然而人无完人，翁同龢最大的缺点就是心胸狭窄，气量狭小，自私自利，不顾大局。
翁同龢有位兄长名叫翁同书，时任安徽巡抚，太平军到来时吓得直接逃跑，丢盔卸甲。被曾国藩参了一本《参翁同书片》。本来这事就是翁同书不对，再者若是算账也得算在曾国藩头上，然而翁同龢却不敢得罪曾国藩，把帐算在了为曾国藩起草奏章的李鸿章的头上来了。
只因李鸿章在草稿中写有臣职份所在，照例应该纠正参奏，不敢因为翁同书之门第鼎盛就思前想后地迁就他。
曾国藩一字不改把这些话照抄照搬了。
自此，翁同龢便恨上了李鸿章，这一恨不打紧，直恨了一辈子，直到把清廷给恨灭亡了。
然而这师生二人的甜蜜日子也并不长久，俗话说一山难容二虎，曾李二人发生矛盾互不相让简直是早晚都要发生的必然的事情。
二人第一次发生矛盾是在年(咸丰十年)秋，师生之间因曾国藩决定移军祁门和弹劾李元度二事发生严重分歧。
李鸿章认为祁门地处万山丛中，是兵家所忌的绝地，移驻不妥；而李元度追随曾国藩一起，说李鸿章好为文人大言，而非将才，曾帅深知其短却使他领军防守徽州，现在偶然兵败又严词纠参，李鸿章不愿拟稿并率一幕人往争，终至愤而离营。
这表明，李鸿章此时的战略和用人眼光已在曾国藩之上。后来，经过胡林翼、陈鼐和郭嵩焘等友朋的劝说和曾国藩的再三招请，李鸿章乃于次年六月七日重回湘军大营。
年，咸丰十一年，李鸿章奉命在安徽再次组织团练，先是招募了合肥西乡三山诸部团练。
接着又通过前来安庆拜访的庐江进士刘秉璋与驻扎三河的庐江团练头目潘鼎新、吴长庆建立联系。
潘、刘自幼同学，又同为李鸿章父亲李文安的门生，吴长庆的亡父吴廷香也与李文安有旧交，自然一呼而应。
同治元年(年)春节过后，淮军最早的部队树(张树声)、铭(刘铭传)、鼎(潘鼎新)、庆(吴长庆)四营即陆续开赴安庆集训。
与此同时，李鸿章还命令三弟李鹤章回合肥故乡招募旧部团练，响应投军的有内亲李胜、张绍棠，昔年好友王学懋，以及父亲李文安的旧部吴毓兰、吴毓芬等。
首批四营淮军抵达安庆后，曾国藩极为重视，亲自召见各营将领加以考察，并亲为订立营制营规。
曾国藩担心新建的淮军兵力太单薄，还从湘军各部调兵借将，其中湘军整营拨归淮军的就有十营。其中，以桐城人程学启部“开“字两营作战最为凶悍，士卒多系安徽人(丁汝昌当时即在该部)。这样，李鸿章初建的淮军，就有了个营头的建制(每营正勇人，长夫人，共人)。
年(同治元年)二月，曾国藩在李鸿章陪同下，检阅已到达安庆集结的淮军各营，淮军正式宣告建军。
随后，上海士绅花银万两，雇英国商船艘，将淮军分批由水陆运往上海。由于“济“字营留防池州，因此乘船入沪的淮军共计营约人。
李鸿章本人于三月十日随首批淮军抵沪。
年月经曾国藩推荐任江苏巡抚，月改为实授。
此时，师生二人的关系达到了巅峰时期。
李鸿章受任之初，形势极为严峻。当时上海是全国最大的通商口岸之一，华洋杂处，是江南财富集中之地。
淮军抵达时，正值太平军第二次大举进攻，能否守住上海并徐图发展，是摆在李鸿章面前的最大考验。
李鸿章牢记恩师曾国藩的教诲“以练兵学战为性命根本，吏治洋务皆置后图“。而由上海官绅组建的“中外会防局“，一心指望外国雇佣军抵御太平军，对洋人百般献媚，他们和外队对淮军不以为然，皆笑着指着他们说是乞丐。
面对这种情况，李鸿章激励将士说“一个将军想要带好兵，最可贵的就是能征善战，等我大破敌军，吓死他们！“。
不久，淮军果然于当年下半年独立进行了虹桥、北新泾和四江口三次恶战，李鸿章亲临前线指挥，成功守住了上海，让中外人士对淮军刮目相看。
淮军到沪未及一年，便尽改湘军旧制，模仿外队，装备洋枪洋炮，并雇请外国教练训练的新式军队，大大提高了战斗力。
同时，李鸿章还采用一系列招降纳叛，兼收并蓄的措施，扩充实力在掌握地方实权后，他在江苏大力扩军，使淮军在年内由多人增至六、七万人，成为清军中装备精良、战斗力较强的一支地方武装。
在上海初步站稳脚跟后，李鸿章开始从察吏、整军、筹饷入手，以进一步巩固自己的地位。
在人事上，他罢免了以杨坊为代表的一批媚外过甚的买办官吏，改为起用郭嵩焘、丁日昌等一批务实肯干的洋务派官员，同时建立了不同于湘军幕府，以务实干练、通晓洋务为基准的淮军幕府。
在军费上，李鸿章采用“关厘分途，以厘济饷“的政策，以关税支付常胜军、中外合防局及镇江防军的军需，而以厘金协济淮军，随着军事进展和湘淮军力的壮大，厘卡也层层添设，从而确保了饷源。
在对外关系上，李鸿章利用洋人赫德和士绅潘曾玮当说客，巧妙地平息了因苏州杀降而引起的戈登率常胜军闹事事件，并最终巧妙地解散了常胜军，初步显露出他的外交手腕。
年，李鸿章率领他一手创立的淮军兵分三路进军苏州、无锡、吴江等地，开始了收复苏州常州的战争。
年(同治二年)正月，兼署五口通商大臣。奏设外国语言文学学馆于上海，是其创办洋务之始。
年，收复了常州以后，清廷赏骑都尉世职。
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