云南宣布独立后，即成立军政.府。关于军政.府都督的人选，蔡锷和唐继尧二公相互推让，由于蔡锷的坚持，最终推举唐继尧为军政.府都督。
云南都督府成立后，唐继尧聘请前巡按使任可澄，前山东提学使陈荣昌为参赞。前国会议员赵藩、袁嘉穀及张耀曾等为参议。指派由云龙为秘书厅长、张子贞为参谋厅长、庾恩肠为军政厅长、陈廷策为民政厅长、丁光冠为司法厅长、陈钧为财政厅长兼盐运使。
军政.府提出四项主张：
（一）与国国民戮力拥护共和国体，使帝制永不发生于中国；
（二）划定中央地方权限，俾各省民力能有自由之发展；
（三）建设名实相符的立宪政体，以适应世界潮流；
（四）以诚意巩固邦交，增进国际团体之资格。
同时申誓四点：
（一）同人职责惟在讨袁，天助吾民，幸克有济，举凡建设之事当让贤能以明初志，个人权利思想悉予刬除；
（二）地无分南北，省无论甲乙，同此领土，同是国民，惟当量材程功，通力合作，决不参以地域观念，自启分裂；
（三）倒袁救国心理大同，但能助我张目，便当引为同志，所有从前党派意见，当然融消，绝无偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民国，以成五族公敌，万众一心更无何等种族界限。
十二月二十五日，云南独立的消息到了北京后，袁世凯忿怒到了极点。他应该是清楚云南地理环境，对云南用兵不一定如平定二次革命那样顺利。
但他知道，必需使用雷霆手段，尽快解决云南问题。他不能不知道，自己的称帝有多少民意支持，一旦各地效仿和响应云南，弄不好局面可能失去控制。
于是，袁世凯于十二月二十九日下令，将唐继尧、任可澄、蔡锷免职。
“……蔡锷等讨论国体发生之时，曾纠合在京高级军官，首先署名，主张君主立宪，嗣经请假出洋就医，何以潜赴云南，诪张为幻，反复之尤，当不至此。但唐继尧、何可澄既有地方之责，无论此项通电，是否受人胁迫，抑或奸人捏造，究属不能始终维持，咎有应得，开武将军唐继尧、巡按使任可澄，均着即行褫职，并夺去本官及爵位勋章，听候查办！蔡锷行迹诡秘，不知远嫌，应着褫职夺官，并夺去勋位勋章，由该省地方官勒令来京，一并听候查办！此令。”
还一厢情愿地下令第一师师长张子贞代理云南将军，第二师师长刘祖武代理云南巡按使，令他们就近押解蔡、唐等人来京治罪。
民国五年一月五日袁世凯又有申令各省长官晓谕人民云：
“……予昔养疴洹上，无心问世，不幸国崩解，环球震动，遂毅然以救国救民为己任，支持四载，困苦备尝，真不知尊位之有何乐。无如国民仰望甚切，责备甚严，同为国民，敢自暇逸？责任所在，尽力以为，不惜一身，只知爱国，皇天后土，实鉴此心。
“明知暴乱之众，狂妄之徒，断不可以谋国；然果使中有杰出之才，可以治国保民，为人民所信仰，极愿听其为之，予得释此艰巨之仔肩，讵非幸事；然能安大局，环顾何人，为智愚所共见。人民无罪，未可举国之重，任人试验，实逼处此，无从诿卸。
“国民深悉暴民狂徒之心理，终必惨烈相争，傥有墨、葡之变，必为越、韩之续，故谋改国体，冀可长治久安，文电交驰，情词迫切，无非出于爱国之真诚。乃有蔡锷之流，权利熏心，造谣煽乱，非不知人民之状况，时局之艰危，但思侥幸一逞，傥其大欲，即涂炭生灵，倾覆祖国，亦所不顾。抑知国之不存，权利何有？此等举动，早为国民所预料，幸而发觉尚早，不难随时消灭。各省官民，佥谓国体既经国人民代表开会决定，一致赞成君宪，并同戴一尊，根本大计，岂可朝令夕改，断无再事讨论之余地，吁请早登大位，速戡反侧，同深义愤，万口一词。
“予以蒋德，既受国民之推戴，将吏之尊视，何敢再事游移，贻祸国。苟为逆首，惟有执法从事，以谢国民。着各省文武长官剀切出示晓谕人民，分别顺逆，各爱身家，勿受煽惑，自贻伊戚。各省长官，皆能力保治安，军人尤深明大义，均任守卫地方之责，务望各以爱国勤勉，恪尽厥职，用副予视民如伤，谆谆诰诫之至意。此令。”
袁世凯对蔡锷更是恨得咬牙切齿，以政事堂名义通令各部署，凡与蔡锷有关的人一律予以撤职，在各省中和蔡锷有关的人，也都撤职。结果，在各省机关的云南籍职员以及是蔡锷的旧属都受到迫害。
袁世凯又命湖南巡按使沈金鉴，查抄蔡锷湖南原籍的财产。而蔡锷为官多年，虽然名满天下，却没什么资产。蔡锷的家人老夫人和妻子等早有准备，不知躲到了何处。只有一个兄弟是办木厂的，早已和蔡锷分了家。
蔡鄂本人只在杨度所办的华昌公司有少许股份，于是就把这股份没收。