1861年11月2日，两宫太后召见恭亲王奕忻、体仁阁大学士周祖培、东阁大学士桂良、军机大臣文祥，哭诉肃党飞扬跋扈、欺君罔上，欺藐之状，罄竹难书。
周祖培愤曰：肃等如此顽劣，辜负先皇，何不诛杀，以儆效尤！
慈禧道：八臣为赞襄王、亲王、军机大臣，怎可径予治罪？
周祖培道：皇太后先行降旨，解任肃党各职，尔后拿问。
慈禧道：事不宜迟，着即解载垣、肃顺、端华等赞襄大臣人任，景寿、穆荫、匡源、杜韩、焦佑瀛等着即退出军机处。
然诏未宣，载垣、端华等已至。
载垣冲奕忻道：外廷臣子，何得擅入？
奕忻道：奉皇太后诏！
载垣谓两宫太后：怎召此人？
慈禧道：吾皇甫谕，著恭亲王奕忻为议政王。东后及哀家深感尔等护送吾皇圣驾，颇能尽其职分，今日大事已毕，监国之名，宜即开缺。
载垣厉喝：无有此说，予之监国乃大行皇帝遗命所授，两太后无权去之，皇帝冲龄，非予允准，无论太后及何人，皆无权召见臣工。
慈禧道：尔乃矫诏惑众！尔等不除，寰宇何以澄清？
议政王奕忻即宣诏书：奉上谕，前因载垣、端华、肃顺等三人种种跋扈不臣，朕于热河行宫命醇郡王奕譞缮就谕旨，将载垣等三人解任。兹于本日特旨召见恭亲王，带同大学士桂良、周祖培、军机大臣户部右侍郎文祥，乃载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻。其肆无忌惮，何所底止！前旨仅于解任，实不足以蔽辜。著恭亲王奕忻、桂良、周祖培、文祥即行传旨，将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士、九卿、翰、詹、科、道严行议罪。钦此。
载垣复喝：吾辈未入，诏自何来？吾等奉大行皇帝之……
奕忻道：乱臣贼子，穷途末路，尚如此嚣张乎！来人，速即拿下！
奕忻抓缚载垣等七臣毕，再宣上谕：著派睿亲王仁寿、醇郡王奕譞将肃顺即行拿问，酌派妥员押解来京，交宗人府听候议罪。钦此。
肃顺被逮，怒斥载垣、端华：早听吾言，焉有今日！悔否？
载垣亦怒谓端华道：我之罪名，皆赖尔成！
端华道：人为刀俎我为鱼肉，夫复何言！
肃顺道：悔不早治此贱婢！
肃顺锒铛入狱，少詹事许彭寿请饬察治三奸堂援，上疏曰：上年七月，大行皇帝发下朱笔命诸臣会议巡幸热河是否可行，陈孚恩即有窃负而逃遵海滨而处之语，意在迎合载垣等。当时会议诸臣，无不共闻。
大行皇帝龙驭上宾，满汉大臣中惟令陈孚恩一人先行赴行在，是该尚书为载垣等之心腹即此可见。
黄宗汉于本年春间前赴热河，蒙皇考召见，即以危词力阻回銮，迨闻皇考梓宫有回京之语，该侍郎又以京城情形可虑遍告于人，希冀阻止，其为意存迎合载垣等众所共知。至侍郎刘堒、成琦、大仆少卿德克津太、候补京堂富绩，虽无与载垣等交通实据，而或与往还较密，或由伊等保举起官，或拜认师生，众人耳目共见共闻。
耆英、柏葰之子亦各呈诉其父为肃顺所陷，请昭雪。
肃顺入狱当日，大学士周祖培、贾桢，即偕户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光，合词奏请两宫皇太后，暂居垂帘之虚名，而收听政之实效，亲操政权以振纲纪。
肃顺业已逮治，群臣上疏垂帘，两宫太后喜不自禁。
11月8日，两宫再传圣谕：上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣筹划乖张所致。载垣等不能尽心和议，徒以诱惑英国使臣以塞己责，以致失信于各国，淀园被扰。我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。
及夷事平息，肃顺、载垣、端华三人，朋比为奸，阻扰回銮，以致圣体违和，龙驭上宾。