但鼠疫的出现，硬生生将这一历史进程打断了，不但黄台吉、莽古尔泰、多尔衮、阿济格身亡，就是很多后来在征服中原的过程中，“大放异彩”的贝勒贝子，诸如硕托、阿巴泰、达海、石廷柱等等，也都在这场瘟疫中染病后死去。
再加上李定国带着阿敏和海东青等人，在后金腹地大肆破坏，等代善和多铎带着为数不多、虎口余生的建州女真回到盛京时，迎接他们的是满目疮痍，不得不龟缩到辽阳左近。
经此一役，后金从一个充满勃勃生机，能同大明掰腕子的地方强权，退化成了一个奄奄一息，随时能被风吹灭的孱弱部族。
大凌河城中的明军，情况也好不到哪里去，战前连士兵带民夫，一共三万多人，战后仅剩不到八千的人马，其余人等，全部病死，而且因为城内狭窄，地方不够，无法安葬，成堆成堆的尸体就这么放着，直到发臭发烂。
不过好在最终保住了大凌河，而且整个战役与原本的历史相比，耗时不长，支援的大军尚未抵达就结束了，往驰大凌河只有吴襄去过两次，都是偏军，虽然败了，但损失不大，算是给大明保留了一丝元气。
“咯吱吱”令人牙酸的尖叫声缓缓响起，时隔一个月之后，久未启动的大凌河城门，终于打开了。
在确定建奴已然撤离之后，祖大寿下令打开城门，按事先交待好的，派出数骑，前往锦州送信。
除了送信，更重要的，是将城内死尸清理出去，同城外一地狼藉的死尸一起安葬，否则的话，不但疫病还会继续恶化，就是这扑鼻的恶臭也让人受不了。
还有城外的工事-土墙和壕沟，也要一一填平，不能就这么任其放着。
大明崇祯四年九月中旬，蓟辽总督孙承宗的一道加急奏折送到京师，其内容让朝廷上下都松了一口气。
因瘟疫横行，建奴损失惨重，自行退兵，大凌河城中的将士同样死了不少，为免瘟疫继续扩散，孙承宗令祖大寿率军继续留守大凌河，其后该如何处置，这个问题，总督大人抛给了朝廷。
其后明廷为此事争论了很长时间，有建议继续增兵大凌河，扩建武备，以御强敌的，也有就此认为建奴已衰，应该宜将剩勇追穷寇，派兵直捣黄龙的。
就在双方互不服气，争执不下的时候，一个新的声音出现了。
这个新的声音最早是从一个小小言官的折子上开始的。
这个言官姓甚名谁不重要，有没有受人指使则不太好说，总之他在奏折中说自己读过医书，又与太医院同僚交好，推断此次辽东大疫乃是由于季节变换，疫气横生而成。
此疫气最为可怕之处，在于能沾染人的口鼻后，相互传播，是以为祸甚烈，大凌河的惨状是其最佳佐证，另外，他还列举了两年前发生在陕、晋之交，逃难民众同样感染此疫病后，死伤枕籍的例子，内容颇为翔实，让人不得不服。