朱由检首先考虑的是王徵，王徵在应用科学上成就，甚至还超过徐光启，大明现在生产的自行车，就是由王徵设计的，按照他在科学院的名声，是新的院长不二人选。
但朱由检随后想到，既然王徵是一位研究性人才，还是让他安心从事研究工作吧，不要让繁重的管理工作占据他大量的时间。
最后朱由检决定，让宋应星担任大明科学院新的院长。
隔天下午，朱由检带着张彝宪，在付小剑等十名侍卫的保护下，来到徐光启的家中。
灵堂设立在正堂，前来拜祭徐光启的客人很多，但朱由检从他们的衣着看出，主要是科学院的学员，富商大户和朝中的官员并不多。
在后世的历史上，徐光启曾经担任过礼部尚书、太子太保、文渊阁大学士，因为“朱由检”来到大明，徐光启的最高官职，只是天启年间担任过礼部右侍郎，组建了大明科学院后，徐光启担任了院长，长期离开朝廷，逐渐淡出了高官们的视线，三院十部大都是派个低级官员吊唁一番。
徐光启的独子徐骥跪在灵柩右侧，向祭拜父亲的客人一一还礼。
“陛下到……”张彝宪的高亢而绵长的喝声，将徐骥吓了一跳，但他要给客人还礼，又不敢起身，只得望着身着微服的朱由检发呆。
还是灵堂的管事最先醒悟过来，“快跪下，恭迎陛下。”
“哗啦”一声，灵堂里跪下一大片，不管是亲属，还是来祭拜徐光启的客人，都在灵堂这狭小的空间里跪下了，显得乱糟糟的，那些与朱由检迎面而过的人，也在灵堂外叩拜起朱由检。
“都免礼平身吧！今天是祭拜徐院长的日子，大家不用对朕多礼。”朱由检不想抢了徐光启的风头。
管事对众人拱拱手，“陛下在此，大家先外出回避一下吧，徐家感谢大家的盛情。”
“管事不用如此，徐院长是大明的科学泰斗，今日一去，乃是大明无法估量的损失，大家前来祭拜一番，也是应该的。”朱由检脸色肃穆，在付小剑等一众侍卫的保护下，进入了灵堂。
人群自动出了灵堂，给朱由检让位。
管事点燃三只檀香，张彝宪接过来，双手捧给朱由检。
朱由检接过檀香，先是对着徐光启的灵位拜了三拜，张彝宪接过檀香，插进香炉，付小剑正要簇拥着朱由检离开灵堂，朱由检却是一撩长袍，突然下跪，恭恭敬敬地在徐光启的灵位前叩了三叩。
“陛下……”付小剑惊呆了，愣在当场，手脚似乎石化，如果这时候有歹人行刺朱由检，他都不会有反应。
“陛下……”张彝宪扶起朱由检，又从怀中掏出汗巾，轻轻擦拭着朱由检额头上并不存在的灰尘。
“陛下……”徐骥大哭，但他又不能起身，只得拼命将脑袋叩在地上，向朱由检还礼，他自知身份地下，唯有不断叩首……
“徐院长为大明科学的发展，呕心劣血，连最后一份光和热，都献给了大明科学院，朕祭拜一番，也不为过，徐公子毋须如此。”朱由检的话，铿锵有力，然后向徐骥拱手一礼，出了灵堂。
王徵、宋应星等人正在灵堂外侧，他们都是浑身一颤，霎时间热血沸腾起来……
“陛下……”刚才来到灵堂外的家人宾客，再次拜倒在朱由检脚下。
“免礼，快快起身。”
朱由检跪拜徐光启灵位的事，立即在京师传播开来，无论是高官商贾，还是缙绅百姓，无不议论轮纷纷，一时之间，赞同者有之，但更多的是反对的声音：一个科学院院长，值得皇帝一跪吗？
见仁见智，但百姓在茶余饭后，多了一份讨论的话题。
在这当口，《明报》更是推波助澜，率先将这份讯息传到京师之外，为了增加报纸到销售量，第四版的《杂谈》还就这件事情广泛调研，看看“跪拜已故科学家”一事的支持率。
从《明报》前几期的反馈来看，支持朱由检的不足三成，大部分读者持反对意见，反对的理由主要又两条：大明有许多比徐光启重要得多的重臣；自有历史记事以来，从未有皇帝给大臣下跪一说。
当婉儿将这样的结果送过来的时候，朱由检微微一笑，他不是作秀，他是要让全天下的人明白：从皇上开始，大明要重视科学了。
随后，《明报》发表了一篇署名“玉婉心”的文章《大明与科学》，文章列举了近年来科学给大明积极变化：大明军队北伐南征养胃南洋，都是在燧发枪与开花弹研制成功之后才实现的；水泥大道让百姓的出行和物资的调配更加方便；自行车的发明，让百姓出行更加快捷；玻璃的发明，既能让房子更加明亮，又能遮风挡雨……