之前，在钱谦益的疏通下，阮大钺、杨维桓一派并没有准备借着【叛乱案】落井下石，然而朱由崧的态度摆明后，杨维桓心动了，于是便在没有说服阮大钺的情况下，单独以通政使的名义上奏朱由崧，称顾锡畴等人似有包庇【童妃案】及【叛乱案】参与者的嫌疑。
杨维桓的奏疏一上，被逼到墙脚的顾锡畴等人就没办法再拖延了，所以，参与会审的其他八卿一方面向朱由崧上疏请罪，另一方面立刻会商拿出了对相关受审人员的处罚建议。
“里居少詹事吴梅村，勒令自缢；户部左侍郎练国事、礼部右侍郎梁云构勒令幽居；光禄寺卿孙嘉绩、光禄寺少卿林友兰夺官罢职，永不叙用；翰林简讨屠象美罢职，户科都给事中熊汝霖、刑科给事中马嘉植、兵部员外郎贺文兰降等外出；礼部主事黄端伯、中书舍人王介福降等；陈洪绶、张履祥流放琼州，遇赦不归；冒襄等刑狱三年······”
看着九卿上报的拟定罪罚，朱由崧批示了一句“太轻了，不足为后来人戒”，便将相关报告退了回去。
看到朱由崧的批示，九卿无奈之下，只能根据朱由崧的意思加大责罚力度，于是吴梅村被安排了斩立决和抄没家产；练国事、梁云构被罢官夺职、抄没家产、禁锢三代，之前明廷给予练、梁两人的一切封、赠、诰命也全部被收回；而光禄寺卿孙嘉绩、光禄寺少卿林友兰以下7名官员则受到了秋后问斩并抄没家产的处罚；翰林简讨屠象美、户科都给事中熊汝霖、江西道巡按刘乔等11名官员受到流放、抄家的处分；刑科给事中马嘉植、兵部员外郎贺文兰、苏常道提学使蒋林麟等6名官员领受了罢官免职处分；礼部主事黄端伯等6名官员降三级任用；中书舍人王介福等4名官员降等外任；41名举人、秀才被剥夺功名、抄家、流放云贵；17名里居进士、举人、秀才被剥夺功名、抄家；7名士绅和商贾被处死、抄家；11名士绅和商贾抄家、流放；8名士绅抄家······
而姜曰广、郑三竣熊明遇等东林-复社集团的头面人物虽然没有遭到明面上的处分，但早已经致仕还乡的他们依旧被要求监视起居······
虽然九卿上报的罪罚决定还不能让朱由崧彻底满意，但朱由崧经过权衡后，还是批准了九卿的上报，但新的问题又来了，相关旨意传到了六科，刑科给事中们却以处罚过重为由，把朱由崧的旨意打了回票。
于是勃然大怒的朱由崧立刻清洗了刑科，刑科都给事中游有伦以下刑科给事中们全部转为原品外任，让朝野见识到了帝王之怒；新任刑科都给事中李章玉再也不敢顶撞朱由崧的意思，因此，上任后飞速的勒令刑科给事中们通过了司礼监根据九卿会审结果拟定的处罚诏令，至此，【童妃案】和【叛乱案】才尘埃落定。
“两个案子刚刚审定，高先生就来跟朕打秋风了？”
对于朱由崧的调侃，高弘图不为所动的回应道：“陛下，谁让国库已经饿死耗子了呢？臣也是无计可施，还请陛下以国事为重。”
朱由崧点点头，对左右吩咐道：“传俞义来。”
不一会司礼监随堂太监兼御用监监督太监俞义出现在了朱由崧和高弘图的面前。