他以非常强硬的态度驳斥了分离主义思潮，1999年9月，出动10万军人，指挥部队从两路进入车臣，对车臣进行封锁和展开军事打击。
经过空中轰炸和地面围剿，大股车臣武装被消灭，俄军几乎控制了车臣全境。但是，车臣剩余的武装化整为零，在车臣内外采取游击战术，频频进行暗杀和恐怖活动。
特别是近两年来，车臣武装分子活动猖獗，不断制造恐怖袭击事件，造成大量人员伤亡和财产损失。
2000年2月初，俄军攻下车臣首府格罗兹尼，取得了平叛行动的决定性胜利。
2000年6月8日，他签署命令，对车臣实行总统直接治理，由总统驻北高加索代表卡赞采夫具体落实。
2000年6月16日，车臣穆夫提、原马斯哈多夫政府反对派卡德罗夫被任命为车臣临时政府首脑。
2001年初，下令将清剿车臣残匪的任务由国防部移交联邦安全局。在车臣成立政府和常设行政机关，任命原斯塔夫罗波尔政府首脑伊里亚索夫为车新政府总理。
这标志着车臣开始从战争状态转入正常状态。
2001年2月起，俄罗斯当局从车臣撤军。
“9·11“事件后，美出于建立全球反恐联盟的需要，在车臣问题上表态明显软化。车臣分裂分子政治上受到沉重打击，军事上无力实施反扑，将制造恐怖袭击视为阻挠车臣和平进程的唯一有效手段。
2002年下半年，车臣恐怖分子活动日益猖獗，多次用导弹击落联邦军用飞机，并制造多起恶性恐怖事件。
2002年10月23日，车臣恐怖分子占领莫斯科一剧院，劫持近800名人质，提出停止车臣战争、联邦军队撤出车臣的要求。俄特种部队26日采取行动，辅以施放麻醉化学气体等手段，在129名人质死亡后，解救出其余全部人质。
2002年12月27日，车臣恐怖分子驾驶两辆载有炸药的汽车冲入车臣政府大楼，致使大楼全部被毁，造成至少83人死亡，百余人受伤。
2003年10月，卡德罗夫正式当选俄罗斯联邦的车臣总统。
2004年5月9日，车臣发生炸弹爆炸，总统艾哈迈德·卡德罗夫被当场炸死。
2004年8月29日，经过总统选举，由阿卢·阿尔哈诺夫出任总统。