林呈祥的第二十军暂时驻扎在日喀则，而沐启元的第十九军，来到乌斯藏东北高原的阿里地区。
奉丹迥旺波之命镇守阿里地区的第二军，直接就投降了，丹迥旺波已死，前后藏都落入明军之手，区区三千人的军队，就是不投降，又能抵抗多久？
沐启元兵不血刃就占领阿里地区，这一次，心情大好的他，并没有屠杀藏民，对于主动投降的敌人，他实在没有屠杀的理由，况且人家还献上城中所有的金银和珠宝。
但战争还没有结束，在乌斯藏的最西部，有一个叫古格王朝的地方，沐启元遇上一个不开眼的倔子。
古格王朝的历史，可以追溯到公元九世纪，大唐会昌二年（公元842年），和大唐一直在西南对峙的吐蕃，最后一代赞普朗达玛，因为国内矛盾激化被殺，其两个王妃在王族和外族的支持下，各为其子争夺王位，使王室一分为二，互不统属。
到朗达玛的孙子一代，因爆发平民和奴隶起义，两王室都遭到沉重的打击，朗达玛次子奥松之子贝考赞被诛于娘若香堡（也就是后来的江孜），朗达玛的重孙吉德尼玛贡战败后逃亡阿里，娶了阿里地方势力布让土王扎西赞的女儿，并生了三个儿子。
吉德尼玛贡继承了阿里一带的地方政权，他在晚年的时候，将领域分封给三个儿子。
长子贝吉贡占据芒域（今印度克什米尔地区的列城），后来发展成拉达克王朝；次子扎西贡占据布让（今西藏普兰县），建立布让王朝，也称为普兰王朝，后被并入古格王朝；幼子德祖贡占据扎不让（今西藏扎达县），发展成古格王朝。
拉达克王朝、布让王朝、古格王朝被称为“阿里三围”。
公元十一、十二世纪，阿里三围的所有的古籍记载是一片空白，公元十三世纪，阿里三围随乌斯藏一起归属蒙元，“阿里三围”被称为“纳里素古鲁孙”，蒙元在这里设立纳里素古鲁孙宣慰使，而“阿里三围”的三个区域被封为阿里三万户。
大明立国后，继承了蒙元的旧制，为了加强阿里地区的防务，于洪武八年（公元1375年）设置“俄力思军民元帅府”，并任命当地的首领塑思公失监为元帅府元帅，管辖阿里三围，“俄力思”就是“阿里三围”的译音。
拉达克王朝、布让王朝、古格王朝虽然同源，但相互之间战争不断，后来，古格王朝吞并了布让王朝，拉达克的国王贝吉贡对自己的三弟德祖贡吞并二弟扎西贡的国家非常反感，曾起兵攻打古格王朝，公元十一、十二世纪阿里三围在古籍中消失，也许就与这件事有关，有人要消灭这段不光彩的历史。
布让王朝被古格王朝吞并后，古格王朝的统治区被称为上阿里，拉达克王朝的统治区被称为下阿里，但古格王朝与拉达克王朝之间的战争依然不断。
他们相互间不息的战争，让大量的青壮年劳动力不能从事生产，不能开挖金矿，百姓缺衣少食，国家也贫困不堪。
大明万历四十年（公元1613年），古格王朝的最后一任国王是赤扎西扎巴德，他的王后在生下一个儿子后，就完全失去理智，变得痴痴呆呆，经过两年的全力医治，依然不见好转，扎西扎巴德决定迎娶一位新的王后，为了化解与拉达克王朝之间的矛盾，他决定迎娶拉达克国王加木样南杰的女儿诺增旺姆为王后。
婚约经过中间人订好后，新娘诺增旺姆从拉达克王朝的都城芒域（今克什米尔地区的列城）动身，前往古格王朝的都城扎不让，但在距离扎不让还有两天的路程时，赤扎西扎巴德阻止了她的前行，并命她返回拉达克。
拉达克国王加木样南杰立即对古格王朝宣战，这场战争断断续续打了十五年。
对于谁违背婚约，双方各执一词，但从拉达克国王加木样南杰恼羞成怒、立即宣战的事实来看，应该是赤扎西扎巴德毁约，否则，“倒打一耙”的招数，除了汉人，这些极度落后、全民信教的拉达克王朝应该不会使用，况且，当时两国之间的战争，拉达克王朝还是胜少负多。
这一场不死不休的战争，最后以古格王朝的灭国而结束。
但是，古格王朝的灭亡，还与国内的内乱有关。
内乱的原因，是古格王朝内藏传佛教盛行，大量的青年进入寺庙修佛，这些修佛的青年男子，不耕田地，不服兵役，也不结婚生子，而寺庙又占据国内的大量良田且不纳赋税。
古格王朝对内发展生产，对外与邻国打仗，都需要人力、财力，随着藏传佛教势力的扩大，国王与佛教首领之间的矛盾日益尖锐。
为了维护王权，赤扎西扎巴德对藏传佛教进行了严厉的打击，他拆毁许多寺庙，没收寺庙的田产，强迫寺中的僧人还俗。
僧人们也不坐以待毙，以赤扎西扎巴德的弟弟为首的大喇嘛，利用自己的影响，四处秘密联络，他们利用古格王朝百姓厌恶与邻国进行长期战争的情绪，广泛发动百姓，同时还串联了地方官员和军队中的军官，伺机起来进行反对国王的斗争。
大明崇祯三年（公元1630年），喇嘛们趁赤扎西扎巴德患病的机会，发动大规模武装暴动，并且邀请拉达克王朝出兵。
拉达克新任国王森格南杰接到讯息后欣喜若狂，亲自率兵迅速赶到扎不让，在喇嘛们的接应下，包围了古格王宫。