之后便是门下省，主持官员称为侍中，这个实际上是和北朝那边一样的，只不过在北朝门下省起到的是中书省的作用。而侍中和门下省实际上就是皇帝的高级智囊团，在李荩忱的规划中，门下省不但有责任审核奏章、提出建议，还要作为参谋负责制定国家政策和军事政策，实际上相当于后世的总参。
再之后便是尚书省，尚书省的主持官员则是都官尚书，主要就是统筹下面六部，负责上交消息和下发命令，同时作为六部之上的直接领导，有权利和责任主持六部事宜。
而尚书省之下便是六部，分为礼部、刑部、户部、工部、吏部和商部。
和历史上的六部不同，李荩忱将兵部摘了出去，补充了商部。这主要是因为考虑到历史上到了宋代，兵部实际上已经名存实亡，取而代之的是枢密院。而且既然李荩忱要给文官和武将划分界限，再把兵部放在文官六部之中自然就有些不切实际。
而六部之中，礼部不仅掌管礼仪礼乐，也掌管礼仪教化，换句话说，已经建设的成都学院和正在筹备的岳麓书院、金陵学院和太学等等，都在礼部的管辖之下。
刑部则掌管法律的制定和判决，李荩忱坚持认为法律的重要性要和道德礼仪放在相同高度上，对此顾野王等人也只能同意。
户部和工部自然不用说，一个掌管人口和经济，一个掌管工业和工程建设。而吏部主要则是掌管人才选拔和官员任命，和历史上也相差无几。关键是这个商部，虽然大家都知道李荩忱还是很重视商旅的，并且在李荩忱团体中扮演着重要角色的峡江唐氏等巴蜀世家实际上都是商贾出身，但是还是惹来了争议。
不过谁都不能否定商贾在李荩忱的鼓励下正在崛起的事实，所以这个商部也算是勉强被认可了。
三省六部，这便是朝廷上文官系统的组成。而在地方上，则是分为州——府——县三等级，每个等级的州刺史、府太守和县令由文官担任，这和之前是一样的。
但是这只是文官体系，朝廷上还会单独设立武官系统。和之前一样，武将的事务在朝廷上的主持者便是太尉府，但是原来的南陈司空府只是负责战报的来往传递，但是现在李荩忱赋予了太尉府新的权力，所有的战争规划、兵力的调遣以及后勤保障等等，太尉府都是除了皇帝之外的最高负责者，实际上有些类似于后世的枢密院和初期的军机处，只不过地位肯定要比重文轻武的宋代要高上很多。
太尉府之下便是两重号将军、四征将军等等，这些官职由汉代的战时授予完全改变为任何时候都授予，各将军受命于皇帝、承接命令于太尉府，持节驻守各地，但是实际上他们只是在所防守的地方有军队的训练权，真正的征战权力需要经过朝廷和太尉府的批准。
而具体的军中安排，李荩忱也打算要大刀阔斧的进行改革的，这主要也是因为南朝三百年以来，军队制度几乎没有什么改变，导致军中也出现了很多混乱，更何况李荩忱一步步走到今天，他麾下的这些兵马并不完全是招募来的，还有很多是降将和降兵，因此这就导致了不同的将领麾下兵马数量甚至都有很大的差异。
这种情况在南北朝时期非常常见，但是李荩忱很清楚，这样只会进一步导致将领拥兵自重，他必须要给整个军队制定一个标准化的规矩，将军队进行整编和统一管理，尤其是在思想上的统一管理。