是的，朱由崧这么安排更多的是针对清军可能发动的奇袭，不过这么一来，孙传庭可能就没有足够兵力进入四川作战了：“左良玉部叛乱后，朝廷取消了左部的建制，原本给左部的军饷银子也是不用给了，所以，朕允许卿把手上的兵力扩大为五万人，黄卿所部也准保留一万五千官兵及相应舟船；至于黄卿裁剪下来的兵员、舟船，稍后与巡江水师、操江水师合并，重组为新的巡江水师十二营。”
这12营由西向东是荆州营、岳州营、汉口营、富池口营、湖口营、安庆营、太平营、仪征营、江阴营、狼山营、吴淞营和太湖营，不过，在朱由崧的计划里，这12营水师实际等于水警部队，主要以江湖巡逻、缉私、反水盗为主要任务，真正的战斗是江上水战，现阶段还是以黄蜚所部组成的夷陵水师7营、郑鸿逵所部组成的镇江水师3营为主，至多必要时调济州水师桨帆船队入援而已。
其实朱由崧有进一步将巡江水师及黄蜚部汉水水师舟船全部改为江口型桨帆船的想法，为此还指示济州船尝云梯关船场拿出了一款吨位更小（60吨）、结构更紧凑的江口丙型桨帆两用船，但朱由崧目前实在缺钱，所以，相关换装计划只能遥遥无期的搁置了。
孙传庭和黄蜚齐声应道：“臣等必不负陛下重托。”
朱由崧又想了想，决定道：“韩赞周，立刻通报南京司礼监并内阁，朕以特旨擢孙传庭为东阁大学士，督师巴东、湖南、广西、广东军务。”
孙传庭立刻跪拜道：“臣叩谢天恩。”
朱由崧让孙传庭起身，然后对韩赞周继续道：“另，免张国维总督江西、赣中、南赣军务并江西巡抚，授其总督南襄、湖北、江西军务并兼湖北巡抚，日后驻节武昌。”
韩赞周提笔记录着，就听朱由崧继续道：“黎元宽为广西巡抚、原河南巡抚严起恒转云南巡抚、原广西巡抚堵胤锡调转南襄、杜秀文转江西巡抚、旷昭转湖南巡抚、祁彪佳任右佥都御史兼操江都御史；另外马士英不是要用朱大典和王永吉吗？就以朱大典总督河南、凤阳、江淮军务兼凤阳巡抚、王永吉为黔东巡抚。”
咦？朱由崧不是担心凤阳总督的权力过大才刻意拆解出了凤阳巡抚和江淮巡抚职务的吗？怎么如今又让朱大典当了总督河南、凤阳、江淮军务的总督，让事权归一了呢？
道理很简单，当初朱由崧手中没有一支战无不胜攻无不克的京营----实际是有的，但兵力太少了----但如今不一样了，中枢有绝对力量压制各方，自然就不怕某处出现权宦和割据势力了······