台湾民主国总统唐景崧出逃后，刘永福被台湾抵抗力量推举为民主国临时总统。章军到达台湾后，刘永福就放弃了台湾民主国的旗号，他本来是大清国的总兵官，只是，他的黑旗军已经名存实亡，这个总兵官也是无兵可带，而台湾的地方行政，也需要有人来打理，尤其是章军的后勤补给，需要当地地方官来办理。所以，周宪章就以大清国总理衙门大臣的名义，任命刘永福为台湾巡抚，负责台湾民政。
本来，巡抚是朝廷三品大员，只有皇帝才有权任命这么大的官，周宪章擅自任命巡抚，是严重的僭越行为，不过，此时的周宪章也管不了那么多了。章军数万人要吃要喝，如果刘永福名不正言不顺，就无法号令地方民众。所以，周宪章先任命刘永福，再派人跨海去向朝廷请示，等于是先斩后奏。
刘永福是大清国的官吏，当然明白这其中的厉害关系，一个手握重兵的将军，擅自任命地方官，等于就是藩镇割据，这是犯了朝廷大忌。不过，刘永福毫不犹豫地接受了周宪章的任命。那个大清国朝廷，已经让刘永福伤透了心，在他心目中，台湾早就不是大清国的了！
现在，周宪章是台湾的一号人物，刘永福是二号人物。
台南大战来临，刘永福按照周宪章的命令，组织城内百姓疏散。周宪章要在台南城里与日军决战，整个台南将成为一个大战场。
“周军长放心，百姓已经全部出城，大多数去了阿里山，有三千多精壮自愿留在城里效命。”
“把他们编成补充团，留在城里，作为预备队。”
“是！”刘永福说道：“周军长，福建那边来人了。”
“哦？”周宪章说道：“人在哪里？”
“来人是闽浙总督端方的弟弟，名叫端明，现在安平港镇远舰上，蔡挺干司令陪着他。”
周宪章点点头：“很好！端明目标太大，不方便来台南，要是走漏了风声，朝廷会对端方不利。他怎么说？”
“端明说，马尾军港的事，闽浙总督端方深表歉意，那是太后老佛爷的懿旨，事出无奈，还请周军长谅解。”
周宪章笑道：“台湾是中国的领土，端方还是有些血性的，他不愿意眼睁睁看着日本人强占了台湾。”
刘永福点头：“这个端方，比张之洞那个老狐狸，要明理得多！我听说，他的祖上不是旗人，而是汉人。”
“是吗？怪不得！”周宪章问道：“马尾军港里的军需物资，现在怎么样了？”
“端方把储存在马尾军港的军需物资就地封存，毫厘未损，只是，日军封锁了海峡，端方手里没有水师，不能把物资运过海峡，而我们的海军，因为缺少燃煤，也无法出海护航，所以，物资运不过来。”
“这是实情，就算他手里有水师，他也不敢明目张胆地为我章军运送物资，毕竟，他的身家性命攥在太后老佛爷手里。我根本就没奢望他能把物资运过来，只要他把钱有贵的事办好了，我周宪章就感激不尽了。”
端方查封马尾军港的时候，曾经逮捕了留守在军港里的章军军需部长钱有贵。