却说蔡邕被王允送交廷尉问罪，虽知自己并非真心偏向董卓，但却不想强词辩白。
作为史官，蔡邕还想续写汉史。
为了能够实现自己的愿望，便向王允谢罪说：“吾虽算不上忠臣，也晓知大义。古今国家安危的道理，经常听入耳，说出口，怎么能背叛国家偏向董卓呢？我狂语瞎说，祸从口出。请求给予刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。”
士大夫大多同情并想营救蔡邕，纷纷向王允求情。
已经变得居功自傲、目空一切的王允，哪里听得进去，众人营救王允之举毫无结果。
太尉马日磾听说后，心急如焚，急忙找王允为蔡邕求情：“伯喈是旷世奇才，清楚很多汉朝故事，应让其续写汉代历史。况且伯喈以忠孝闻名于士大夫之中，若获罪被杀，恐有失众望，人心不服。”
“什么刻额染墨、截断双脚。蔡邕之所以请求如此处罚，是想学司马迁。”王允说，“过去汉武帝不杀司马迁，让其写史著书。然而，多有诽谤句词流传后世。现今国家中途衰落，政权不稳，不能让奸邪谄媚佞臣在幼主身边写文章。这既不能增益圣上仁德，又会令我等一并蒙受毁谤议论。”
马日磾无奈，只得退出，感慨地对别人说：“王允大概不能长久！”
众问：“何以见得？”
马日磾说：“善待人才，是国家得以维持发展的命脉，而让国家经典得以流传，是重视国家制度和创作的保障。像王允这样不重视贤才，切断国家命脉，阻碍国家经典流传，难道能维持久远吗？”
蔡邕终于冤死狱中，终年六十岁。
蔡邕死后，朝野上下，无不议论纷纷，良臣、贤达、文人、志士无不为之哀痛。
有良臣问王允：“董卓信任蔡邕，是因为想借其威望沽名钓誉，而蔡邕并未助纣为虐。如果与董卓同党，明知司徒及众公卿痛恨董卓，依其胆量怎敢在司徒面前表现同情之状？”
王允不语。
又有贤达问王允：“司马迁所作史记，是一部奇书流传后世，功劳无与伦比。直书史实，不隐瞒孝武皇帝过失，怎能算是诽谤？司徒却认为孝武应早杀司马迁，不至于留下诽谤之语。司徒仗义除贼，何谤之有？今欲杀蔡邕，恐怕作书留下毁谤议论，难道还有见不得人的不义之举吗？”
王允无以应对。
还有志士对王允说：“司徒不惜矫情曲意，偏违原则，谄媚逢迎，乃是正义；而蔡邕受到重用，多次劝谏匡正董卓行为，虽未完全听从，也有所矫正，却成同党。这是不公平的。若后世将冤杀蔡邕具实秉书，也不能算诽谤吧！”
王允后悔莫及，但已晚矣。
果然，后世文人还是把王允错杀蔡邕这段史实流传下来。
话说吕布诛杀了董卓，派遣李肃以皇帝诏命率兵诛杀屯兵在陕西的董卓女婿牛辅。
牛辅率兵迎战，李肃不敌，败退弘农。
吕布大怒，以“挫军锐气”将其斩首，悬头军门。
牛辅军营夜间哗变，慌忙携带金银珠宝，领着胡赤儿五六个亲随逃往城北渡河。
胡赤儿等人贪图钱财，杀了牛辅，将首级送往长安献给吕布。
吕布问起情由，跟随的人说是胡赤儿夺取金宝谋杀牛辅。
吕布当即将胡赤儿诛杀，劝说王允乘机追剿凉州董卓旧部。
王允在如何处理其旧部时，极不慎重，反复无常，先是想全部赦免董卓部下，可继而又对群臣解释说：“本来想赦免他们。因为只是身不由己，不得已听从董卓差遣，跟随董卓。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了。所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”
吕布又想把董卓财物赏赐公卿、将校，王允又不准。
王允平日看不起吕布，以剑客对待他。
吕布却认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐与王允不和。
凉州军队是董卓嫡系部队，战斗力强，而且忠心于董卓。
如何处置董卓旧部，是关系王允本人及东汉政权的大事。
王允企图削夺凉州将领兵权，取缔全部凉州兵，由关东官兵去控制。