天启帝下令逮捕杨涟等六君子后，当年五月，周朝瑞、袁化中、顾大章就先后被抓捕到了锦衣卫北镇抚司；等到六月，魏大中、杨涟、左光斗也先后被抓来了，于是，对六人的审讯便于六月二十八日正式开始。
杨涟等人一开始根本不承认自己从熊廷弼手中收取了什么贿赂，然而“显纯箠楚甚酷，无生理”，于是左光斗便对其余五人说“彼杀我有两法，乘我之不服而亟鞫以毙之，又或阴害于狱中，徐以病闻耳，若初鞫辄服，即送法司，或无死理”，于是众人俱自诬服。
在这里，左光斗犯了一个致命性的错误，他以为自己承认了贪污，就会被从锦衣卫诏狱转移到刑部天牢，如此就可以方便同党解救自己，甚至自己都可以翻供了。
很显然，左光斗并不知道异时空那句“抗拒从严，回家过年，坦白从宽，牢底坐穿”的名言，因此，当他们画押的供词送到天启皇帝面前时，天启皇帝顿时萌生了被东林党人欺骗的感受，所以，在确认并非是屈打成招后----许显纯上奏，打是打了，但还没有打到承受不住的程度，人就招了----恼羞成怒的天启皇帝便按照王体乾、魏忠贤等人的建议，没有命令锦衣卫向刑部移交人贩，且要求许显纯“严刑追比，五日一回奏”、“待追脏完日”再“送刑部拟罪”！
至此左光斗这个臭皮匠的拙计彻底搞砸了，并给世人和历史留下了东林党人其实也贪污的印象，虽然，后来崇祯皇帝即位后为了证明自己清洗阉党的正确性，拼命为六君子洗地，但这些话欺骗一下无知小民可以，在高层人士眼中，东林党的政治形象却一落千丈，彻底跟道貌岸然伪君子画上了等号。
而就杨涟等人来说，他们的苦日子才刚刚开始，要知道，天启皇帝深恨他们欺骗自己，要对他们进行所谓的追比，也就是规定每过几天交多少“赃款”，如果交不上来就要严刑拷打，什么时候家属把全部“赃款”凑齐了交上，在诏狱的事情才算完了，才能移交刑部议罪。
但杨涟等人就算卖地卖房子，也实在凑不出那么多钱来----许显纯给六君子安排的供状中，杨涟和左光斗各受杨镐、熊廷弼贿赂20000两，周朝瑞受10000两，魏大中3000两、袁化中6000两，顾大章40000两----东林党人中有钱的也不敢为杨涟等人代缴，真代缴了就坐实了杨涟等人真有钱、真受贿了。
既然杨涟等人拿不出钱来，那么许显纯也不客气，“（追）比时累累跪阶前，诃诟百出，**辱之”、“夹、桚、棍交替使用”、“后讯时皆不能跪起，荷桎梏平卧堂下”，惨不可言。
在朱由崧前世时空里，有一个桐城人叫方苞的，生在康熙年间，既没有见过左光斗，又没有见过左光斗的学生史可法，从其父方仲舒那里道听途说了些东西，便写了一本《左忠毅公逸事》，把左光斗塑造的铁骨铮铮，把史可法描写的忠孝两全，但实际上，这里面根本不能认真推敲。
是的，文章中的五十两银子在当时而言，对于个人来说的确是一大笔钱了，可问题是，六君子是天启帝钦定的钦犯、又是阉党除之后快的重要政治对手，多少人眼睛盯着，怎么可能是个人随随便便的换了衣服，就能一路畅通的来到左光斗面前？甚至还能呆在哪里，与左光斗对话好一会，这简直太低估诏狱的看守能力和工作态度了。
拿个不太好相比较的例子来说，同时期关押在刑部天牢的熊廷弼日后为什么会被处死，一个非常重要的原因就是，刑部天牢的牢子举报有人溜进天牢与熊廷弼串供，结果被逮了个正着；所以你看，连看守严密度远不如锦衣卫诏狱的刑部天牢都不好轻易进出，何况时人嘴里的阎王殿呢。
退一万步来说，即便是诏狱里的看守全部放水，区区50两银子又怎么够打点到位呢，所以，那个动了隐恻之心的门卫首先就得是个不小的官，接下来还要搭进去不知道多少的人情才能勉强办到的，为了一个莫名其妙的史可法，这可能吗？
故而，这篇文章的内容要是真的，真相就只有两个可能，一个是，史可法用来疏通的银子不是50两，而是500两乃至更多；另一个，则是安排史可法进诏狱的，是刘侨的亲信党羽、东林的同路人，史可法与左光斗的联系也不是一次简单的师生告别，而是东林党人策划的某种解救动作的一部分。
这两种可能中，尤其以后者的可能性更大，而正是因为察觉了东林党可能对杨涟等六君子的解救，所以，阉党和许显纯才不得已迫不及待改变了原有的继续羞辱拷打的计划，对六君子实施了秘密处决，以彻底断绝东林党人的妄想----天启五年七月二十四，杨涟、左光斗和魏大中被“土囊压身、铁钉贯耳”而死。
见杨涟等人遇害，袁化中、周朝瑞吓的只能选择以钱赎命，然而钱是交了，可阉党并不愿意就此放虎归山，所以，当年八月十九日，入狱后一直病恹恹的袁化中因为药不对症，庾死；同月二十八日，周朝瑞“继之”。
待五人死后，阉党怕无法向天启皇帝和国内舆论解释，便移顾大章于刑部天牢，此时刑部尚书李养正跟阉党的关系密切，所以便在审讯时“一如镇抚原词，以移宫事牵合封疆，坐六人大辟”，这就在舆论上为阉党杀害杨涟等人做了背书。
得到刑部定罪的结果，天启帝便命令“移大章镇抚”继续追比，顾大章再也不肯去北镇抚司受刑，所以在其弟顾大韶前来探监时，服用了送来的毒酒，然而顾大韶不忍哥哥死去，下药的份量不足，顾大章虽然腹痛如刀搅，但却始终死不了，所以，他便在夜里，趁人不备之际，毅然自缢而死。
至此，杨涟等六君子，无一幸免于难······