进入1898年，京城内的维新变法的氛围愈加浓烈，此时的蔡元培已经不能满足于只读中译本的书籍，他想直接看外文书。
这时候，他的好友及同科举子，在总理衙门任职的张元济，在琉璃厂开设了通艺学堂，专授英语。他开始本来是决定去学的，不久他的另一个友人刘树屏，在内城设立了专修日文的学堂。想到从文字角度，中国人学日文要容易得多，西文要籍均有日文译本，他最后选择了后者。
借助刘树屏的学馆，他与好友王式通等成立了“东文学社”，聘师辅导。因为学日文不是为了语言交流而在于读书，他干脆径直借用中日词典，边学边试着将日文书译成中文。先后翻译了《万国地志》序及《俄土战史》的部分章节，收到了事半功倍的效果。虽然对讲日语很生，但在文字上很快便“文从自顺”。
在以后的日子里，译日文的本领，竟成了他得心应手的技艺，也使他终身受益。
这一年，发生了撼动中国的政治大事件——“戊戌变法”。
戊戌变法，也称百日维新、维新变法、维新运动。
我们在前边说过了，1898年6月11日，以光绪皇帝颁布“明定国是”诏书为标志，变法正式开始。变法期间，光绪帝先后发布了一系列的变法诏令，除旧布新。
其主要内容是：改革政府机构，裁撤冗官，任用维新人士；鼓励私人兴办工矿企业；开办新式学堂吸引人才，翻译西方书籍，传播新思想；创办报刊，开放言论；训练新式陆军海军；科举考试废除八股文，取消多余的衙门和无用的官职。
也正如本书前面所说，主持变法的是一帮书生，不是做事的人，不知道做事难。所谓书生意气，以为只要有皇帝发号司令，只要他们想变，就什么都能变。在一百天多一点的时间里，光绪皇帝和康有为、梁启超、谭嗣同等人，一共颁布的新政的诏令和谕旨，就有一百八十多个。
本来，执掌实权的慈禧太后对于维新变法开始还冷眼观之。但一众热血的维新派这时头脑发热，竟异想天开的想要把慈禧太后和反对维新变法的官僚们一举从权力的中心踢出局，使年轻皇帝光绪真正亲政。慈禧太后当然不能坐以待毙。
1898年9月21日，慈禧太后等发动政变，光绪帝被囚至中南海瀛台。腥雨欲来，闻讯的维新派中，康有为、梁启超分别远循法国、日本。唯有谭嗣同宁死不逃，愿以性命唤醒国人，与康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第共6人被清廷问斩于北京菜市口刑场。中国上层政治变革“百日维新”宣告失败，前后仅仅历时103天。
“戊戌六君子”的死极大地触动了蔡元培。他对维新人士的精神当然是感佩有加的，这些同龄人的那一腔热血和牺牲的精神，以及他们所胸怀的抱负唤起了他的强烈共鸣。
对于一身侠气的谭嗣同，蔡元培更是格外佩服，他几年后的一封信中还念念不忘地写下了这样的话：“盖元培所慕者，独谭嗣同耳。苦康、梁之首事而逃，经元善之电奏而逃，则固所唾弃不屑者也，况其无康、经之难而屑屑求免也乎。且夫避祸者，所以求生也。充求生之量，必极之富贵利达。”
无论从哪方面来说，蔡元培都应当是坚定的维新派。让人不解的是，他本人几乎没有参与维新变法的什么活动，因此也就没有受到牵连。
有人经过一番研究，得出原因为以下两个：
其一，在“戊戌变法”前后，维新派的人士在先进的知识界以及朝廷中，可谓风光一时。由于梁启超与谭嗣同等人当时在社会上知名度已经很高了，假使真的变法成功，从权位上来说，将是未来朝堂上炙手可热、翻云覆雨的人物。质朴而耿介的蔡元培不愿被世人说自己“攀龙附凤”，读书人的孤傲和自尊，使他“耻相依附，不往纳交”而敬而远之。特别是看到有些新派人士，一旦身据高位，便目空一切，不可一世，让他觉得这些人“不足以当大事”。
他在《自写年谱》这样写道：“康有为氏与谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭诸氏被任用，励行新政，我虽表同情，然生性不喜赶热闹，未尝一访康氏。我与梁氏虽为乡试同年，但亦未与见面。”
其二，蔡元培总是隐隐感到，这种用上层政治斗争改变国家命运的策略并不是拯治国家的一付回春妙药，在他看来，中国的问题是深入骨髓的。“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”，这是蔡元培肚子里的想法。
他认为这些维新变法的志士们并没有建立起什么群众基础，而只想凭一己之力、少数精英的奋斗，用最省事儿的办法、最小的代价，动点儿小小的外科手术，就想给中国来个改天换地，这是很不现实。
有记载，新政期间，诏开“经济特科”，选拔“洞达中外时务”之特殊人才。蔡元培因供职宗人府的同乡葛宝华的荐举，而被传去应试。这应该是蔡和维新派唯一的关联。
但无论如何，维新派是在救国救民，出发点和落脚点都是好的。当“戊戌六君子”血洒菜市口的噩耗传来，蔡元培在目睹政治斗争的残酷的同时，也看清楚了清王朝的掌权者丑恶嘴脸。
君君臣臣，父父子子，所谓纲常有道。以往，蔡元培虽对朝政多有不满，但往往认为是臣工昏庸和不作为。眼见最高的统治者只顾自己的既得权位，置国家和民族的利益予不顾，而冥顽到了极点。这让蔡元培对这个君、这个王朝彻底失望了。