朱由崧没有管新兵招募中产生的猫腻----朱由崧认为现在一切为明年挡住清军进攻让步----但东林党人却似乎发现了机会，于是左都御史刘宗周、右都御史吴甡领衔，就义勇招募中的乱象向他们一直看不惯的阮大钺开炮了。
然而，在东林党人集体发难的前一天，奉朱由崧之命，内书房掌印兼提督内行厂的钱禄秘密拜会了马士英，向马士英通报了东林党人将集火阮大钺的消息；马士英随即紧急与阮大钺、刘孔昭等人会商，并连夜对参与倒卖义勇入选名额的人员进行了清理和转移。
1644年十月初一的朝会上，刘宗周、吴甡等东林党御史果然对阮大钺发起弹劾，已经基本收拾了手尾的阮大钺毫不示弱，公然表示绝无此事，一切纯属东林党方面捏造，乃是东林党党同伐异的又一表现。
马士英表面中立，然后以持重的名义要求朱由崧派人仔细清查，于是朱由崧便派吏部郎中李迟、御史孙道祥、锦衣卫北镇抚司某人及内行厂某人一起参与调查；但参与调查的4人中，有3人是秘密站在一起的，因此，经过十天的调查后，在孙道祥不同意的情况下，得出了都察院风闻有误的结论。
虽然朱由崧并没有因此怪罪风闻言事的都察院，但刘宗周自觉自愿的提出了辞呈，朱由崧挽留了两次，刘宗周坚持辞职，朱由崧便御准了。
刘宗周致仕后，朱由崧便任命吴甡继任左都御史，以原崇祯朝兵部尚书张缙彦出掌兵部----张缙彦原在北京投降了顺军，但后来潜逃回了河南老家，并纠集地方士绅反对顺军统治，因此适用半年内逃归者可赦免的条款，但其能被任命为兵部尚书，主要是朱由崧设立某种样板的考量，以及有把柄可拿捏的张缙彦必然成为事事听命的帝党的计算----并以原崇祯朝兵部尚书丁魁楚出任右都御史、调阮大钺为工部尚书、原工部尚书王应熊专任大学士。
见到阮大钺不但没有受罚，而且还升了尚书，黄道周、姜曰广、黄配玄等朝中东林党大臣便一气之下，也向朱由崧主动请辞了。
对于姜曰广、黄道周、黄配玄的辞呈，朱由崧一方面照批不误，另一方面又以大理巡抚左光先、应天府尹孙嘉绩等东林党党人继任之----之所以朱由崧会继任让大量东林党人留在朝中，一方面是为了削弱东林党对地方的控制，另一方面也是为了让东林党人继续制衡马士英、阮大钺、刘孔昭等人的联盟。
对于朱由崧异论相搅、平衡朝局的手段，高弘图、王铎都看明白了，所以，两人的态度相继发生了转变，其中高弘图与王应熊一样转向中立，而王铎则逐步背离了东林党的小团体，向朱由崧靠拢，由此东林党在内阁中的力量也受到了削弱。
于是，为了确保东林党在内阁中有一定的话语权，朱由崧便于当年十月末，任命吴甡为东阁大学士，其左都御史的遗缺有丁魁楚继任，右都御史则由刚刚召回南京的河南总督田仰担任----田仰与刘孔昭的关系密切，因此他被任命为左都御史可以视作朱由崧对马士英一派的补偿，也是可以视作在都察院内进一步掺沙子，削弱东林党声音的手段。
但吴甡出任东阁大学士后，朝中东阁大学士的数量就太多了，所以，朱由崧便晋马士英和高弘图为武英殿大学士，王铎为文渊阁大学士，并免去王铎礼部尚书的兼职，由原吏部左侍郎钱谦益接任······