兵部，主管将官调动，设郎官一名，侍郎一名，属官十余人。兵部郎为李靖，侍郎为朱武。归内务省管辖。
礼部，主管礼仪教化，设郎官一名，侍郎一名，属官二十余人。礼部郎为司马徽，侍郎为王朗。归内务省管辖。
刑部，主管审理刑罚，设郎官一名，侍郎一名，属官十余人。刑部郎为步骘，侍郎为潘濬，归监察省管辖。
御史部，主管检举揭发，设郎官一名，侍郎一名，属官十余人。御史郎为华歆、侍郎为是仪，归监察省管辖。
税务部，主管征收税务，设郎官一名，侍郎一名，属官二十余人。税务郎为糜竺，侍郎为诸葛亮，归尚书省管辖。
运筹部，主管国家发展，设郎官一名，侍郎一名，属官数人。运筹郎为王守仁，侍郎为葛洪，归内务省管辖。
外交部，主管外交。设郎官一名，侍郎一名，属官数人。外交郎为孙乾，侍郎为唐俭。归内务省管理。
他设置了六个军区，寿春军区，以苏烈为大将，主要辖寿春、汝南一带的兵力。
徐州军区，以汤和为大将，主要管辖广陵一带。
南阳军区，以吕蒙为指挥官，主要管辖荆襄一带。
关中军区，以薛仁贵为指挥官，主要管辖关中凉州一带。
交趾军区，以傅友德为指挥官，主要管辖交州南中一带。
六个军区都在前线，在后方的都有各地的镇守，给各地郡尉指挥，每个郡都有两千到三千的士卒。
张毅重新划分了一些州郡的区域，从扬州分出福州，福州下辖豫章、会稽、庐陵郡、夷洲郡，又从会稽分出了临海郡，治所在东冶。以顾雍为扬州刺史，以全柔为福州刺史。
从荆州分出荆南四郡为湘州，以虞翻为荆州刺史，为吕岱为湘州刺史。
从交州分出南海郡、苍梧郡、合浦郡、朱崖郡为广州，以朱治为广州刺史，交州刺史为吕范。
从益州分越嶲郡、犍为属国、牂牁郡、益州郡、永昌郡为云州，更益州郡为建宁郡，顾徽了益州刺史，孟知祥为云州刺史。
分关中为雍州，以蒯越为雍州刺史，以李善长为凉州刺史。
张毅以213年为中华纪年，以后不再有年号，并且启用新历法，以一年为360天计算，六年有一闰月。新历法只是暂时的，他又纠集了一大群数学家、天文学家，进行更加精密的历法推算。虽然张毅知道一年有365天多，所以根本不满意现在的历法。