最后念旧情的孔有德和李九成一干叛将打开城门释放了孙元化以及登莱官员宋光兰、王徵、张焘等等。
三月底孙元化等人被押解进京后投入镇抚司昭狱问罪。
其实按照孙元化的过失和山东造成的损失、死亡的人数，杀孙元化一百次都是罪有应得。
可是大明该死的官员何其多也，也不差孙元化一个，崇祯皇帝连杀人如麻挖了老朱家祖坟的张献忠都能够招安，为什么不能给徐光启老脸饶了孙元化的小命？
历史上的记载强调孙元化是死于迫害、是党争的牺牲品，这纯粹是屁话，单单由于登莱叛乱导致建奴得到了许多红夷大炮、西夷教官和几百经过葡萄牙人训练的炮手就足以杀孙元化的头。
再看看东林党认为的几个迫害孙元化的主要政敌余应桂、李梦辰、路振飞，他们经过历史验证哪一个不是铁骨铮铮一直跟流寇、建奴战斗到死？
恰恰相反，大多数东林党员先降流寇再降建奴，然后用他们的笔歪曲历史事实，可惜难以自圆其说！
现在的历史如故，孙元化被关进昭狱吃了不少苦，徐光启和周延儒多次请求皇帝留孙元化一命无果，眼看着孙元化就要被明正典刑。
孙元化的几个儿子都已经成年，他们走投无路，只能求告徐光启救父亲，孙元化能够走上封疆大吏的高位其实跟徐光启不无关系。
他乃是徐光启的同乡、东林党的同志外加基督教教友，还是师徒关系，因此他这个天启年的举人居然跑赢了超过九成名列三甲的进士当上了登莱巡抚成为了位高权重的封疆大吏。
总而言之科学家不适合做官，徐光启做学问很行，做官其实很不行，如果他不抬举不具备政治才能的孙元化，也就有可能避免登莱叛乱，也就不会送了爱徒的性命。
所以用人不当乃是害人不浅！前有崇祯重用袁崇焕害人害己，后有徐光启抬举爱徒导致白送了一支火炮军队给了建奴。
徐光启联络首辅周延儒，联络东林党求情给皇帝施加压力都无果而终。
眼看着孙元化就要挨刀，他此时想到了关门弟子黄汉，派出心腹家人徐来福陪着孙家两位公子来抚宁卫请黄汉拿个主意。
黄汉一回家就见到了急不可耐的孙和鼎、孙和斗，这二人其实年纪都比黄汉大，老大孙和鼎大了黄汉足十岁。
但是黄汉不仅仅官位高，辈分也高，为了拉近距离，二人跪下磕头，口中称呼黄汉师叔。
孙元化一定是要救的，不仅仅因为他是不可多得的火炮专家，还因为他是徐光启的弟子，自己的师兄。
在封建王朝有个特性，一荣俱荣一损俱损，孙元化跟自己有师兄弟关系，他被皇帝宰了那是赤裸裸打了黄汉的脸。
混朝廷没有了面子就会少了权威，岂不是会被别人肆意欺负？
黄汉立刻写了一封信命令孙家老二立刻疾驰京师交给北镇抚司同知李若琏，黄汉没有为难李若琏，只要他保证接信后没有人能够对孙元化用刑，给孙元化吃饱穿暖了。