努尔哈赤与中国历史上其他少数民族入侵者最大不同在于，此人十分会使用奸细，其安插的密谍甚至活跃在北京，而明王朝的内部又跟漏风的筛子一样，什么消息都能往外泄露，因此万历病重可能不久人世的消息很快传到了辽东，努尔哈赤便在当年的五月和六月间，对辽东展开了新一轮的进攻。
不过由于熊廷弼的指挥得当以及各路将士的奋勇杀敌，所以，努尔哈赤夺取辽东各城的阴谋没有得逞，但包括西平吞、郭三屯、头目屯、王大人屯等地还是受到了严重的损失，一部分辽东边民被掠走，进而引发了辽东巡按陈王庭与经略大臣熊廷弼之间的新一轮矛盾。
陈王庭认为，应该对造成边民损失的将帅进行处理；而熊廷弼认为此战各将帅都有功，起码是功过不掩。
相关争辩引起了明廷的注意，兵部便向病重的万历奏称：“辽东御史、经略各题参花岭山城等处杀虏人畜多寡不同，议处游击等官刘世功等轻重亦异，难以悬断，相应覆请将失事地方行御史会同经略再勘。”
病榻上的万历挣扎着做出批复，即派遣姚文宗去巡阅边务，同时下达口谕：“辽事败坏，皆地方官玩愒所致，熊廷弼一意振刷恢复封疆，朕深切倚赖，今夷情甚急，岂经略释肩之时，自弃前功、著益弹忠，任事与诸臣协心共济，【毋为人言所阻】1
说完对辽事的安排，万历吩咐道：“去把方先生请来1
很快，方从哲出现在了万历的病榻前，但此时万历却陷入了昏睡当中，好一会，才从不知道是美梦亦或是噩梦中清醒了过来：“朕刚刚看见先帝和圣母了1
在场的太监及方从哲都跪了下来，万历幽幽道：“起来吧，朕的时间不多了，趁着还有精神头，交代几句，拟旨，册封福王长子朱由崧为郡王，王号着礼部拟定。”
今天司职的王国臣立刻一挥而就，方从哲随即应道：“内阁领旨1
既然方从哲当面领旨了，自然不会随后食言，所以这道试探方从哲的旨意很快会变为现实，至于六科那边，显然也不会在这个时候就朱由崧封王一事忤逆万历，毕竟，朱由崧今年十四岁，按大明朝过往的惯例，也是应该加冠封王了。
万历又沉默了一会，这才积蓄起继续开口的气力，这次就听他说道：“再拟一道遗诏。”
王国臣、方从哲以及在场的宦官、宫女再一次跪倒在地，当然，没有人敢嚎啕大哭，以免造成了万历已经驾崩的误会，但现场众人的眼泪也是哗哗的留个不停。
万历这才似乎没有注意到所有人都跪下了，自顾自的说道：“去把贵妃请出来1
有机灵的宦官立刻通知了郑贵妃，郑贵妃快速的从后面走了过来，听到熟悉的脚步声，万历笑道：“梦境，来，坐到朕的身边来，握住朕的手1
郑贵妃一边用手帕擦着眼角，一边走过去坐在万历的病榻上，一手握住万历那双没什温度的手，此刻就听万历说道：“朕答应册封你为皇后的，只怕身前是做不到了，拟旨，郑氏入宫多年，温良贤淑，甚得朕心，可册封为皇后1
王国臣见郑贵妃直直的看着自己，不敢怠慢，跪在那就把诏书写好了，然后王国臣问万历：“皇爷，诏书写好了，要不要念一遍1
已经没有时间浪费的万历说道：“不必了，去把玉玺拿来，两份诏书，都盖上1
有人立刻去通知了司礼监，趁着几个司礼监秉笔太监还没有过来的当口，万历问方从哲道：“方先生，内阁领旨吗？”