版本40种，这些版本“实集《水经注》刻本钞本校本之大成，其中傅增湘先生藏宋本，北大图书馆与涵芬楼藏《永乐大典》本八册，与赵一清全祖望之稿本，最为稀世之珍”。而收藏在书房中的《水经注》版本占据了胡适的三个大书橱。
此外，北大学生自治会将组织球类比赛、棋类比赛、自行车比赛、拔河比赛、话剧演出、“话家常”晚会等。整个50周年的庆祝活动可谓丰富多彩。
胡适在《北京大学五十周年纪念特刊》上亲自撰文《北京大学五十周年》，文中言道“北京大学今年整五十岁了，在世界的大学之中，这个五十岁的大学只能算一个小孩子。……这个小弟弟年纪虽不大，着实有点志气！他在这区区五十年之中，已经过了许多次的大灾难，吃过了不少的苦头。”
胡适历数了北大经历的艰难困苦，特别回忆了蒋梦麟任校长期间，北大“国难六年中继续苦干”的往事。
胡适最后说“现在我们又在很危险很艰苦的环境里给北大做五十岁生日，我用很沉重的心情叙述他多灾多难的历史，祝福他长寿康强，祝他能安全地渡过眼前的危难正如同他渡过五十年中许多次危难一样！”
11月29日，平津战役正式打响，解放军离北平越来越近了。12月4日，北大行政领导宴请钱端升。胡适在席间说，北大办完50周年校庆之后，自己想到南京去做点有用的事情，不想再做校长了，也不做《哲学史》或《水经注》了。至于做什么，自己也不知道。可见此时的胡适情绪是很低落的。
当时北大还讨论过是否迁校的问题，胡适坚决反对迁校，说北京大学之所以为北京大学，是因为在北平，如果离开了北平，还能叫北京大学吗?胡适还说我做的是北京大学校长，如果离开了北平，还能叫做北京大学校长吗?
然而，时局变化之快，让胡适多少有些出乎意料，没想到自己作为北大校长，竟然来不及在北平庆祝北大50周年校庆和自己的58周岁生日，也没想到原计划16日下午五时通过北大工学院实验电台，发表《校庆前夕的感想》的演讲也来不及讲了。