除此之外，又有专门的辟室用以陈列阵亡将士遗留下来的衣甲、兵械等物品，予后人瞻仰。
牌位依照拥有者生前的官位、阶级有所划分，也有一人一个或多数人共用一个牌位的情况。
阵亡兵士的牌位被纳入忠烈祠时，一般都有专门的衙门有司则举行墨有成规的“入祀”仪式。
为防有所疏漏，工部尚书冯铨曾经在奏疏中建议增设一个只有五人办公的小衙门，用于处理百姓报知的未曾入祠的英烈，当时崇祯皇帝没有做多考虑便是欣然采纳。
事实证明，这个五人小衙门还是很有用处的，办公地点就在如今忠烈祠以东几十步的地方，主要是负责统计收集各种疏漏数据。
至于事件的处理和查访，一般都是等他们将这些事统计归纳以后，由工部以及有司再做审理。
崇祯皇帝携周皇后之手上前几步，默祝拈香，一帝一后虽不下拜，那一番恭敬，在常人眼中却也显得至诚。
崇祯皇帝与周皇后携众后妃拈香之时，王承恩、方正化侍立一旁，仰观牌位与前殿布置，只见铜像面貌如生，不觉心中震撼，默念长平候与冠军侯必要护佑大明来年风调雨顺、国泰民安，万万不能让那流贼把江山夺了去。
其余各妃拈香完毕，抬眼看见满堂的大明英烈，纷纷滴下泪来，又不敢哭，连忙边走边拭。
崇祯皇帝、周皇后与众妃已入正殿去看有特殊功绩的阵亡将士，群臣们虽然心中不情不愿，却也是纷纷上前拈香祭拜，草草了事跟着进了正殿。
岂不料，他们刚刚进殿，却见到崇祯皇帝站在正中，言辞道：
“众卿，可见这正殿有何不同？”
闻言，群臣先是各自对视一眼，又向周围环视一圈，议论半晌，却是一齐摇头闷声说道：
“臣等不知。”
“好，你们不知道，那就由朕来说！”崇祯皇帝冷冷一笑，眼角示意一番，王承恩何其精明，得到天子授意，立即挥手喊道：“小的们，拿下！”
群臣面色惶恐，不知崇祯皇帝这是又搞起哪一出。
正在此时，周围侍立一圈的锦衣卫上前，将包括御史罗元宾在内的三明大臣缉拿出来，不由分说便狠命一踹，迫使他们跪在崇祯皇帝眼前。
“圣上，臣等无罪！”
“住口！休要狡辩！”崇祯皇帝怒吼道：“今日之大明，乃是这满堂的忠烈用血与肉换来的，你等身为朝廷重臣，外结建奴，内应复社，却将将士、百姓的努力与期盼视作何处？”
“这陛下三思，臣没有勾结建奴啊！”罗元宾等人心下大惊，纷纷叩头祈求道。
早已下定杀心的崇祯皇帝根本不听这些东林党的狡辩之词，直接摆手喝道：
“推出去，就在忠烈祠外将此三贼斩首示众！”
言罢，崇祯皇帝对群臣以及周围众人说道：
“复社逆贼编撰邪书，辱没皇家声誉，此罪已经当诛！如今，这些贼子居然还敢勾结建奴，图谋造反，天理难容！”
“为了得来不易的安定局面，为了捍卫将士们用生命换来的胜利，朕决意派东厂掌刑千户李有成与神武军都督周经武前往南京，专事缉拿复社逆贼，绝不姑息！”