多铎战败的消息传回北京，让清廷大为震动，是的，满清对明、顺两军战无不胜攻无不克的历史戛然而止了，但这还不最重要的，关键此战战死的八旗兵有些多了----随多铎出征的5000汉军旗最后跑回来的只是个位数，同时随多铎征战的3000满八旗、2000蒙八旗也仅有1000多人能死里逃生，而且这1000多人中还包括滞留在寿州城下的博洛所部近900人----真真让入关时只有14~15万兵马的清廷有些受不了。
没错，汉军旗其实可以随时随地用新附军填补，但入关时满八旗适龄男丁才4.5万人、蒙八旗及察哈尔八旗的适龄男丁也才2万人，一下子折损近4000人，又怎么不让清廷痛彻心肺呢，所以，多尔衮只能派人把多铎锁拿回京处置，并命令准塔撤回黄河以北，以确保满清对畿南、山东、豫北等地的控制。
但事情到这还不算完，要不要撤回阿济格大军，就成了清廷议论的焦点。
就总体兵力来说，阿济格部对外宣称有10万之众，实数大约也有5~6万人，兵力的确较多铎部雄厚，而且目前也是势如破竹、连战连捷，但谁又能保证阿济格部就一定不会重蹈多铎部的覆辙呢？
一旦阿济格麾下4000满八旗、3000蒙八旗及6000汉军旗也大量折损了，那对于满清来说可就是地动山摇的事情了，到时候，已经无法通过“归化”伊彻满洲获得必要补充的满八旗再想恢复元气，那可就拖到猴年马月去了。
所以，经过再三争论，清廷颁布了要求阿济格撤军的命令，是的，且让明军去跟顺军厮杀吧，鹬蚌相争，死的都是汉人，到时候清廷再做渔夫也不迟。
清顺治二年四月二十五日，清军的命令送到了已经勒马长江畔的阿济格手中，阿济格遂以天气酷热，八旗兵无法承受为由，撤兵北上----其实，在清廷的命令下达之前，阿济格已经接到了博洛派人送来的紧急报告，因此一早做好了北归的准备。
得知阿济格部北归的消息，李自成在长舒了一口气之后，遂于永昌二年四月二十八日这一天，下达由田见秀、辛思忠率部向北恢复襄樊控制区，刘宗敏、刘汝魁率部东进夺取九江一线，打开进军江南的门户的命令。
当年四月二十九日，李自成又命令李过、袁宗第率部西进，夺取夔州，打开西进四川之门户；又过了二天，李自成下达了让刘希尧、刘芳亮两部进军岳州，南下湖南、广东及间道进入江西的指令。
在李自成命令田见秀、刘宗敏等部出击的前一天，将左部后续处置任务移交给张国维统帅的江西卫所兵后，腾骧营、府军营、金吾营等部京营新军在朱由崧的指挥下，乘船进驻了九江城；而原驻九江的黄得功部3总兵，则奉命北返蕲黄与黄得功部主力汇合进行重整。
黄部重整的目的是为了消化朱由崧调拨的1万左军陆师降兵----原本朱由崧还没这么快把降兵交给黄得功，但阿济格退兵，让京营参谋们设计的甲方案，即趁着阿济格部渡江攻打李自成部之际，黄得功部迅速沿长江-汉江进军，夺取襄樊，锁死阿济格部北返之路的作战计划，彻底无法实施了；因此朱由崧干脆决定实施乙方案，即待黄部兵力充实后，再西进黄州府，配合京营新军夺回武昌----不过作为代价，朱由崧回收了巡江水师安庆营和马当营的指挥权，并以马当营、安庆营、江阴营、太平营、镇江水师组成临时的长江水师，负责封锁长江江面，最终实现截断长江的目的。
至于济州水师桨帆船队，朱由崧则命其迅速返回镇江，协同漕军防御来自巡江水师吴淞营的进攻----侯方域已经被宁鲤秘密抓捕了，随即在审讯中，受刑不过的侯方域供出了东林党用来呼应左良玉的兵马，这些兵马包括建阳卫指挥使于侯升掌握的300建阳卫官兵和20家盯扬州卫掌印指挥使关文掌握的50家盯镇江卫指挥同知牛国统掌握的200镇江卫官兵等等等等，林林总总加起来也有3~5000人，其中以吴淞营总兵方国安部最为精锐，危险性也最大。
所以，在不确定巡江水师狼山营是否有变的情况下，朱由崧只能先把济州水师桨帆船队调回镇江待命，一待济州水师桨帆船队到位了，那么接下来金吾营辅军师就会抽调部分兵马配合锦衣卫，武装抓捕侯方域供述名单上的那些统兵将领；而只有完成了对这些统兵将领的抓捕，清除了南京周边的隐患后，朱由崧才会安排金吾营辅军师主力及济州水师展开对吴淞营的打击----为了避免方国安率部东逃出海，朱由崧甚至密令济州水师主力南下长江口封堵，不过，济州水师主力南下是需要时间的，这也是为什么朱由崧最好才对付方国安的原因之一。
当然，侯方域的供词未必是真实的，他提供的名单上的人也许是冤枉的，但现在这个时候，有杀错没放过，了不得，日后把责任推到侯方域和东林党头上，再给枉死者及受到连累的家人、族人进行平反嘛。
“另外，飞马将阿济格部北上之事，通报给高杰、尚可喜、刘肇基知晓，命令高杰所部，止步于光（州）、颍（州）两地，尚可喜所部止步于陈（州）、亳（州）两地，刘肇基所部止步于归（德）、睢（州）。”等完成长江两岸的军事调动后，朱由崧继续命令道。“一待控制上述州府后，各军就地强化城防，不得再行冒进，以免遭到阿济格部的蓄意打击。”
朱由崧说到这，顿了顿，又命令道：“再通知张国维，一旦结束对左部的押运、看守任务，所部江西卫所兵立刻循陆路驰援长沙、岳州一线，以确保湖南门户不失去，并在朕亲领大军收复武昌后，协同孙传庭部北上夺取荆州重镇······”