到年底的时候，拿破仑已经牢牢地控制埃及人了，于是他到苏伊士地峡和西奈半岛旅行了一次，他要好好欣赏一下埃及的风光。这次旅行既有实际意义又有浪漫主义的色彩，这种行动对他一向是有吸引力的只可惜他的妻子现在不在这里，要不然的话就更好了。
在苏伊士，拿破仑为了重振贸易，降低了关税，成立了埃及商业公司的一个分公司，并欣然地接见了一个来自托尔地区的阿拉伯人代表团。
随后拿破仑拿破仑又兴起了开凿苏伊士运河的想法。在苏伊士的北面，召集了一大群了土木工程的专家。由于在土木工程方面的素养，他们很快就看出了埃及古代皇帝塞硕斯特里斯开凿的运河的遗迹。他下面的工程兵的勘察报告，也证实了他的推断。但重建的工程过于巨大，因此只得放弃任何开凿一条通海的运河的计划。拿破仑回到开罗以后，立即给马斯喀特的伊玛目写了一封信，重申他的友谊，并请他转致蒂普萨希布一函。函中提出了联盟的倡议并答应把印度从“英国的铁枷锁中”解救出来，函中还提到，一支不可战胜的法国大军”已经到达红海沿岸。
可惜的是这封信被一艘英国巡洋舰截获了，但法国的这些野心勃勃的企图，使英国非常恐慌。
随着时间的进行，拿破仑在埃及的统治，也变得愈发稳固起来。无数的埃及人民已经习惯了拿破仑这个统治者。一切都在往好的方向发展。
但可惜世界万物都没有十全十美的，大多数埃及人已经习惯了拿破仑的统治。但却仍有少数叛乱分子在埃及的周边作乱。
1798年10月末，在开罗周边一座名叫肯尼的小乡村内爆发了巨大的起义，他们人数众多，有将近两千余人，声势浩大，并且有往四周扩散的趋势。而这显然是拿破仑不允许的。于是他当即决定派兵，消灭叛乱。
开罗城首府内，这原本是穆拉德所在的宫殿。但此刻它的主人已经换成了拿破仑。宫殿内聚满了人，他们都是法军的将领。此刻因为肯尼村叛乱的事情而被拿破仑召集起来。
“诸位！想必你们也知道了，我今日把你们召集过来，究竟是因为什么事情？”拿破仑高坐宫殿中央低头望着身下一众法军将领，缓缓说道。
“报告将军，我们已经知道了。埃及人实在是他也不知道天高地厚了既然敢私自发动叛乱，不过还请将军放心。属下一星期之内就可以消灭他们。”听到了拿破仑的问话后，马尔蒙立刻站了出来说道。