曹操才担任了丞相，就面临了另外一个件事情，那就是西凉又出了乱子。
曹操虽然已经拿下了司隶校尉部，但是对于凉州却没有多少掌控力度，全部都是靠着张既等人的外交进行交涉才能保全长安等地。但是凉州等地一直都在韩遂、马腾等人在控制，张既然后靠着汉室的名头，一直都在和两人周旋。
但是韩遂、马腾之间一直都有争斗，早在十多年前两人就发生过冲突，那时候还未成年的马超差点被韩遂的女婿阎行给杀死。这些年两人之间的争斗一直都没有断，韩遂杀死了马腾的妻子，这个仇太大了。两个人打了很多年，可以说打得不可开交！
曹操不想凉州动乱，要知道韩遂和马腾都是名义上的汉臣，都送了儿子在许都当人质。而且两人的官职都很高，马腾是征南将军，韩遂是征西将军，都是曹操表的。而且这两人之前一直都是曹操的打手，他们帮助曹操打败过郭援、南匈奴，还打败过高干、卫固。可以说曹操一直在用这两人的兵马稳定关中，他当然不允许两人争斗起来了。
于是曹操就派钟繇和韦端去劝和，以马腾为前将军，改屯槐里，假节，封槐里侯。这里面就有点问题了，一般人的印象当中好像是征镇安平要低，但是在汉末的时候不是这样的，四方将军比四征将军要高一个等级。
张既上门去劝说马腾放弃军队，去许昌为官。迫于形势，马腾同意了。他到了邺城之后，曹操就表他卫尉，封马超为偏将军，代替马腾统领军队。曹操以为这样就可以完全掌控马腾的军队了，但是他完全没有想到正是因为这样，才造成了凉州最大的变故，给以后的战争埋下了伏笔。
马腾入朝之后，曹操以为凉州无事了，他任命钟繇为司隶校尉，统领整个司隶校尉部。并且任命韦端为凉州刺史，他要逐步掌握凉州，将凉州变成自己的地盘，而不是现在这样听宣不听调。
外部的事情解决的差不多了，曹操就开始清理内部。朝堂上和曹操作对的人很多，但是最强烈的就是孔融。孔融是天下名士，并且为人刚正，看到什么看不惯的人，就会直接了当的怼过去。之前曹操攻下邺城，屠杀了不少人，并且掠夺了很多袁氏的女人，就被孔融讽刺过。
这一次曹操远征乌桓，孔融再一次讽刺。并且他还一直对曹操说不要禁酒，言词当中非常的傲慢。他还上表说按照古京师的制度，千里以内不得封建诸侯，那就是说让所有被封侯的人都不要留在京师，其中就包扣曹操以及曹操手下的那些重要手下。
曹操怕孔融越来越放肆，就想要除掉他。山阳人郗虑察觉了曹操的心思，而且他和孔融还有私怨，于是便构织罪名，令令丞相军谋祭酒路粹表奏，构陷孔融为“招合徒众”、“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，将孔融陷害死了。
内忧外患都铲除了，曹操这才放心的准备军备，准备进行南征。