工部和兵部接到勘察澎湖情况的命令后，立马派了好几批人分区域分方向地将整个澎湖列岛巡视了一遍。
陈绳武和李景根据巡视官员收集的情况召开了多次两部联席会议，共同商讨加强澎湖守备的方案，最终形成了《加固澎湖防备疏》上奏给了郑克臧。
奏疏中结合澎湖列岛诸岛上现有的军事设施和当地的水文、地势条件，建议在澎湖湾内的娘妈宫（今澎湖马公镇）原有兵寨基础上修建炮城守卫。
在港口两侧的西屿、内外堑、牛心湾和鸡笼屿、凤柜尾、四角山以及港口外的虎井屿、桶盘屿等处均设立炮台，能对意图从海上攻打港口的战船形成密集的交叉火力，防范敌人登陆。
兵部还建议仿照伪清迁界令修筑围墙的做法，在澎湖诸岛沿海便于登陆的地段修筑短墙，并设兵把守，严防敌人趁机偷渡上岛。
对未被纳入列岛防御体系的花屿、猫屿、八罩等岛屿，兵部也做了解释。
这些岛屿周围有老古石，嵯岈若铁树，刚利无比，凡泊舟下扎，遇风立刻而覆，故而不须特别防范，天然水文地利之便，伪清战船根本难以接近。
在奏报的最后，兵部总结称，一旦此法施行，澎湖水师与岸上炮台相互配合，将构成以娘妈宫为核心的列岛防御布局，岛上防御工事星罗棋布，坚如铁桶，伪清舟船将难以靠岸，无计可施。
对这篇看似详细缜密的方案，郑克臧批了四个大字：斟酌再改。
在四个大字之后，他又用小字批复道：虑事不周，如花屿、猫屿、八罩等岛，若在夏季南风时，舟夜进泊，潮长礁没，日间随退流出战，舟船便不虞戳漏。
接到郑克臧打回来的奏疏，陈绳武和李景面面相觑。
陈胜武轻叹一声，“殿下所言未必没有道理，我等不谙水战有些想当然了，还是要仔细论证。”
他当即召集了几个熟悉水战的兵部官员，又请来了驻守延平港的靖海镇统制卢海生一同就郑克臧的批复进行商讨。
最后得出结论，郑克臧所说的情况实操性很强，确实不可不防。
兵部和工部有针对性地进行了修改，将这几个被忽视的岛屿也纳入防御体系之中。
修改后的方案再次递交上去，获得了郑克臧的认可，由户部专门拨出预算进行澎湖防御工事修建。
在兵部和工部准备按照审定好的方案前往澎湖施工前，郑克臧特别去了一趟军学，抽调了四、五名火炮课程成绩优异的年轻军官。
这些军官跟着法国军官修德礼学习了大半年，对火炮的射程射角背后的物理原理都有一定的了解。
在郑克臧的安排下，他们将和工部、兵部负责施工的人一同赶赴澎湖，对现有的和即将新建的炮台提出专业的施工意见，以期能最大限度的发挥火炮威力。