矩阵世界，一个男子漫步在街头，穿着一身得体的西装，气度优雅，打量四周，这个男子似乎在寻找着什么，只是神色间看不到丝毫急切的模样就是了，倒是他这优雅的气度，让不少大胆的女子，肆无忌惮的多看了他几眼就是了。
史密斯走在大街上，寻找着入侵者的存在，可是找了好几天，史密斯都没有遇到一个入侵者，这让他感觉到无奈。
史密斯不知道的是，现实世界当中锡安基地危在旦夕，所有的人都在积极备战，所以若是没什么重要的事情，是不会再有人偷渡进入矩阵世界的。
自从复活以来，史密斯能够感觉到自己的程序变得完全不一样了，不只是自己的程序发现了异变，让自己拥有了更强的力量，更主要的是自己类似于病毒似的，可以感染许多的人，乃至电脑特工，变成自己的分身。
这些日子过去，史密斯已经是同化了许多人了，难以计数的自己在矩阵世界当中行走着，也是在寻找着入侵者的踪迹，。
可是，找了几天他都没有找到，这让史密斯觉得难以理解，为什么最近这些日子，似乎都没有人偷偷的潜入矩阵世界呢？莫非发生了什么大事不成？
就当史密斯找了好几天，也没有找到入侵者，心下正猜疑着的时候，突然一个人影吸引了史密斯的注意，正是杰克斯。
终于找到了入侵者了？史密斯本来是很兴奋的，只是跟在杰克斯的身后跟了片刻，史密斯又被杰克斯的举动吓到了，他居然进了母体的密室宝库当中偷东西，而且母体居然派出了十几个电脑特工追杀他？
眼看着杰克斯就要被那些电脑特工抓住的时候，史密斯本来忍不住想要出手的，可是东方玉却出现了，然后接下来就是东方玉把那些电脑特工都吓退了，跟着矩阵世界开始毁灭，东方玉和杰克斯两人分道扬镳的离开了。
东方玉的出口在很远，所以速度极快的从空中离开了，而杰克斯的入口比较近，所以杰克斯也果断的离开。
躲藏在暗处的史密斯自然也察觉到了母体的意图，他居然要将整个矩阵世界完全毁掉吗？难道？是因为自己如病毒一般的蔓延，脱离了母体的控制，所以母体才要重载矩阵世界不成？
这些是史密斯的猜想，具体如何，他也没时间去考究了，史密斯很清楚，如果自己继续留在矩阵世界当中的话，也难免跟着矩阵世界一同毁灭的命运，所以，史密斯打起了精神，偷偷的跟在杰克斯的身后。
生死存亡之际，杰克斯的速度也很快，迅速的就赶到了自己的出口处。
天地寂灭，一片混乱，杰克斯好不容易的冲到了电话亭的旁边，随着电话响起，杰克斯伸手去拿电话。
只是杰克斯才刚刚把电话拿起来，史密斯却在这一刻冲了出来，一双手仿佛虚影似的狠狠的刺入了杰克斯的体内，如同墨汁一般的黑色物质，顺着史密斯的手掌蔓延出去，很快的覆盖了杰克斯的全身。
复活之后的史密斯，能够同化矩阵世界当中的人物和电脑特工，自然，这些偷渡者和普通的居民也没什么区别，史密斯竟然就这样直接同化了杰克斯，然后，接通了电话的史密斯，身体化作一阵粒子流，离开了矩阵的世界了……
史密斯睁开了双眼，很快他就明白了，自己果然成功摆脱了矩阵的那个大监牢了，自己终于是成功的逃出来了，这让史密斯欣喜若狂，几乎忍不住想要高兴得大叫出声。
只是不同于史密斯的欢喜，这个时候，连线员和司令官他们的脸色都很难看。
虽然成功的窃取到了矩阵世界的架构图，可是母体操控机器人的密码却没找到，而且东方玉也被困在矩阵世界当中，即将与那矩阵世界一同被毁灭，这让司令官他们的脸色非常的难看。
不管如何，墨菲斯和奈奥比的飞船是去袭击电脑总部的，而且获胜的希望在东方玉的身上，虽然司令官不相信墨菲斯那一套，可东方玉就这样死了？墨菲斯和奈奥比的任务还没开始就失败了？即便是司令官，心情也非常的糟糕。
史密斯是一个很聪明的人，虽然说逃出了矩阵世界的大监狱，这让他欢喜异常，可看着司令官他们的脸色，史密斯又收敛好了自己的情绪，不动声色。
很快司令官摇摇头，下令让大家继续努力备战，接着直接离开了，矩阵世界都已经崩坏了，就算是再想进去盗取密码也不可能了，而且，东方玉也死定了，在司令官看来，人类的未来已经没有退路了。
若史密斯还是电脑特工的话，那么他就应该会从母体那么得到讯息，知道母体已经派了足足二十五万机器人前来袭击锡安，可惜的是复活之后的史密斯完全脱离了母体的掌控了，变成了不同于电脑特工，更不同于人类的特殊存在，再加上刚刚复活没有多久，所以，史密斯并不知道锡安现在危在旦夕的情景。