遭到首辅拒绝后，正二品左都御史李邦华站出提议“皇上即不南迁，宜令太子诸王居旧都（南京）”,同时言明“臣与有识筹之已熟，惟上速图之”。
崇祯初次听到这个提案时，其实已然心动----天子留守北京以表明不放弃宗室陵寝，给自己找了一个台阶后，便能有机会再寻求移驾南京----但正当崇祯皇帝准备赞同此议执行时，熟料从七品阶兵科给事中光时亨竟站出来反驳称“奉太子往南，诸臣意欲何为”！
一句话，诸臣拥戴太子南下，便是准备另立新君，有不臣、谋反之企图。
这句话一出，众臣若再站出来提议南迁便如同造反，所以当时无人再敢发声。
崇祯当即气得大骂“朕非亡国之君，诸臣皆亡国之臣也”，骂完便拂袖退朝，但第三次南迁之议也就此再次搁置了。
三月三日，大同失陷的消息传到北京，崇祯再次于朝堂商讨南迁一事，李邦国和李明睿又一次提出了皇帝南迁和太子前往南京的两个方案，此时唯独少詹事项昱出声应和太子监军一事，其他重臣再无一人开口。
万般无奈之下，崇祯决定以玉石俱焚之计逼迫大臣表态，就听崇祯厉声道：“朕以天地祖宗之灵，诸先生夹辅之力，或许不至于此。如事不可知，国君死社稷，义之正也。”
大臣们见崇祯绝境之处，竟然试图胁迫众臣一起殉国，便转而支持太子南迁一事。
崇祯皇帝见状心中大恨，一时怒火兴起，遂以“朕经营天下十几年，尚不能济，哥儿孩子家做得甚事”为由拒绝了让太子南下的提议，决定死守京师。
不过，崇祯皇帝回到后宫就后悔了----崇祯皇帝已经不知道了朱由崧的生死状况，但朱由渠可是去了常山了，要是自己和太子都不能南下，那帝系岂不是要转移到了福王一脉手上了吗？
可问题是，崇祯皇帝刚刚说了不让太子南下，现而今也不好立刻反悔，因此焦急之余，崇祯皇帝便密令驸马都尉巩永固于当年三月五日上奏，再次劝皇帝南行。
然而巩永固的奏疏落到内阁手中，群臣以其中“召集京师义勇十余万扈从随行”太过荒谬为由，加以反对，崇祯皇帝束手无策，只能坐以待毙。
三月七日，天津巡抚冯元飙之子冯恺章入京奏请崇祯皇帝携太子立刻前往天津，然后乘船南下，但由于此次通政司官员能逃的都逃了，不能逃的也没心思工作，所以，冯恺章的奏疏未能抵达崇祯皇帝之手，由此，崇祯皇帝与诸皇子南下的最后一个机会，就此失去了----其实，即便崇祯皇帝收到了这份奏疏大概率也不敢走的，因为当时闯军刘芳亮所部已经截断漕河，由南向北逼近北京了，谁也不能保证北京城外有没有闯军前锋活动，以明军眼下一触即溃的状况，出城显然更加危险----北京朝廷的覆灭也就此进入了倒计时······