北洋政|府于3月19日接到了督军们的联名电报，这通电报以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们，他们要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，国安危，同人离合，均系我公一身。”
冯国璋接到这个电报，简直像接到哀的美敦书一样，没奈何只好再请段祺瑞“勉应众命，以北洋团体为重”，接受组阁大命。
要是这样就放过他，段祺瑞也不配称为民国政坛的不倒翁，他很光棍地仍表示“无意于此”。
形势已经恶化了，冯国璋指天誓日地表示愿与段同生死，共患难。并且自动承认五个条件：参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云----靳是段的四大金刚之一；国务院决议，总统保证不擅改一字；阁员由总理选择，不必征求总统同意；公府秘书长由总理推荐；中|央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
这五项条件一摆，老冯基本上是自己把自己放到傀儡的高位了。他之所以如此，一方面是暂避锋芒；另一方面，他又趁着段祺瑞忙于组阁及善后的空隙，迅速整合直系在各省的力量，以备反扑。
这次，段祺瑞是权掌握了北京中|央政权。3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。
24日派张志潭为国务院秘书长。
25日参陆办公处迁回国务院。
27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。
28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。
29日令陆征祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。这些均是皖系的重要人物。从这一刻起，皖系完控制了北洋中|央政|府。
作为对拥戴人员的激励，北洋政|府4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章；授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章；授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。
段祺瑞第三度复任总理，冯国璋是完低头了，就是主和的实力分子直系的长江三督也不敢唱反调。这时政局中的大红人是徐树铮，李纯也竭力拉拢徐，江西督军陈光远公开表示接受第三期作战计划。到此时期，直系已完屈服于皖系。
当此之际，段祺瑞在汉口的军事会议中说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的决定，然后提出第四期作战计划，发交有关各省按照计划执行。关于总统问题，段祺瑞主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举，这就是由皖系亲信徐树铮策划的后来著名的安福国会。
段祺瑞三度组阁前，一切有利的情势都倾向于他，可是等他上台后，情况就两样了：皖系和主战派的军阀拥护他是自有打算的，希望因为作战而能分到日本的借款和军火，同时因为作战而各自可以截留国税，买马招兵。
而奉军入关时即“顺道”劫夺了一批军火后并不满足，段上台不久，第二批从日本运来的枪械30000支又在塘沽被奉军劫收！段祺瑞政|府和日本的勾结，并没有得到什么好处，因为军火的供应只便宜了奉军，两次日本军火都被奉军劫取。借款虽多，却是远水不能救近火。