淡军的推进速度相当快，造成的后果就是兵败如山倒，溃退的柔佛守军来不及组织抵抗，家室在巴鲁的，就跑回家去了，而家不在巴鲁的，都沿着巴鲁往都城的大道跑了。
这次担任主攻的仍然是第一营，把柔佛守军赶出去之后，淡军分出一个排占领炮台制高点，剩下的部队分别占领码头仓库和港口防御要点，留出一个连做预备队，采取防守阵型，保证后续的主力部队登陆。
枪炮声慢慢平息，来不及逃跑的巴鲁贵人和官吏都躲在家中，战战兢兢的过了一天。
第二天，巴鲁港迎来了浩浩荡荡的第二梯队，大量的船只装载第二营和部分辎重进入码头，郑芝豹亲自前来做善后工作。
首先郑芝豹让人去邀请躲藏起来的巴鲁各级官吏，向他们表示淡马锡方面无意占领巴鲁，只是为了解救素丹政权，打击以阿布都惹王子为首的叛乱分子，等枚平叛乱，就会把权力移交给正统的素丹国主云云，让各级官吏放心，并保证他们的利益和财产能够得到保护，唯一的要求就是他们要出面谴责阿布都惹集团叛乱分子。
郑芝豹的善后工作做得非常到位，短短两天，巴鲁的秩序就恢复正常了。
后续的部队和物资源源不断的来到巴鲁港，淡马锡的内河船只也开始进入特布拉河巡逻，新登陆的第二营则沿着往都城的大道前出，小股的侦察部队四散开来侦察敌情。
巴鲁港失守的消息随着败兵返回都城，已经传得纷纷扬扬，整个都城陷入混乱之中，柔佛王宫中的阿布都惹王子也被突如其来的噩耗搞得进退失据。
通过对逃回来的禁卫军官兵的讯问，阿布都惹现在还以为是炮台的原守备官兵不满禁卫军接管，从而发动叛乱，勾结淡马锡军队偷袭巴鲁港，造成巴鲁港的失守，不过巴鲁港实在太重要了，一则，都城需要的大部分物资都是从全国各地通过柔佛海峡运到巴鲁港，然后再利用特布拉河转运到王都。
现在巴鲁失守，意味着最便捷的物资来源渠道被切断，柔佛也是一个两洋国家，西面的国土面临马六甲海峡，属印度洋，东面的国土面临暹罗湾，属太平洋，因为地处热带雨林地区，陆地交通非常不发达，全靠柔佛海峡沟通两边国土，这也是柔佛对淡马锡的存在如鲠在喉的外在原因。
现如今巴鲁港方向断绝，虽然通过陆路还能获得少量的物资，但是王都的人数聚集，达官贵人多如牛毛，一旦进入物资匮乏的境地，阿布都惹的统治将危如累卵。
本来，这次发动的政变非常成功，在对淡马锡的海峡维和方案上，因为素丹表现出来的暧昧，让朝中的主战派非常失望，这些掌握部分军队的官员拥立阿布都惹，猝然发动政变，夺取素丹王宫，很顺利的软禁了素丹和王储殿下，快速的夺取了权力。
阿布都惹夺取王都控制权以后，马上就宣布王都实行军管，并且快速往周边扩张，以图控制更大的国土范围，巴鲁港更是重中之重，禁卫军很早就控制了港口和炮台。
这肯定触犯了一些人的利益，由此造成巴鲁港原有守军叛乱，引导淡马锡军队入侵，而在阿布都惹的御前议事会议上，自己的心腹军官明显分为两派，已经吵吵嚷嚷起来。
一派是强硬主战派，认为现在军情紧急，应该趁着淡马锡军队立足未稳，马上组织优势兵力，夺回巴鲁港，目前王都周围能征召起一万五千人的军队，这个人数是很可观的，据各方面的情报，淡马锡军队加一起也就是三千多人，一人一口唾沫也把他们淹死了。
另一派是理性主战派，认为现在夺回巴鲁港已经不现实，王都现存的物资并不多，动员一万五千以上的兵力，可能导致物资消耗巨大，而且巴鲁港已经被占领，也意味着那里留存的大量物资和船只已经落入敌手，就算夺回巴鲁港，对方只要把缴获物付之一炬，己方就得不偿失。
还不如把军队和人员疏散到其他地方，一则控制国内各要点，征集物资做好长期抗战准备，二则降低王都的消耗，以拖待变，估计葡萄牙人和荷兰人不会袖手旁观，任由淡马锡胡来。
一派指责对方是逃跑主义，贪生怕死，另一派指责对方是冒险主义，要置殿下于险地，两派你来我往，让阿布都惹颇为头疼。
求和是不可能的，一旦求和，自己这边人心尽散，对立派的反攻倒算会接踵而至，好不容易打下的有利局面就会付之东流，只能打下去了。