风影留在木叶做客的消息很快传遍整个村子，其他国家的间谍也将情报传回自己的国家。
第二次忍界大战是由山椒鱼半藏发起的，一人对三大隐村木叶村，砂隐村，岩隐村宣战。
当前的忍界形势，木叶35年4月，铁之国大将三船被雨隐村山椒鱼半藏打败。
木叶35年9月，与砂隐村战平，雨隐与砂隐交战，战场上山椒鱼半藏所释放的毒全都被千代破解，还被千代发现了山椒鱼填补毒气需要五分钟的缺点，这让半藏感到十分头疼，因此，半藏称呼千代是“傀儡老太婆”，千代称呼半藏是“戴通气管的老头”，谁都奈何不了谁。
木叶35年12月，雨隐与木叶隐村交战，战场上半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令，木叶隐村的大量忍者倒下，最后战场上仅剩下自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。
这场战争结束后，许多忍者与居民流离于饿死的边缘，木叶隐村的两名上忍为了搜刮食物资源，进入长门的家中杀死了长门的父母，导致长门轮回眼力量暴走杀死了这两位木叶上忍。
之后长门与同样在这场战争中成为孤儿的弥彦和小南相遇，三人靠偷窃维持生存，后来他们遇到尚未回国的木叶三忍，自来也决定留在雨隐收三人为徒。
木叶36年8月，砂忍又对木叶宣战，旗木朔茂成为对战砂忍的总指挥，后来砂隐村千代制作的毒全都被木叶隐村的纲手破解，也让千代感到十分感到棘手，直到木叶38年11月，三代风影因为羽鹤这支小蝴蝶煽动翅膀，被宇智波十人众活捉，砂忍被木叶打败，战损五千名忍者，现在正是最虚弱的时候，已经无力对他国掀起战争，还要防备偷袭，所以提前出局。
原本这场战争，蝎的父母应该被旗木朔茂所杀的，可是羽鹤带来的蝴蝶效应却让蝎的父母免于生死大劫，纲手的恋人加藤断也丧命于此场战役，发现尸体时内脏被掏空。给纲手的心灵留下了极大的创伤，这也导致了后来纲手患上了恐血症。
木叶37年，雨隐村的山椒鱼半藏带领雨忍还在顽强的和岩隐村交战。
同年，木叶隐村部队被雨隐半藏逼到仅剩三忍的绝境，其余在场的木叶隐村忍者全部阵亡，木叶三忍与半藏一战，拿他也没有办法，双方僵持不下，大蛇丸驻守北面防线，遭到岩隐偷袭，岩隐村也向木叶隐村宣战。
木叶37年4月，水之国雾隐村三代水影派出一支五百人的队伍入侵火之国，木叶忍者和雾隐村忍者小打小闹，没有让战争升级到大战。
雷之国云隐村，在木叶34年，第二次忍界大战爆发前期，云隐忍者制造了忍者学校的爆炸惨案，加藤断的妹妹就死在这次爆炸中，混乱中云隐派人偷偷掳走漩涡玖辛奈，目的是让漩涡玖辛奈成为八尾的容器，好在木叶忍者及时发现，波风水门救回了漩涡玖辛奈，月光下两人定情。
因为尾兽八尾牛鬼暴走，给村子造成大破坏，最终被三代雷影艾压制，云隐村也没有参与战争，是战力保存最完整的国家，为后来第三次忍界大战打下基础。