1860年5月28日，李秀成进至高桥，连攻二日，不克。是夜雨起，秀成亲率一军，南下偷渡运河，越惠山绕攻西门；又遣一军攻击南门。
马得昭急遣副将陈步高增援西门，饬请副都统色尔图善增援南门，又遣都司郑国魁、守备李凤标增援高桥。
午后雨停，惠山忽为云烟遮蔽，秀成遂令一军攀缘山顶，居高临下，轰击西门。守军惊溃，秀成乘机攻入城垣。
张玉良速退北门抵御，然败势既成，独力难挽，张玉良、马得昭遁至苏州，与江苏巡抚徐有壬相商御敌。
张玉良道：贼势汹涌，吾等戮力同心，确保省垣。
马得昭道：兵民皆以食为天，坚壁清野，不予贼逆一粒食粮。苏州城西，阊门以外，所有民居，务必焚毁，以阻贼军。
徐有壬道：就依镇台言，吾即饬令姑苏城外，阊门至寒山寺上塘街、阊门至虎丘山塘街、阊门至胥门南濠街，所有居民，即行装裹；次令移徙；三令纵火。
是夜，传兵误传，抑或城兵误听，竟致三令并行，霎时间，火光烛天，延烧十二时，南、北两濠鱼鳞万瓦，尽为灰烬。居人挈资携襆，鸟逐麇走，儿啼女哭，彻夜不绝。
徐有壬偕署按察使朱钧登城观瞻，朱钧见状，痛哭流涕。
徐有壬泣曰：吾安置不当，愧对姑苏黎民，城垣破日，即吾死期！
苏人李寿龄，亲睹姑苏城外，烟焰蔽天，三日不息，寿龄仰天哀泣：清军十万仓皇来，三日城门闭不开。抚军下令烧民屋，城外万户成寒灰。健儿应募尽反颜，弃甲堆积如丘山。
6月1日，李秀成兵至苏州，百姓来迎，皆呼：烦请大军为民除害，同心杀尽张、和两孽之兵。
2日，秀成即行总攻，二时辰后，候补道员李绍熙、苏州候选知府何信义开门请降，秀成率兵入城。
苏州城破，江苏巡抚徐有壬投池自尽，署按察使朱钧率众巷战，身受数十创，匿漆工家，消磨三日，自沉井中
张玉良、马德昭收拾溃残，退往杭州。途中，德昭骤然坠马；医官查治，原是忧郁成疾；玉良无奈，遣人护马入川调理
苏州城失，上海岌岌可危，两江总督何桂清接洽英国公使普鲁斯，商谈换约及护卫上海事宜。普鲁斯坚持进京换约，否即启开战端。
桂清斟酌再三，疏曰：粤匪、外夷，祸乱中国，为今日计，唯有亟为安抚夷人，坚其所议。臣于上海，面见夷使，劝以感激之心，绝其勾结之念，乘势劝其助顺剿贼。盖两害相形，则取其轻也。
咸丰帝不听何桂清辩言，以其弃城丧师，下诏革职逮治。旋又谕令：江苏藩司薛焕，迎难而上，援常迅捷，着即署理钦差大臣，兼署两江总督，实授江苏巡抚，办理五口通商事宜；夷使至沪，务必好言奉劝，换约通商；署理提督张玉良，屡失防地，着即革职留任；杭州将军瑞昌，临危无俱，力阻顽敌，着即总统江南诸军。
薛焕接旨，饬令苏松太道吴煦、苏松粮道杨坊，会晤英法公使，商谈换约、通商及护卫上海事宜。英法公使以“租界以外，保持最严格之中立”，拒绝出兵。
苏松粮道杨坊道：美利坚人华尔，与吾熟，此人早年从军，曾任官职，历经战阵，熟稔枪械，可广施钱财，雇佣华尔，招募夷人，自成一军，抵御粤逆。
吴煦道：夷国领事执意中立，吾用夷人为兵，其间如有纠纷，该当如何？
杨坊道：夷国之雇佣兵制，似吾国之镖局，只要钱财管够，生死两不追究。吾曾为此问询，法国公使曰：个人之私事，只要无逆本国之律法，政府无权过问。吾再询英法公使，得其保证，速组夷军。