而平方腊的事件更能显示出童贯为达目的誓不罢休的手段，在宣和二年(1120年)十月，在睦州青溪县(今浙江淳安)，十几个官吏正在驱使一大群农民拉运奇花异石。这些花石是要运到京城供皇帝享用的，由于数量多，必须组织专运，所以称做“纲”。负责承办“花石纲”之役的是苏州大商人朱冲、朱勔父子，他们受宰相王黼的指使，对人民横征暴敛，搜刮无度。眼下，朱勔正在指挥青溪县的农民把刚刚从山上采来的各种各样的石头运往京城。在这群苦难的人当中有一个叫方腊的中年人，家住青溪县碣村，家中有一漆园，种了很多漆树，按理很富有，但自从朱勔父子来后，屡受“酷取”，弄得家破人亡。他就利用长期以来的在民间秘密流传的摩尼教，偷偷地聚集了一部分群众，准备举起义旗，杀死那些贪官污吏，推翻腐败的朝廷。
今天，方腊等人被朱勔无情地抽打，实在忍无可忍，于是他趁朱勔不注意，伸手夺过他手中的鞭子，大呼一声：乡亲们，我们反了吧！这些备受欺凌折农民听到方腊的呼声，也纷纷从地上拣起石块向朱勔等人掷去，并站向那十几个官吏。朱勔见这群老百姓反了，吓得面如土灰，忙在十几个人的保护下仓皇逃走。方腊见跑了朱勔，知道不久宋军就要到来，他忙带领这些人赶到村中，正式树起了义旗。附近各州县闻风响应，纷纷跑到方腊麾下。起义军在十几天内就发展到几万人，很快形成了燎原之势。十一月，起义军在青溪县息坑歼灭宋军五千，杀死两浙都监蔡遵、颜坦，一举攻下青溪县城，十二月，攻下睦州、歙州(今浙江建德、安微歙县)和杭州，占据了周围的几十个县城，打死了制置使陈建、廉防使赵约和宋将郭师中，队伍扩大到近百万人，取得了重大的胜利，东南大震。
方腊起义的消息传到汴京，徽宗大吃一惊，马上任命童贯为荆浙宣抚使，谭稹为两浙制置使，率京师禁军及所聚陕西六路蕃汉精兵十五万前往镇压。童贯出发时，徽宗老爷子亲自出城送行，握着童贯的手说：东南方面的事情全都交给你了。倘若有紧急情况，可用御笔处理。允许童贯在必要时用他的名义，全权处理有关事宜。
童贯受到如此信任和重用，不仅是其收复四州、攻打西夏的军功，更是不惜用大量钱财巴结后宫的嫔妃，结交其他的宦官、大臣，因此得以平步青云。他虽是一个宦官，但身材魁梧，浑身有劲，下巴上还长着十几根胡子，从表面看来不像一个阉人，倒像个伟岸丈夫。这次受命去镇压方腊起义，他自然受宠若惊，将会不遗余力地在皇帝面前显耀一下自己的能力。
童贯知道方腊起义是由于人民群众受不了花石纲的骚扰而引起的，起义爆发后，花石纲仍然没有停止，群众十分恼怒，如果不在花石纲上做点文章，要想平定方腊起义是很困难的。因此，他一到苏州，就命令幕僚董耘写了一个“御笔”，以宋徽宗老爷子的名义写了罪己诏，四处散发，宣布：罢免花石纲，撤消苏杭应奉局，有关官员一律撤职查办，假如以后谁还敢以供奉为名危害百姓，以抗旨不遵论处。这些做法，使宋军在舆论上得了一定的主动权。
同时在军事手段上，也是做足了充分的准备，先派宋军在江宁和镇江，扼守长江，防止义军顺江西上;然后集中精锐分两路进兵，分别由王禀、刘镇带领，向杭州和歙州开来，企图在睦州会合。
由于此前御笔罪己诏的宣传作用，老百姓既然认为皇上都已经认错了，被鼓动起来的大部分农民军便纷纷回老家农村，只有一小部分的起义顽固分子跟着方腊继续顽抗，由于由于起义军缺乏作战经验，兵力分散，战线拉得太长，一味攻打州县，没有建立稳固的根据地，并且对宋军的反扑缺乏足够的警惕，因而给了童贯以可乘之隙。
王禀所率的一路宋军先在秀州(今浙江嘉兴)打败了起义军将领方七佛，杀死了九千名起义军将士，进而攻陷杭州、睦州和青溪县。刘镇所率的另一路宋军也接连攻陷歙州、衢州、婺州，两路宋军按原定计划在睦州会合，围攻退守在青溪帮源峒中的二十万起义大军。起义军将士依据岩壁坚守，步步为营，顽强地抵抗宋军的猖狂进攻，七万人壮烈牺牲。最后，宋军从小路攻入峒中，方腊及妻子邵氏、儿子方毫、起义军丞相方肥等五十二人不幸被俘。童贯便派人把方腊等人押往京师邀功请赏，并且命令宋军继续残酷镇压分散在各地的农民起义军，这场镇压又延续了将近一年半才结束。
而恰逢童贯在东南镇压方腊起义之时，京师这边经过马扩等人的外交沟通跟金人确定了海上之盟，海上之盟是大宋朝廷派使节自山东登（今山东蓬莱）、莱（今山东掖县）泛海赴金，签订了共同灭辽复燕的军事合作盟约。由于双方地理上受辽阻隔无法在陆上接触，而需要海上经渤海往来而得名。
根据海上之盟约定，宋军要跟金军一起围攻辽国南京（燕京），而此时的宋军主力京师禁军及西北边军被童贯带到东南剿灭方腊起义，等到金国使者派人京师催促，宋徽宗老爷子还是坚持攘外需安内的政策，其金国使者等了几个月后，童贯率领的大军才凯旋而归，但是大军归来需要休整一段时间，加上当时运河阻塞，东南富饶之地被花石纲和方腊起义搞的民不聊生，粮草的缺乏和军队的疲惫让老爷子尽量拖延着大军北上跟金人合围燕京，随着辽国中京的陷落，老爷子才着急起来，必须尽快出兵北上，才能避免落在金国后面，一旦金国首先攻克了燕京，朝廷想要拿回来就困难了。但是此时童贯和将领们还是建议皇上暂缓出兵，原因还是粮草不足和军队没有休整，所以就这么一直拖延着，与此同时找各种理由不见金国使者，便让接待官员每天好吃好喝伺候着，就是不提出兵之事，把金国使者都气的火冒三丈，但是也没有办法。
而到了三月十七，金国从西北方给代州的守军发来了军牒，声称金国已经占领了燕云十六州的山后地区，由于辽国的居民纷纷从金国占领区逃亡大宋境内，金军发牒，要求大宋边境不得收留难民，并带有威胁性的要是收留了其后果自负。随着军牒传到京师，就更增加了出兵的急迫性。于是，朝廷经过商议决定，大军于四月十四出征跟金人一起合围辽国南京（燕京），同时任命童贯任宣抚使，率领十五万兵马北上收复燕京，到时大军出征之日，宋徽宗老爷子从斋宫的端圣园出来观看出兵仪式，给了童贯上、中、下三策命令，上策是如果燕京百姓列队欢迎朝廷军队，我军就可乘机顺利拿下，恢复旧疆土；中策是如果辽国的天锡帝再识趣一点，向大宋称臣，就保留他的藩王地位，这等于是收复了旧土，但燕京还是交给契丹人统治，只是恢复了名义上的统治权；所谓的下策就是燕京人民不想回来，天锡帝也不想对我大宋称臣，那很可能就陷入僵持局面了，唯有军事战争一条路了。
到了四月二十三，童贯帅军到达前线高阳关，到了五月初九，宋徽宗老爷子又任命蔡京的儿子蔡攸作为童贯的副手，这蔡攸就是经过蔡京的运作，来前线分取战功的，因为此时的朝廷大臣及皇上都认为，这场战役就是一次走过场，大宋必将胜利无疑。
五月十三这天，童贯将前线大军分成了二路，东路军的中心在雄州，由名将种师道指挥，屯扎在前线附近的白沟，西路军的中兴在广信军（现河北保定徐水区西），由另外一位童贯部将辛兴宗指挥，也就是在平定方腊起义是抢夺韩世忠擒方腊之功者，屯扎在范村。在所有出征的将领中，最著名也是最有经验的是老将种师道。由于其长期在西北与西夏对峙，积累了丰富的作战经验，他个人是并不主张跟辽国作战，其原因就是宋辽有着澶渊之盟，古代武将最讲究信用，种师道一直认为既然跟辽国签订了盟约，就不应该在没有撕破脸的情况下就贸然攻打对方，这样就是打胜了也是胜之不武，但是整个事情的经过和决策，种师道完全没有参与。既然有着盟约，就不应该挑起战端，但是出兵这是朝廷的决定，最后还是服从了朝廷的调遣，率领刚才东南方平定方腊起义不久的西北军跟随童贯北上。虽然名义种师道是东路军的指挥长，但是由于朝廷的体制，却处处受到童贯这个宣抚使的节制，无法按照自己的意图指挥军队作战。这也为以后的失败遭遇埋下了深深的伏笔。
而此时雄州知州和诜向童贯献策，他认为燕京人民早就欢迎宋军的到来了，应该以攻心为主，军事手段为辅，降下黄榜和大旗，告诉人们攻打辽国是不得已，并同时严明军队纪律，不准对百姓烧杀抢掠，如果辽国守军能够率城投降，就授予节度使之职。而这个建议其实严重违背了事实，毕竟燕京脱离宋朝统计已经一百多年了，其经过几代人的传承，当地百姓对大宋的认同感逐步在降低，同时辽国守将确实被金国的铁马金戈打怕了，但是对于宋军他们一来认为有着檀渊之盟大宋不会进攻辽国，二来从之前宋辽多年的对战中，辽军也不惧怕跟宋军对战。所以这个建议注定是失败的。